More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_4189 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  100 
 
 		 231 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  50.22 
 
 		 231 aa  261  4.999999999999999e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  49.35 
 
 		 231 aa  250  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.86 
 
 		 236 aa  165  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.13 
 
 		 245 aa  164  6.9999999999999995e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  37.99 
 
 		 241 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 237 aa  162  4.0000000000000004e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.94 
 
 		 237 aa  161  8.000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.56 
 
 		 245 aa  159  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.44 
 
 		 250 aa  159  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.09 
 
 		 238 aa  158  8e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  35.5 
 
 		 243 aa  158  9e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  32.22 
 
 		 238 aa  154  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  32.51 
 
 		 250 aa  151  5.9999999999999996e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.17 
 
 		 244 aa  149  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.92 
 
 		 235 aa  148  6e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.19 
 
 		 240 aa  148  8e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.94 
 
 		 254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  33.61 
 
 		 237 aa  147  2.0000000000000003e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  32.9 
 
 		 244 aa  146  3e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.8 
 
 		 228 aa  145  5e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 229 aa  144  8.000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  33.77 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.36 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.31 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.65 
 
 		 240 aa  143  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.16 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.29 
 
 		 243 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.08 
 
 		 240 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  35.98 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  32.02 
 
 		 233 aa  139  3.9999999999999997e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.44 
 
 		 227 aa  138  6e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 246 aa  138  8.999999999999999e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.87 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.9 
 
 		 249 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.62 
 
 		 243 aa  137  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.76 
 
 		 235 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 229 aa  135  4e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.48 
 
 		 241 aa  135  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.69 
 
 		 244 aa  135  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 231 aa  135  6.0000000000000005e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  35 
 
 		 242 aa  135  7.000000000000001e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  32.76 
 
 		 236 aa  134  9.999999999999999e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.75 
 
 		 244 aa  134  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.09 
 
 		 230 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.16 
 
 		 242 aa  133  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.02 
 
 		 224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  32.69 
 
 		 237 aa  132  3.9999999999999996e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.3 
 
 		 237 aa  131  7.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  31.9 
 
 		 235 aa  131  9e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.61 
 
 		 231 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  34.07 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.49 
 
 		 250 aa  129  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.78 
 
 		 254 aa  129  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  34.36 
 
 		 227 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  30.3 
 
 		 232 aa  129  5.0000000000000004e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.89 
 
 		 248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  30.08 
 
 		 276 aa  128  8.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.44 
 
 		 256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  33.18 
 
 		 265 aa  125  8.000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.7 
 
 		 232 aa  124  1e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  29 
 
 		 244 aa  123  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  30.87 
 
 		 268 aa  122  4e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.39 
 
 		 246 aa  122  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.56 
 
 		 245 aa  122  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  33.18 
 
 		 235 aa  122  6e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  31 
 
 		 230 aa  121  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.31 
 
 		 266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  30.67 
 
 		 250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.09 
 
 		 238 aa  119  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  31.33 
 
 		 255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 244 aa  117  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 317 aa  117  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.08 
 
 		 260 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  32.51 
 
 		 245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  32.37 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11558  two-component system response regulator  32.48 
 
 		 233 aa  116  3e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  31.71 
 
 		 261 aa  116  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  30.8 
 
 		 261 aa  116  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 253 aa  116  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  31.84 
 
 		 249 aa  116  3e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  31.65 
 
 		 255 aa  115  7.999999999999999e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  30.84 
 
 		 248 aa  115  7.999999999999999e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.39 
 
 		 257 aa  115  7.999999999999999e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  32.34 
 
 		 242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.28 
 
 		 244 aa  112  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 240 aa  113  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1047  LytTr DNA-binding region  31.09 
 
 		 241 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.791092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.26 
 
 		 232 aa  112  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  29.33 
 
 		 250 aa  112  5e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 246 aa  112  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 255 aa  112  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  27.63 
 
 		 239 aa  111  9e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.51 
 
 		 227 aa  111  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.15 
 
 		 237 aa  109  3e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  30.43 
 
 		 264 aa  109  3e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 258 aa  110  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  29.86 
 
 		 246 aa  109  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  31.97 
 
 		 243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  31.08 
 
 		 269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>