More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3732 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
590 aa  1207  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  51.46 
 
 
587 aa  638  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  52.89 
 
 
596 aa  632  1e-180  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  50.26 
 
 
592 aa  588  1e-167  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  48.81 
 
 
592 aa  571  1e-161  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  47.29 
 
 
590 aa  538  1e-151  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  40.17 
 
 
630 aa  426  1e-118  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  41.12 
 
 
609 aa  410  1e-113  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  38.85 
 
 
610 aa  402  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  38.55 
 
 
610 aa  404  1e-111  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  39.05 
 
 
607 aa  404  1e-111  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  37.65 
 
 
610 aa  400  1e-110  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  37.96 
 
 
610 aa  398  1e-109  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  38.17 
 
 
603 aa  396  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  9.42642e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  37.23 
 
 
603 aa  382  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.90316e-12 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  37.92 
 
 
598 aa  380  1e-104  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  36.44 
 
 
610 aa  377  1e-103  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 
592 aa  374  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  36.04 
 
 
592 aa  373  1e-102  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.98 
 
 
601 aa  375  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  37.96 
 
 
612 aa  370  1e-101  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  37.06 
 
 
603 aa  372  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 
637 aa  366  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.564435 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  33.68 
 
 
633 aa  368  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.55 
 
 
602 aa  364  2e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  35.41 
 
 
602 aa  360  5e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  35.6 
 
 
598 aa  359  7e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  37.56 
 
 
602 aa  358  1e-97  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  33.49 
 
 
633 aa  357  4e-97  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  34.67 
 
 
598 aa  357  4e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.99 
 
 
597 aa  357  4e-97  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 
649 aa  355  1e-96  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  35.69 
 
 
611 aa  353  5e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  34.79 
 
 
606 aa  352  1e-95  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  3.27223e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  34.7 
 
 
598 aa  352  1e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 
597 aa  351  2e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 
597 aa  352  2e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 
597 aa  351  2e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 
616 aa  350  3e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  35.54 
 
 
595 aa  348  2e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0075  AMP-binding family protein  35.2 
 
 
568 aa  347  3e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  34.16 
 
 
608 aa  347  4e-94  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 
602 aa  347  5e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3571  AMP-binding family protein  34.92 
 
 
597 aa  345  1e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 
601 aa  344  2e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 
615 aa  345  2e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 
597 aa  345  2e-93  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0377  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 
652 aa  344  3e-93  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 
602 aa  344  3e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  35.27 
 
 
610 aa  343  4e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  33.84 
 
 
601 aa  343  5e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2186  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 
669 aa  343  5e-93  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.197211  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  34.11 
 
 
601 aa  342  1e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  34.3 
 
 
607 aa  342  1e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  33.9 
 
 
606 aa  342  1e-92  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 
601 aa  342  1e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 
599 aa  340  4e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 
599 aa  339  7e-92  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  34.85 
 
 
600 aa  338  2e-91  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  32.5 
 
 
598 aa  338  2e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  34.19 
 
 
600 aa  338  2e-91  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  34.99 
 
 
591 aa  338  2e-91  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 
617 aa  338  2e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  33.61 
 
 
599 aa  338  2e-91  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  34.64 
 
 
597 aa  337  3e-91  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  33.74 
 
 
597 aa  337  4e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  34.8 
 
 
604 aa  337  4e-91  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  37.3 
 
 
593 aa  337  5e-91  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  34.69 
 
 
606 aa  336  6e-91  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  34.59 
 
 
597 aa  336  6e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  4.90287e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 
598 aa  335  1e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2212  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 
685 aa  335  2e-90  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.169636 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  32.2 
 
 
622 aa  334  3e-90  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1547  AMP-dependent synthetase and ligase  35.25 
 
 
619 aa  334  3e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.174488  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 
601 aa  333  5e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  34.45 
 
 
605 aa  332  1e-89  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 
600 aa  331  2e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.98 
 
 
606 aa  332  2e-89  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  32.8 
 
 
601 aa  332  2e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  32.8 
 
 
601 aa  332  2e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  35.63 
 
 
604 aa  331  3e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  35.46 
 
 
604 aa  330  3e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  32.68 
 
 
588 aa  331  3e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  35.63 
 
 
604 aa  330  4e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  33.16 
 
 
597 aa  330  5e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  33.04 
 
 
622 aa  329  8e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  33.57 
 
 
601 aa  329  8e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  33.68 
 
 
594 aa  328  2e-88  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.72 
 
 
611 aa  328  2e-88  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  34.31 
 
 
599 aa  328  2e-88  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  33.8 
 
 
601 aa  327  3e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 
605 aa  327  5e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  33.67 
 
 
603 aa  326  9e-88  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  33.68 
 
 
600 aa  325  1e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  33.17 
 
 
612 aa  325  2e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 
601 aa  324  3e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2680  AMP-dependent synthetase and ligase  33.5 
 
 
601 aa  324  3e-87  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.487535  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  34.8 
 
 
598 aa  324  3e-87  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2236  AMP-dependent synthetase and ligase  34.13 
 
 
660 aa  322  1e-86  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.83669 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  33.57 
 
 
615 aa  322  1e-86  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>