More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3834 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
405 aa  843    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  40.5 
 
 
650 aa  265  1e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  39.94 
 
 
451 aa  260  4e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  39.56 
 
 
570 aa  259  6e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  38.62 
 
 
661 aa  258  1e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  38.6 
 
 
561 aa  257  2e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  37.59 
 
 
556 aa  256  4e-67  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  38.27 
 
 
440 aa  251  1e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  41.04 
 
 
495 aa  251  2e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  38.21 
 
 
522 aa  247  3e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  38.84 
 
 
596 aa  244  3e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  38.46 
 
 
610 aa  238  1e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  38.38 
 
 
523 aa  228  1e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  35.62 
 
 
523 aa  226  8e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  34.09 
 
 
498 aa  211  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  35.61 
 
 
733 aa  191  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  29.79 
 
 
638 aa  166  5.9999999999999996e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  37.09 
 
 
451 aa  165  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  28.4 
 
 
506 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  33.43 
 
 
547 aa  162  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  29.61 
 
 
487 aa  160  3e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  28.89 
 
 
484 aa  159  9e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  31.12 
 
 
544 aa  155  8e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.97 
 
 
472 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.97 
 
 
459 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.97 
 
 
395 aa  155  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  27.48 
 
 
499 aa  153  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  29.02 
 
 
499 aa  152  8e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.85 
 
 
617 aa  151  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  28.37 
 
 
447 aa  151  2e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  32.27 
 
 
476 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.17 
 
 
534 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  35.4 
 
 
281 aa  146  5e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  32.59 
 
 
476 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  28.31 
 
 
507 aa  145  9e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  32.59 
 
 
476 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31 
 
 
515 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  32.69 
 
 
473 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  30.3 
 
 
446 aa  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  31.16 
 
 
595 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  33.88 
 
 
534 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  38.83 
 
 
442 aa  144  4e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1895  Lytic transglycosylase catalytic  34.76 
 
 
693 aa  143  4e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.92 
 
 
455 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0077  Lytic transglycosylase catalytic  36.89 
 
 
322 aa  143  5e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.92 
 
 
406 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.55 
 
 
530 aa  143  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.55 
 
 
475 aa  143  6e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.92 
 
 
406 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  28.53 
 
 
498 aa  143  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.92 
 
 
406 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.92 
 
 
406 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0654  peptidoglycan-binding LysM:Lytic transglycosylase, catalytic (SLT family)  31.21 
 
 
383 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0645436  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  30.45 
 
 
419 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.26 
 
 
452 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  30.26 
 
 
452 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.26 
 
 
452 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.26 
 
 
452 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.26 
 
 
452 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.26 
 
 
406 aa  140  6e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.26 
 
 
406 aa  140  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  27.34 
 
 
620 aa  139  6e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1354  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.75 
 
 
372 aa  139  1e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.401236  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  30.74 
 
 
492 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.93 
 
 
452 aa  139  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0748  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  29.11 
 
 
372 aa  138  2e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  35.68 
 
 
587 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0673  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  28.8 
 
 
372 aa  136  5e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  28.61 
 
 
570 aa  137  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  30.74 
 
 
1021 aa  136  6.0000000000000005e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.74 
 
 
1001 aa  136  7.000000000000001e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  26.84 
 
 
448 aa  136  8e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  27.88 
 
 
518 aa  136  8e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.74 
 
 
455 aa  135  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0750  peptidoglycan-binding LysM  30.56 
 
 
377 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000075939  normal  0.966774 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  29.32 
 
 
415 aa  134  3e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  32.94 
 
 
561 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  27.3 
 
 
556 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.29 
 
 
457 aa  132  6.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  30.95 
 
 
543 aa  132  7.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.74 
 
 
464 aa  132  7.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  33.78 
 
 
1079 aa  132  9e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  35.71 
 
 
618 aa  132  9e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1082  lytic transglycosylase, catalytic  30.03 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  30.39 
 
 
498 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  29.74 
 
 
544 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  32.14 
 
 
552 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.14 
 
 
553 aa  131  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  32.14 
 
 
530 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2988  lytic transglycosylase  31.06 
 
 
503 aa  131  3e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.14 
 
 
530 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.14 
 
 
530 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  31.35 
 
 
553 aa  131  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  27.2 
 
 
516 aa  131  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.65 
 
 
457 aa  131  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  32.14 
 
 
530 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  33.33 
 
 
531 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  34.14 
 
 
512 aa  130  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000367153  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  32.14 
 
 
530 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  32.91 
 
 
529 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>