49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3457 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3457  RDD domain containing protein  100 
 
 
205 aa  421  1e-117  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.052067 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0170  RDD domain-containing protein  34.97 
 
 
145 aa  80.5  0.00000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000534855  decreased coverage  0.00967799 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3591  hypothetical protein  37.59 
 
 
133 aa  77.4  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.157612  normal  0.0949488 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0171  RDD domain-containing protein  40.7 
 
 
140 aa  73.6  0.000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000652856  decreased coverage  0.0096302 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0277  RDD domain containing protein  34.81 
 
 
217 aa  71.6  0.000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.666159  normal  0.0986894 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1364  RDD domain-containing protein  32.91 
 
 
186 aa  71.6  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000121263  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1148  RDD domain containing protein  28.17 
 
 
185 aa  65.1  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00101829  hitchhiker  0.000000000000525817 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1788  RDD domain containing protein  28.06 
 
 
187 aa  62.8  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0098202  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0075  RDD domain-containing protein  24.02 
 
 
185 aa  63.2  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0306278  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3590  RDD domain containing protein  30.56 
 
 
310 aa  62.8  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1223  RDD domain containing protein  41.67 
 
 
202 aa  58.9  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2609  serine/threonine protein kinase  35.71 
 
 
415 aa  58.9  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.101255 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1213  RDD  37.8 
 
 
176 aa  57.8  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0799296  normal  0.0127909 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2289  RDD domain-containing protein  41.76 
 
 
202 aa  57  0.0000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1706  RDD  32.62 
 
 
170 aa  56.6  0.0000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.305495  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1340  serine/threonine protein kinase  27.42 
 
 
536 aa  55.5  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.975368 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0643  RDD family protein  26.73 
 
 
195 aa  51.6  0.000007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0396  RDD  26.92 
 
 
196 aa  51.6  0.000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.476249  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0355  hypothetical protein  36.36 
 
 
198 aa  50.8  0.00001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3574  RDD domain containing protein  27.01 
 
 
255 aa  50.4  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.737424  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04050  RDD family protein  28.81 
 
 
424 aa  50.4  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8545  membrane protein/domain-like protein  32.94 
 
 
175 aa  49.3  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4396  RDD  27.78 
 
 
162 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3447  RDD domain-containing protein  25.9 
 
 
254 aa  48.1  0.00009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.492648 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1596  RDD domain-containing protein  26.76 
 
 
258 aa  47  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1499  RDD domain containing protein  26.19 
 
 
174 aa  47  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  28.87 
 
 
162 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0399  RDD domain-containing protein  27.46 
 
 
278 aa  45.8  0.0005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0177068 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2608  RDD domain-containing protein  45.83 
 
 
456 aa  45.4  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.107491 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0425  RDD protein  31.48 
 
 
149 aa  45.4  0.0006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1175  RDD domain-containing protein  30.16 
 
 
166 aa  44.7  0.0009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0704  RDD domain-containing protein  31.25 
 
 
327 aa  44.7  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0141  RDD domain-containing protein  23.57 
 
 
327 aa  44.3  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0098  RDD domain containing protein  31.75 
 
 
204 aa  44.3  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1422  RDD domain-containing protein  26.43 
 
 
257 aa  44.3  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176176  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1489  RDD domain containing protein  33.82 
 
 
155 aa  44.3  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.126204  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4958  RDD domain containing protein  28.15 
 
 
231 aa  43.9  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000303152 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0232  RDD domain containing protein  26.06 
 
 
247 aa  43.5  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0115  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 
323 aa  42.7  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.508569  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0125  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 
323 aa  42.7  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4968  YxaI  35.14 
 
 
77 aa  42.4  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0134  RDD domain-containing protein  33.33 
 
 
323 aa  42.7  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.351607  normal  0.118774 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2381  RDD domain-containing protein  34.92 
 
 
414 aa  42.4  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0161  RDD  22.38 
 
 
328 aa  42  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0471891 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4266  RDD domain-containing protein  31.34 
 
 
274 aa  42  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000560964  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10177  MCE associated membrane protein  33.87 
 
 
322 aa  41.6  0.007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  30.77 
 
 
154 aa  41.6  0.008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5436  RDD domain containing protein  21.53 
 
 
214 aa  41.6  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.939168  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1745  RDD domain containing protein  32.26 
 
 
151 aa  41.2  0.01  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>