81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_R0031 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_R0031  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0030  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13670  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.11068  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0011  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0076  tRNA-Pro  88 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000227874  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0058  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0036  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.103691  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPro02  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.112486 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPro01  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113997 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0010  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0034  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.870471  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0038  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000418206  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0045  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000857544  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0063  tRNA-Pro  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305975  normal  0.0658798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0001  tRNA-Pro  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0207392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0022  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000997774  normal  0.0266859 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0066  tRNA-Pro  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0067  tRNA-Pro  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.750062  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0011  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0269347  normal  0.199214 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0064  tRNA-Pro  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.713183  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0004  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0038  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0019  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0049  tRNA-Pro  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.241293 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0010  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0324459 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  82.67 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0064  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 71 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0432605  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24400  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.608929  normal  0.879879 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0030  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000217063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0075  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>