130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3914 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  100 
 
 		 509 aa  1058    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  46.55 
 
 		 508 aa  507  9.999999999999999e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  40.95 
 
 		 506 aa  440  9.999999999999999e-123  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.9 
 
 		 749 aa  351  2e-95  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.52 
 
 		 765 aa  346  6e-94  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.85 
 
 		 751 aa  345  1e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.07 
 
 		 769 aa  334  2e-90  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.63 
 
 		 769 aa  329  6e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.03 
 
 		 760 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.81 
 
 		 760 aa  320  5e-86  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.81 
 
 		 760 aa  320  5e-86  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.73 
 
 		 775 aa  319  7e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.73 
 
 		 751 aa  307  3e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.04 
 
 		 775 aa  306  6e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.28 
 
 		 1002 aa  301  3e-80  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 		 775 aa  297  4e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  32.45 
 
 		 776 aa  295  9e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.35 
 
 		 1013 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  31.25 
 
 		 772 aa  295  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 		 746 aa  292  1e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 		 762 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.64 
 
 		 771 aa  287  4e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.35 
 
 		 779 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 758 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.73 
 
 		 751 aa  283  6.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  31.4 
 
 		 783 aa  282  9e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.07 
 
 		 746 aa  281  2e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 745 aa  276  7e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  32.48 
 
 		 762 aa  270  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  31.06 
 
 		 844 aa  269  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.02 
 
 		 743 aa  268  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 		 791 aa  268  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.94 
 
 		 758 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  33.53 
 
 		 745 aa  265  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 		 799 aa  265  1e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  33.4 
 
 		 770 aa  264  3e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  31.25 
 
 		 847 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  31.75 
 
 		 847 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.13 
 
 		 748 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  30.58 
 
 		 625 aa  262  8.999999999999999e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  30.57 
 
 		 722 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  31.05 
 
 		 847 aa  261  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  29.42 
 
 		 849 aa  259  8e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  32.34 
 
 		 745 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  31.8 
 
 		 798 aa  258  3e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 		 762 aa  257  4e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  32.4 
 
 		 755 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  31.13 
 
 		 755 aa  253  5.000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 		 748 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.09 
 
 		 1002 aa  252  9.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  30.85 
 
 		 759 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  29.52 
 
 		 772 aa  251  2e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.88 
 
 		 1002 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  29.39 
 
 		 732 aa  251  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 		 756 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  31.85 
 
 		 728 aa  250  5e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  31.76 
 
 		 760 aa  249  6e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  31.35 
 
 		 738 aa  249  8e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  31.03 
 
 		 980 aa  249  1e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  31.17 
 
 		 752 aa  248  1e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  32.46 
 
 		 728 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  29.25 
 
 		 732 aa  246  6e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  30.63 
 
 		 931 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  28.95 
 
 		 731 aa  244  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  28.97 
 
 		 856 aa  244  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  29.98 
 
 		 852 aa  243  7e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.57 
 
 		 759 aa  239  9e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  32.33 
 
 		 936 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  28.77 
 
 		 855 aa  238  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.86 
 
 		 721 aa  236  8e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  30.31 
 
 		 846 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.31 
 
 		 755 aa  235  2.0000000000000002e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  30.46 
 
 		 856 aa  234  4.0000000000000004e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  30.6 
 
 		 993 aa  231  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  29.8 
 
 		 865 aa  228  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  30.14 
 
 		 567 aa  228  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.06 
 
 		 709 aa  228  3e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  30.52 
 
 		 723 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.84 
 
 		 757 aa  226  6e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  28.32 
 
 		 842 aa  225  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  30.41 
 
 		 1003 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  27.98 
 
 		 844 aa  220  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.54 
 
 		 774 aa  217  4e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.21 
 
 		 874 aa  213  7.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 		 763 aa  211  3e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 		 783 aa  208  2e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  27.42 
 
 		 812 aa  207  5e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.74 
 
 		 762 aa  204  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.6 
 
 		 875 aa  204  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  28.14 
 
 		 895 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.09 
 
 		 871 aa  200  5e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 864 aa  199  7e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.94 
 
 		 770 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  26.38 
 
 		 689 aa  192  1e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3089  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.45 
 
 		 740 aa  182  1e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.552133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  26.61 
 
 		 822 aa  180  4.999999999999999e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  27.08 
 
 		 884 aa  176  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  26.92 
 
 		 908 aa  160  6e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09008  PhytochromePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5K039]  28.76 
 
 		 1280 aa  157  3e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006680  CNK03200  bacteriophytochrome histidine kinase, putative  26.72 
 
 		 1871 aa  144  4e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.796961  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>