More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1661 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_1661  fatty acid metabolism regulator  100 
 
 
236 aa  487  1e-137  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0855025  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01148  fatty acid metabolism regulator  45.34 
 
 
236 aa  243  1e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0433911  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1924  fatty acid metabolism regulator  48.07 
 
 
240 aa  240  1e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  8.76108e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1683  fatty acid metabolism regulator  48.48 
 
 
238 aa  239  3e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.33704e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2885  fatty acid metabolism regulator  48.05 
 
 
240 aa  238  8e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1948  fatty acid metabolism regulator  47.88 
 
 
239 aa  237  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00527579  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2244  fatty acid metabolism regulator  47.88 
 
 
239 aa  237  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0118438  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1635  fatty acid metabolism regulator  49.57 
 
 
239 aa  237  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.15144e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1815  fatty acid metabolism regulator  47.62 
 
 
238 aa  236  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.26065e-07  normal  0.682144 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1778  fatty acid metabolism regulator  47.62 
 
 
238 aa  236  2e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  7.19025e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1771  fatty acid metabolism regulator  47.62 
 
 
238 aa  236  2e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.43571e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2507  fatty acid metabolism regulator  47.62 
 
 
238 aa  236  3e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  4.37817e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1635  fatty acid metabolism regulator  48.05 
 
 
241 aa  236  3e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  6.15714e-07  normal  0.0628183 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1643  fatty acid metabolism regulator  47.62 
 
 
241 aa  235  4e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  8.3399e-07  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1568  fatty acid metabolism regulator  47.62 
 
 
241 aa  234  6e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  5.21117e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2363  fatty acid metabolism regulator  46.19 
 
 
239 aa  234  1e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000339682  normal  0.326287 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1999  fatty acid metabolism regulator  46.19 
 
 
239 aa  234  1e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00814717  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2109  fatty acid metabolism regulator  46.19 
 
 
239 aa  234  1e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109018  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2748  fatty acid metabolism regulator  45.34 
 
 
239 aa  231  8e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000401699  decreased coverage  3.63622e-05 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2794  fatty acid metabolism regulator  42.8 
 
 
236 aa  231  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00556903  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3488  fatty acid metabolism regulator  48.05 
 
 
237 aa  229  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00186982  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2365  fatty acid metabolism regulator  47.01 
 
 
239 aa  229  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000203201  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01172  hypothetical protein  46.58 
 
 
239 aa  228  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  4.80756e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1332  fatty acid metabolism regulator  46.58 
 
 
239 aa  228  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.05633e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2438  fatty acid metabolism regulator  46.58 
 
 
239 aa  228  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000216625  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01162  fatty acid metabolism regulator  46.58 
 
 
239 aa  228  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  7.99515e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1962  fatty acid metabolism regulator  46.58 
 
 
239 aa  228  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000133841  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1674  fatty acid metabolism regulator  46.58 
 
 
239 aa  228  4e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  6.16517e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1345  fatty acid metabolism regulator  46.58 
 
 
239 aa  228  4e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00238872  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1290  fatty acid metabolism regulator  46.58 
 
 
239 aa  228  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.57847e-13  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2461  fatty acid metabolism transcriptional regulator FadR  46.58 
 
 
239 aa  228  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.944e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1513  fatty acid metabolism regulator  46.58 
 
 
239 aa  228  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127061  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1328  fatty acid metabolism regulator  46.58 
 
 
239 aa  228  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.24704e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1943  fatty acid metabolism regulator  46.58 
 
 
239 aa  228  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0247778  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2003  fatty acid metabolism regulator  46.58 
 
 
239 aa  228  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69959  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1947  fatty acid metabolism regulator  46.58 
 
 
239 aa  228  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0438592  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1743  fatty acid metabolism regulator  45.89 
 
 
239 aa  226  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2438  fatty acid metabolism regulator  45.3 
 
 
239 aa  225  4e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  5.09997e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2003  fatty acid metabolism regulator  46.84 
 
 
239 aa  224  7e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.20819e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1983  fatty acid metabolism regulator  44.92 
 
 
239 aa  224  8e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0199399  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2689  fatty acid metabolism regulator  46.46 
 
 
249 aa  218  7e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  4.49481e-08  normal  0.614012 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2512  fatty acid metabolism regulator  45.85 
 
 
249 aa  213  2e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.12913e-08  normal  0.579868 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2174  fatty acid metabolism regulator  45.41 
 
 
253 aa  212  3e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  3.0216e-08  normal  0.0239474 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1490  fatty acid metabolism regulator  41.67 
 
 
279 aa  211  9e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2147  fatty acid metabolism regulator  40.73 
 
 
280 aa  202  5e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102966  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02929  fatty acid metabolism regulator  39.49 
 
 
279 aa  201  8e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002979  transcriptional regulator for fatty acid degradation FadR GntR family  39.86 
 
 
279 aa  199  3e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0623  fatty acid metabolism regulator  38.3 
 
 
239 aa  191  1e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  1.68386e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0357  regulatory protein GntR HTH  34.38 
 
 
235 aa  143  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000241267  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2617  regulatory protein GntR HTH  31.22 
 
 
230 aa  131  7e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5646  regulatory protein GntR HTH  28.83 
 
 
227 aa  111  1e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2087  fatty acid responsive transcription factor FadR domain protein  27.66 
 
 
233 aa  97.1  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30946e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2130  regulatory protein GntR HTH  27.96 
 
 
233 aa  95.9  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0857174  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 
252 aa  70.5  2e-11  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2757  GntR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
239 aa  69.7  4e-11  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.578268  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0277  regulatory protein GntR HTH  40 
 
 
229 aa  68.9  7e-11  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.582636  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  25.6 
 
 
239 aa  68.9  7e-11  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  25.6 
 
 
239 aa  68.9  7e-11  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0011  GntR family transcriptional regulator  26.79 
 
 
249 aa  67.8  2e-10  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  25 
 
 
255 aa  65.1  9e-10  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6769  regulatory protein GntR HTH  27.38 
 
 
261 aa  65.1  9e-10  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  25.49 
 
 
235 aa  64.7  1e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  28.03 
 
 
237 aa  64.3  2e-09  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  29.31 
 
 
267 aa  64.3  2e-09  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1517  transcriptional regulator NanR  27.38 
 
 
234 aa  63.9  2e-09  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.822162  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7456  regulatory protein GntR HTH  34.02 
 
 
237 aa  63.2  3e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0768739  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  25.49 
 
 
234 aa  62.8  4e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
242 aa  62.8  5e-09  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 
240 aa  62.4  6e-09  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  24.12 
 
 
240 aa  62  8e-09  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  24.76 
 
 
255 aa  61.6  1e-08  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  24.76 
 
 
255 aa  61.6  1e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  24.76 
 
 
255 aa  60.8  2e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  26.14 
 
 
235 aa  60.5  2e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  27.54 
 
 
227 aa  60.1  3e-08  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4111  regulatory protein GntR HTH  25.79 
 
 
231 aa  59.7  4e-08  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4488  regulatory protein GntR HTH  28.16 
 
 
252 aa  59.7  4e-08  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3688  GntR domain protein  22.11 
 
 
248 aa  59.3  5e-08  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6391  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.24 
 
 
255 aa  59.3  5e-08  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0365  GntR family transcriptional regulator  25.75 
 
 
230 aa  59.3  6e-08  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  24.24 
 
 
255 aa  58.5  8e-08  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  3.78938e-05 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5644  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.24 
 
 
263 aa  58.5  9e-08  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181455  normal  0.540253 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  26.63 
 
 
255 aa  58.2  1e-07  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  28.02 
 
 
257 aa  58.2  1e-07  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  27.11 
 
 
232 aa  57.8  1e-07  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  24.86 
 
 
257 aa  58.2  1e-07  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2218  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  27.11 
 
 
255 aa  57.4  2e-07  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0409255  hitchhiker  0.007316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  21.29 
 
 
255 aa  57  2e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  23.17 
 
 
269 aa  57  3e-07  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3067  transcriptional regulator NanR  23.75 
 
 
258 aa  56.2  4e-07  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0862108 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  26.4 
 
 
240 aa  56.2  5e-07  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  25.3 
 
 
255 aa  55.8  5e-07  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  21.97 
 
 
249 aa  55.8  6e-07  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  28.16 
 
 
243 aa  55.8  6e-07  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  23.67 
 
 
258 aa  55.5  7e-07  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  25.68 
 
 
250 aa  55.5  8e-07  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  29.14 
 
 
239 aa  55.1  9e-07  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3440  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  24.76 
 
 
254 aa  54.7  1e-06  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02799  hypothetical protein  24.76 
 
 
254 aa  54.7  1e-06  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00647704  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  26.14 
 
 
256 aa  54.3  1e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>