143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1897 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 611 aa  1261    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  56.23 
 
 		 589 aa  624  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  46.29 
 
 		 561 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  41.61 
 
 		 584 aa  413  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  43.64 
 
 		 612 aa  411  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  41.78 
 
 		 585 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  42.36 
 
 		 633 aa  394  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  39.33 
 
 		 616 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  39.93 
 
 		 563 aa  370  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  39.93 
 
 		 561 aa  370  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  40.23 
 
 		 577 aa  362  7.0000000000000005e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  49.39 
 
 		 571 aa  347  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  35.12 
 
 		 547 aa  295  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  34.81 
 
 		 576 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  33.51 
 
 		 575 aa  278  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.63 
 
 		 565 aa  246  6e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  30.61 
 
 		 590 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  33.98 
 
 		 578 aa  243  6e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  31.1 
 
 		 557 aa  239  1e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  29.81 
 
 		 557 aa  216  9.999999999999999e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  30.4 
 
 		 565 aa  216  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.89 
 
 		 572 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  31 
 
 		 575 aa  200  6e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  29.44 
 
 		 564 aa  187  4e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.34 
 
 		 556 aa  187  4e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  31.17 
 
 		 597 aa  179  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  33.08 
 
 		 447 aa  177  4e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  29.11 
 
 		 528 aa  170  8e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  26.22 
 
 		 532 aa  160  6e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  42.65 
 
 		 477 aa  157  4e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  28.45 
 
 		 490 aa  150  6e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  41.36 
 
 		 453 aa  143  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  30.02 
 
 		 398 aa  137  9e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.61 
 
 		 520 aa  135  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.35 
 
 		 495 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  39.53 
 
 		 409 aa  126  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  39.53 
 
 		 409 aa  126  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  36.04 
 
 		 419 aa  124  5e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  36.04 
 
 		 419 aa  124  5e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  27.42 
 
 		 479 aa  124  6e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  27.36 
 
 		 477 aa  122  3e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.05 
 
 		 477 aa  117  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  36.68 
 
 		 296 aa  113  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  32.38 
 
 		 372 aa  105  2e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  36.84 
 
 		 412 aa  102  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  22.75 
 
 		 547 aa  100  6e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  36.48 
 
 		 459 aa  99  2e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  32.11 
 
 		 407 aa  96.7  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.01 
 
 		 238 aa  95.9  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  21.83 
 
 		 492 aa  93.6  9e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  26.26 
 
 		 595 aa  89.7  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  28.36 
 
 		 435 aa  85.9  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.93 
 
 		 493 aa  85.1  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  27.67 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.79 
 
 		 464 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.91 
 
 		 390 aa  80.1  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  26.18 
 
 		 587 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.12 
 
 		 642 aa  79  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  26.12 
 
 		 501 aa  77.8  0.0000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  32.72 
 
 		 380 aa  76.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  26.95 
 
 		 402 aa  75.5  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  26.5 
 
 		 495 aa  74.3  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  26.45 
 
 		 538 aa  73.2  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.15 
 
 		 457 aa  72.4  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  25.86 
 
 		 514 aa  72  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  27.22 
 
 		 775 aa  71.6  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.15 
 
 		 419 aa  70.5  0.00000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  21.56 
 
 		 442 aa  68.6  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  47.69 
 
 		 292 aa  66.6  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.36 
 
 		 422 aa  65.9  0.000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  27 
 
 		 432 aa  66.2  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  21.32 
 
 		 469 aa  66.2  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  25.19 
 
 		 457 aa  65.5  0.000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  29.14 
 
 		 453 aa  63.9  0.000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.94 
 
 		 238 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  22.38 
 
 		 438 aa  62.8  0.00000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.37 
 
 		 471 aa  62  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.51 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.76 
 
 		 413 aa  60.5  0.00000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  26.61 
 
 		 236 aa  60.1  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  28.17 
 
 		 428 aa  60.1  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  25.49 
 
 		 460 aa  58.9  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  25.35 
 
 		 453 aa  58.9  0.0000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  25.99 
 
 		 416 aa  57.8  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  27.59 
 
 		 393 aa  57  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  24.86 
 
 		 354 aa  56.6  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.42 
 
 		 456 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  42.25 
 
 		 86 aa  55.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  24.27 
 
 		 444 aa  55.1  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  22.81 
 
 		 393 aa  55.1  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.78 
 
 		 427 aa  54.3  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  20.21 
 
 		 476 aa  53.1  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.72 
 
 		 422 aa  53.1  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  25.78 
 
 		 419 aa  52  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.54 
 
 		 406 aa  51.6  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  25.97 
 
 		 402 aa  51.6  0.00004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  23.38 
 
 		 392 aa  51.6  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  24.49 
 
 		 425 aa  51.2  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  25.37 
 
 		 435 aa  50.8  0.00006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  26.63 
 
 		 415 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>