More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1880 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  100 
 
 		 477 aa  971    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  47.68 
 
 		 477 aa  459  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 477 aa  391  1e-107  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  36.34 
 
 		 495 aa  319  7e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 493 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 493 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  34.57 
 
 		 498 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  36.3 
 
 		 493 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  33.9 
 
 		 485 aa  298  1e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 485 aa  298  1e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 508 aa  297  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 485 aa  298  2e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 485 aa  294  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 486 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 486 aa  294  3e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 486 aa  294  3e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 486 aa  293  5e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 485 aa  293  6e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 486 aa  292  1e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 487 aa  291  1e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 485 aa  290  4e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4411  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 485 aa  286  7e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.244707 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  31.81 
 
 		 476 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  34.04 
 
 		 512 aa  281  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  35.31 
 
 		 490 aa  276  5e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 491 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 490 aa  273  6e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 490 aa  268  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.34 
 
 		 901 aa  149  1.0000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  43.9 
 
 		 565 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 768 aa  146  8.000000000000001e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 		 730 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 373 aa  144  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.11 
 
 		 419 aa  144  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  40 
 
 		 360 aa  144  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.81 
 
 		 772 aa  143  6e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 753 aa  143  8e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 387 aa  143  9e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 758 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 539 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  48.43 
 
 		 516 aa  141  3e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 578 aa  141  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 570 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 357 aa  140  6e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.47 
 
 		 512 aa  140  6e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  48.08 
 
 		 516 aa  139  7.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 476 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 532 aa  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 227 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 432 aa  138  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.94 
 
 		 610 aa  138  2e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  40.72 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 464 aa  138  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 432 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 385 aa  138  3.0000000000000003e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 557 aa  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 381 aa  137  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 620 aa  137  5e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 471 aa  137  6.0000000000000005e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 492 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.23 
 
 		 505 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  41.32 
 
 		 518 aa  137  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 382 aa  136  6.0000000000000005e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  47.59 
 
 		 611 aa  136  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 680 aa  136  7.000000000000001e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.24 
 
 		 496 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 492 aa  136  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 320 aa  136  8e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 492 aa  136  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 492 aa  136  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 309 aa  136  9e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  28.07 
 
 		 492 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 495 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 714 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 		 342 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 483 aa  134  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 467 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 381 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 492 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 378 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 307 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 372 aa  133  5e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.12 
 
 		 331 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  39.77 
 
 		 548 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.22 
 
 		 1078 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 387 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 393 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.64 
 
 		 820 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 681 aa  132  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 566 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 642 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 764 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.24 
 
 		 686 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>