76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3892 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  100 
 
 		 176 aa  354  2.9999999999999997e-97  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  38.69 
 
 		 197 aa  121  5e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  39.76 
 
 		 185 aa  118  6e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  35.93 
 
 		 184 aa  110  8.000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  35.76 
 
 		 180 aa  108  6e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  37.34 
 
 		 170 aa  107  9.000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  36.25 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  30.63 
 
 		 174 aa  103  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  36.2 
 
 		 172 aa  103  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  36.48 
 
 		 161 aa  101  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  30.3 
 
 		 170 aa  100  9e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  34.18 
 
 		 196 aa  98.2  6e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  32.72 
 
 		 168 aa  97.8  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  37.98 
 
 		 160 aa  97.4  8e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  30.25 
 
 		 174 aa  97.4  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  36.17 
 
 		 154 aa  95.5  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  33.12 
 
 		 169 aa  88.2  6e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  32.16 
 
 		 174 aa  87.4  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  28.66 
 
 		 194 aa  86.3  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  28.31 
 
 		 166 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  30.36 
 
 		 212 aa  70.9  0.000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  28.99 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  28 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  27.95 
 
 		 175 aa  70.1  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  27.11 
 
 		 168 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  27.11 
 
 		 168 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  27.11 
 
 		 168 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  27.11 
 
 		 166 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  27.11 
 
 		 166 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  27.11 
 
 		 168 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  27.65 
 
 		 178 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  26.01 
 
 		 166 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  25.9 
 
 		 168 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3638  NusG antitermination factor  24.03 
 
 		 180 aa  63.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  25 
 
 		 166 aa  61.2  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  24.39 
 
 		 166 aa  60.5  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  31.19 
 
 		 170 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  26.76 
 
 		 166 aa  58.2  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  26.95 
 
 		 174 aa  55.5  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  28.49 
 
 		 167 aa  55.1  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  26.76 
 
 		 170 aa  55.1  0.0000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  27.45 
 
 		 177 aa  55.1  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  28.46 
 
 		 170 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  31.21 
 
 		 175 aa  53.9  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  25.58 
 
 		 182 aa  53.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  28.68 
 
 		 184 aa  53.5  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  27.74 
 
 		 167 aa  53.1  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  27.74 
 
 		 167 aa  52.4  0.000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  25 
 
 		 173 aa  51.2  0.000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  23.78 
 
 		 162 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  23.78 
 
 		 162 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  23.78 
 
 		 162 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  23.78 
 
 		 162 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  23.72 
 
 		 182 aa  50.8  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  23.78 
 
 		 162 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  23.78 
 
 		 162 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  23.78 
 
 		 162 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  23.78 
 
 		 162 aa  50.4  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  23.78 
 
 		 162 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  23.65 
 
 		 162 aa  50.1  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  23.65 
 
 		 162 aa  50.1  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  23.65 
 
 		 162 aa  50.1  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  23.65 
 
 		 162 aa  50.1  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  23.65 
 
 		 162 aa  50.1  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  23.03 
 
 		 162 aa  48.9  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  27.56 
 
 		 174 aa  49.3  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6268  NusG antitermination factor  29.08 
 
 		 255 aa  48.5  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  23.81 
 
 		 162 aa  48.1  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  26.15 
 
 		 165 aa  47.8  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  25.17 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  22.73 
 
 		 179 aa  46.2  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  23.87 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  20 
 
 		 163 aa  46.6  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  26.49 
 
 		 173 aa  46.2  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0204  NusG antitermination factor  24.34 
 
 		 188 aa  45.1  0.0006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1512  NusG antitermination factor  23.38 
 
 		 181 aa  44.7  0.0006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000324122  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>