More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0342 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  100 
 
 
324 aa  637  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  82.72 
 
 
327 aa  515  1e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  82.41 
 
 
327 aa  514  1e-144  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  80.25 
 
 
322 aa  506  1e-142  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  81.88 
 
 
323 aa  503  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  71.16 
 
 
322 aa  446  1e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0516  ribose ABC transporter permease protein  72.47 
 
 
324 aa  434  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  68.97 
 
 
322 aa  434  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  71.16 
 
 
322 aa  431  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4173  ribose ABC transporter permease protein  70.03 
 
 
322 aa  428  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00211847  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4899  ribose ABC transporter permease protein  69.69 
 
 
321 aa  427  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0818131  hitchhiker  7.74907e-07 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4114  ribose ABC transporter permease protein  69.59 
 
 
321 aa  419  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.32727  normal  0.0391743 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4275  ribose ABC transporter permease protein  69.28 
 
 
321 aa  417  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5186  ribose ABC transporter permease protein  67.71 
 
 
321 aa  417  1e-115  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0679383  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4266  ribose ABC transporter permease protein  67.71 
 
 
321 aa  417  1e-115  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00636427  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3966  ribose ABC transporter permease protein  67.71 
 
 
321 aa  417  1e-115  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.878402  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4244  ribose ABC transporter permease protein  67.71 
 
 
321 aa  417  1e-115  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00281805 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03636  ribose ABC transporter permease protein  67.71 
 
 
321 aa  417  1e-115  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03581  hypothetical protein  67.71 
 
 
321 aa  417  1e-115  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4166  ribose ABC transporter permease protein  69.28 
 
 
321 aa  417  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4118  ribose ABC transporter permease protein  67.71 
 
 
321 aa  417  1e-115  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.129793 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4217  Monosaccharide-transporting ATPase  67.71 
 
 
321 aa  417  1e-115  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4216  ribose ABC transporter permease protein  69.28 
 
 
321 aa  417  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.064291  normal  0.774246 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4095  ribose ABC transporter permease protein  69.28 
 
 
321 aa  417  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4110  ribose ABC transporter permease protein  69.28 
 
 
321 aa  417  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.401971  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  58.28 
 
 
311 aa  328  9e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  58.28 
 
 
311 aa  328  9e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  58.28 
 
 
311 aa  327  2e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  58.28 
 
 
311 aa  326  3e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  5.30424e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  58.28 
 
 
311 aa  326  3e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  58.28 
 
 
311 aa  326  3e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  57.95 
 
 
311 aa  326  4e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  57.95 
 
 
311 aa  325  6e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  57.95 
 
 
311 aa  325  8e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  3.52632e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  57.62 
 
 
311 aa  323  2e-87  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  57.62 
 
 
311 aa  323  2e-87  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  55.63 
 
 
350 aa  313  2e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  57.1 
 
 
314 aa  308  7e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2804  inner-membrane translocator  54.43 
 
 
324 aa  305  8e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500539  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  54.87 
 
 
311 aa  298  6e-80  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  48.22 
 
 
334 aa  296  3e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  48.63 
 
 
330 aa  291  1e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  48.63 
 
 
330 aa  291  1e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  6.2023e-05 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  48.63 
 
 
330 aa  291  1e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  53.95 
 
 
310 aa  290  2e-77  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  47.63 
 
 
334 aa  288  7e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  47.63 
 
 
334 aa  288  7e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2686  Monosaccharide-transporting ATPase  52.16 
 
 
325 aa  286  2e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  47.6 
 
 
309 aa  283  2e-75  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1398  inner-membrane translocator  50.85 
 
 
334 aa  283  3e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00127371  normal  0.617276 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  49.03 
 
 
306 aa  283  3e-75  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  46.91 
 
 
312 aa  281  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  50.34 
 
 
334 aa  279  5e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  50.34 
 
 
342 aa  278  7e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  50.34 
 
 
342 aa  278  8e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1619  Monosaccharide-transporting ATPase  53.55 
 
 
314 aa  274  1e-72  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2523  inner-membrane translocator  52.68 
 
 
313 aa  274  1e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0165  monosaccharide-transporting ATPase  51.44 
 
 
318 aa  268  1e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2045  inner-membrane translocator  49.08 
 
 
342 aa  266  2e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.459231 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2283  monosaccharide-transporting ATPase  50.34 
 
 
345 aa  267  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.303171  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0248  inner-membrane translocator  51.64 
 
 
338 aa  267  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  51.4 
 
 
309 aa  261  8e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  49.66 
 
 
310 aa  259  4e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  45.51 
 
 
314 aa  257  2e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3539  inner-membrane translocator  47.74 
 
 
315 aa  257  2e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00149019  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  48.99 
 
 
310 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  46.53 
 
 
835 aa  255  6e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4607  Monosaccharide-transporting ATPase  53.67 
 
 
348 aa  254  1e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2158  inner-membrane translocator  50 
 
 
325 aa  254  2e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0784619  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0502  monosaccharide-transporting ATPase  50.67 
 
 
333 aa  249  4e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475125 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1826  inner-membrane translocator  49.16 
 
 
336 aa  249  5e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  49.16 
 
 
336 aa  248  9e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0769  ribose transport system permease  47.95 
 
 
342 aa  248  1e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00219185  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3108  monosaccharide-transporting ATPase  47.8 
 
 
313 aa  244  1e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0985733  hitchhiker  0.000124889 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5246  monosaccharide-transporting ATPase  43.87 
 
 
345 aa  244  2e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3329  inner-membrane translocator  43.87 
 
 
345 aa  244  2e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5038  inner-membrane translocator  43.87 
 
 
345 aa  244  2e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3417  inner-membrane translocator  46.37 
 
 
316 aa  243  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3234  Monosaccharide-transporting ATPase  44.38 
 
 
335 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.197254  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09560  Monosaccharide-transporting ATPase  44 
 
 
322 aa  241  2e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.785729  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0712  inner-membrane translocator  45.12 
 
 
310 aa  240  3e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0709957  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0290  monosaccharide-transporting ATPase  42.99 
 
 
331 aa  239  3e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4767  monosaccharide-transporting ATPase  45.51 
 
 
320 aa  239  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1643  inner-membrane translocator  47.37 
 
 
320 aa  239  6e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  3.13624e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4849  inner-membrane translocator  46.18 
 
 
325 aa  238  1e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.361402  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  44.03 
 
 
346 aa  237  2e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3600  monosaccharide-transporting ATPase  45.14 
 
 
345 aa  236  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0147335  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3130  inner-membrane translocator  44.41 
 
 
333 aa  237  3e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0780017  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4966  monosaccharide-transporting ATPase  44.2 
 
 
347 aa  236  3e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2570  inner-membrane translocator  48.99 
 
 
325 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3765  inner-membrane translocator  44.16 
 
 
306 aa  236  4e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00344833  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0625  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  43.25 
 
 
345 aa  235  7e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.983884  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4446  inner-membrane translocator  44.16 
 
 
345 aa  234  1e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000908606 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0858  carbohydrate ABC transporter permease  49 
 
 
334 aa  235  1e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1640  carbohydrate ABC transporter permease  49 
 
 
334 aa  235  1e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.367254  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2071  ribose ABC transporter, permease protein  49 
 
 
341 aa  234  1e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0117227  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1922  carbohydrate ABC transporter permease  49 
 
 
339 aa  234  1e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0302  carbohydrate ABC transporter permease  49 
 
 
334 aa  235  1e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0470774  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0342  inner-membrane translocator  45.51 
 
 
326 aa  234  1e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1909  carbohydrate ABC transporter permease  49 
 
 
339 aa  234  1e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.071894  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>