More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2013 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_2013  lac repressor  100 
 
 		 356 aa  728    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0927  lac repressor  40.23 
 
 		 355 aa  252  6e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0196781  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2732  lac repressor  39.61 
 
 		 357 aa  248  8e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.02392  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1262  lac repressor  42.34 
 
 		 357 aa  247  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000349798  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1363  lac repressor  39.72 
 
 		 358 aa  242  7e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1769  lac repressor  40.06 
 
 		 358 aa  240  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.044739  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0418  lac repressor  37.25 
 
 		 360 aa  226  7e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000822114  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00299  lac repressor  37.25 
 
 		 360 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000126874  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10002  Lactose operon repressor  37.25 
 
 		 360 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3261  transcriptional regulator, LacI family  37.25 
 
 		 363 aa  224  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862656  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3280  lac repressor  37.25 
 
 		 363 aa  224  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000820962  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00303  hypothetical protein  37.25 
 
 		 360 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00703  hypothetical protein  37.25 
 
 		 360 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000122917  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0409  lac repressor  36.97 
 
 		 363 aa  224  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.9973e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0369  lac repressor  37.25 
 
 		 363 aa  224  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000375664  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0376  lac repressor  36.97 
 
 		 360 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000396722  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1283  lac repressor  38.82 
 
 		 357 aa  215  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3358  lac repressor  38.3 
 
 		 357 aa  212  7e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0976  lac repressor  38.3 
 
 		 357 aa  212  7e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0922  lac repressor  38.3 
 
 		 357 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  36.78 
 
 		 348 aa  195  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2892  transcriptional regulator, LacI family  36.67 
 
 		 340 aa  189  7e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207309  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  37.58 
 
 		 328 aa  188  1e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6224  HTH-type transcriptional repressor PurR  35.88 
 
 		 348 aa  183  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.348111 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3275  transcriptional regulator, LacI family  35.4 
 
 		 333 aa  182  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.183529  hitchhiker  0.00604574 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2947  regulatory protein LacI  38.54 
 
 		 359 aa  182  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.407921  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  34.45 
 
 		 336 aa  181  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4997  transcriptional regulator, LacI family  36.9 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.385337 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4716  transcriptional regulator, LacI family  37.58 
 
 		 346 aa  181  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  37.24 
 
 		 339 aa  181  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11590  transcriptional regulator  34.44 
 
 		 362 aa  177  3e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.042152 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0219  LacI family transcription regulator  37.79 
 
 		 351 aa  174  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  34.82 
 
 		 346 aa  173  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2577  transcriptional regulator, LacI family  32.85 
 
 		 346 aa  172  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215831  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0100  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 348 aa  169  6e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0658146  normal  0.053402 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4705  transcriptional regulator, LacI family  35.22 
 
 		 359 aa  164  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1860  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1925  LacI family transcription regulator  35.02 
 
 		 358 aa  161  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.149363  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06590  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 359 aa  161  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04300  transcriptional regulator, LacI family  34.42 
 
 		 352 aa  159  6e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0379  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 342 aa  157  4e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676966  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0748  transcriptional regulator, LacI family  34.19 
 
 		 346 aa  155  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  31.33 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  32.85 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  35.76 
 
 		 337 aa  153  5e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.44 
 
 		 336 aa  152  8e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06900  transcriptional regulator, LacI family  32.23 
 
 		 339 aa  151  2e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 342 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  31.52 
 
 		 353 aa  146  4.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0495  transcriptional regulator, LacI family  31.53 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.448967  normal  0.778992 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0508  transcriptional regulator, LacI family  32.66 
 
 		 347 aa  145  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.339758  normal  0.020506 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.23 
 
 		 335 aa  143  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0916  transcriptional regulator, LacI family  34.88 
 
 		 345 aa  143  6e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.684035  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  30.51 
 
 		 336 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.72 
 
 		 333 aa  139  7e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  33.44 
 
 		 332 aa  139  7e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.03 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30 
 
 		 333 aa  138  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  31.56 
 
 		 331 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0930  LacI family response repressor  30.4 
 
 		 328 aa  137  2e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.562853  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 346 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  32.34 
 
 		 330 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  32.34 
 
 		 330 aa  136  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 346 aa  137  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  32.34 
 
 		 330 aa  136  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  30.54 
 
 		 353 aa  136  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.33 
 
 		 341 aa  136  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0817  transcriptional regulator, LacI family  32.23 
 
 		 342 aa  136  7.000000000000001e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.533751  normal  0.134467 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.44 
 
 		 337 aa  135  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  29.62 
 
 		 334 aa  135  8e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6720  transcriptional regulator, LacI family  30.92 
 
 		 374 aa  135  9e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.396206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  32.34 
 
 		 330 aa  135  9e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  30.09 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  30.09 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  32.01 
 
 		 330 aa  135  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  30.09 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  31.76 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  32.67 
 
 		 330 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  32.09 
 
 		 347 aa  134  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  29.79 
 
 		 323 aa  134  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  31.35 
 
 		 328 aa  134  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  32.67 
 
 		 330 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  31.76 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.04 
 
 		 335 aa  134  3e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.76 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.76 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.76 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0300  transcriptional regulator, LacI family  29.53 
 
 		 339 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.742054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.76 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.76 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  29.79 
 
 		 323 aa  134  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  31.12 
 
 		 349 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.64 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  29.79 
 
 		 323 aa  133  5e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0113  transcriptional regulator, LacI family  32.27 
 
 		 350 aa  133  5e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  30.84 
 
 		 344 aa  133  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  29.79 
 
 		 323 aa  133  5e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 334 aa  132  6e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>