More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3759 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 
326 aa  679  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  59.44 
 
 
324 aa  418  1e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  57.98 
 
 
327 aa  417  1e-115  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  52.32 
 
 
326 aa  365  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  51.54 
 
 
326 aa  364  1e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  53.09 
 
 
327 aa  362  5e-99  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 
322 aa  349  3e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  51.86 
 
 
321 aa  346  3e-94  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  49.38 
 
 
326 aa  333  2e-90  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  44.55 
 
 
325 aa  309  5e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  45 
 
 
323 aa  305  5e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  42.11 
 
 
326 aa  300  2e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  45.39 
 
 
293 aa  278  1e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  40.71 
 
 
332 aa  244  2e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  39.55 
 
 
324 aa  237  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  9.34033e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.73 
 
 
324 aa  236  4e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 
339 aa  234  1e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  35.94 
 
 
320 aa  211  2e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 
324 aa  208  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  33.23 
 
 
329 aa  207  3e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 
330 aa  194  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  30.65 
 
 
325 aa  192  7e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  31.75 
 
 
336 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 
332 aa  182  7e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  2.78765e-05 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 
348 aa  182  7e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  33.21 
 
 
340 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  34.14 
 
 
334 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 
334 aa  175  1e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
285 aa  175  1e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  33.79 
 
 
306 aa  175  1e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  35.65 
 
 
330 aa  174  3e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 
326 aa  173  4e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.6714e-05 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  29.15 
 
 
345 aa  173  4e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 
332 aa  171  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  29.97 
 
 
347 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  33.59 
 
 
334 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  30.75 
 
 
347 aa  169  5e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 
343 aa  169  8e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 
344 aa  169  9e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  30.75 
 
 
347 aa  168  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  31.36 
 
 
347 aa  168  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.58985e-06 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  29.72 
 
 
330 aa  167  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 
327 aa  166  4e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  33.18 
 
 
341 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  32.94 
 
 
334 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  36.15 
 
 
335 aa  166  6e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  33.59 
 
 
331 aa  165  8e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  33.2 
 
 
336 aa  164  1e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  29.77 
 
 
336 aa  164  2e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  33.99 
 
 
335 aa  164  2e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 
329 aa  164  2e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  31.91 
 
 
331 aa  164  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 
333 aa  164  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  33.47 
 
 
337 aa  162  5e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  29.78 
 
 
360 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  28.43 
 
 
331 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  30.72 
 
 
320 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  28.32 
 
 
361 aa  161  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 
351 aa  159  6e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 
313 aa  159  8e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 
316 aa  158  9e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  26.23 
 
 
341 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  29.32 
 
 
332 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 
299 aa  154  3e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 
335 aa  153  4e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 
330 aa  152  9e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 
337 aa  150  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 
330 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 
344 aa  149  7e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 
331 aa  149  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 
342 aa  148  2e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  25.08 
 
 
338 aa  146  4e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  28.09 
 
 
319 aa  145  7e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 
344 aa  145  8e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 
324 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 
324 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 
324 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 
344 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 
344 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 
344 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  24.6 
 
 
345 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 
344 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 
344 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 
344 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 
322 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 
338 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  25.64 
 
 
334 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  30.14 
 
 
323 aa  143  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3383  transcriptional regulator  28.8 
 
 
320 aa  143  4e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.690138  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3445  transcriptional regulator  28.8 
 
 
320 aa  143  4e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.68449 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3394  transcriptional regulator  28.8 
 
 
320 aa  143  4e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.482598  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5976  transcriptional regulator  25.94 
 
 
325 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557743  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 
328 aa  142  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  23.78 
 
 
338 aa  142  1e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  28.38 
 
 
341 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6979  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 
319 aa  139  5e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 
334 aa  138  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 
313 aa  138  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 
322 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  23.9 
 
 
321 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>