More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3444 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3444  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 		 340 aa  698    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3245  uroporphyrinogen decarboxylase  48.08 
 
 		 340 aa  335  7e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  47.79 
 
 		 340 aa  331  9e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.87416  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  46.9 
 
 		 339 aa  327  1.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  46.9 
 
 		 339 aa  326  3e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.267289  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3453  uroporphyrinogen decarboxylase  46.61 
 
 		 340 aa  325  1e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0575742  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  45.72 
 
 		 339 aa  321  9.000000000000001e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00367491  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0619  uroporphyrinogen decarboxylase  47.65 
 
 		 340 aa  317  1e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.624284  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0251  uroporphyrinogen decarboxylase  44.44 
 
 		 351 aa  312  3.9999999999999997e-84  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.821676  normal  0.456057 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  43.44 
 
 		 351 aa  307  1.0000000000000001e-82  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.551213 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0332  uroporphyrinogen decarboxylase  43.9 
 
 		 350 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0475139  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1992  uroporphyrinogen decarboxylase  44.44 
 
 		 351 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0174  uroporphyrinogen decarboxylase  43.86 
 
 		 351 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0130  uroporphyrinogen decarboxylase  43.27 
 
 		 351 aa  301  8.000000000000001e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0339923  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  42.15 
 
 		 352 aa  301  9e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  44.38 
 
 		 364 aa  301  1e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2341  uroporphyrinogen decarboxylase  43.86 
 
 		 351 aa  300  2e-80  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  42.73 
 
 		 354 aa  298  6e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  43.02 
 
 		 354 aa  296  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03630  uroporphyrinogen decarboxylase  44.87 
 
 		 343 aa  296  3e-79  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2714  uroporphyrinogen decarboxylase  43.27 
 
 		 351 aa  295  5e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0769  uroporphyrinogen decarboxylase  42.69 
 
 		 343 aa  295  7e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000649218  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  42.44 
 
 		 357 aa  295  9e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0946  uroporphyrinogen decarboxylase  44.38 
 
 		 341 aa  293  2e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  41.86 
 
 		 365 aa  293  2e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2005  uroporphyrinogen decarboxylase  43.24 
 
 		 353 aa  293  3e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2010  uroporphyrinogen decarboxylase  43.53 
 
 		 352 aa  292  5e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0101  uroporphyrinogen decarboxylase  44.41 
 
 		 341 aa  292  5e-78  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  42.61 
 
 		 355 aa  291  9e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  43.15 
 
 		 354 aa  291  1e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  42.9 
 
 		 355 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  43.44 
 
 		 354 aa  290  2e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45190  uroporphyrinogen decarboxylase  42.32 
 
 		 355 aa  290  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1089  uroporphyrinogen decarboxylase  43.62 
 
 		 348 aa  290  3e-77  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  42.61 
 
 		 355 aa  290  4e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  42.61 
 
 		 355 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  42.57 
 
 		 354 aa  288  9e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2765  uroporphyrinogen decarboxylase  43.6 
 
 		 365 aa  288  9e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1748  uroporphyrinogen decarboxylase  42.15 
 
 		 348 aa  287  1e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.489043  normal  0.975855 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6502  uroporphyrinogen decarboxylase  43.07 
 
 		 341 aa  288  1e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.607973 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1292  uroporphyrinogen decarboxylase  41.11 
 
 		 356 aa  287  2e-76  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  42.15 
 
 		 354 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  41.86 
 
 		 354 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1456  uroporphyrinogen decarboxylase  44.08 
 
 		 343 aa  286  4e-76  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1118  uroporphyrinogen decarboxylase  43.57 
 
 		 366 aa  285  8e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  41.11 
 
 		 354 aa  285  8e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0025  uroporphyrinogen decarboxylase  42.35 
 
 		 356 aa  285  9e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  41.57 
 
 		 354 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2666  uroporphyrinogen decarboxylase  41.47 
 
 		 354 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000212078  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0483  uroporphyrinogen decarboxylase  43.79 
 
 		 340 aa  283  4.0000000000000003e-75  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.258594  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1258  uroporphyrinogen decarboxylase  43.79 
 
 		 340 aa  283  4.0000000000000003e-75  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1379  uroporphyrinogen decarboxylase  43.79 
 
 		 340 aa  282  6.000000000000001e-75  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3425  uroporphyrinogen decarboxylase  44.54 
 
 		 342 aa  281  8.000000000000001e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.014949  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  41.57 
 
 		 355 aa  281  1e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3498  uroporphyrinogen decarboxylase  41.71 
 
 		 367 aa  281  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1552  uroporphyrinogen decarboxylase  43.86 
 
 		 350 aa  281  1e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  40.82 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  40.7 
 
 		 354 aa  280  2e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  39.77 
 
 		 351 aa  280  3e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  40.7 
 
 		 354 aa  280  3e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2287  uroporphyrinogen decarboxylase  40.36 
 
 		 347 aa  280  4e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.368648  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  40.82 
 
 		 354 aa  279  6e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2028  uroporphyrinogen decarboxylase  41.64 
 
 		 352 aa  279  6e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0876  uroporphyrinogen decarboxylase  41.57 
 
 		 354 aa  278  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3174  uroporphyrinogen decarboxylase  41.43 
 
 		 367 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1268  uroporphyrinogen decarboxylase  44.38 
 
 		 340 aa  278  1e-73  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  41.57 
 
 		 353 aa  278  1e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0728  uroporphyrinogen decarboxylase  41.57 
 
 		 354 aa  278  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  40.52 
 
 		 354 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  40.52 
 
 		 354 aa  277  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  40.52 
 
 		 354 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3929  uroporphyrinogen decarboxylase  41.49 
 
 		 345 aa  277  2e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  40.52 
 
 		 354 aa  277  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  40.52 
 
 		 354 aa  277  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  40.52 
 
 		 354 aa  277  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  40.52 
 
 		 354 aa  277  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  40.52 
 
 		 354 aa  277  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5896  uroporphyrinogen decarboxylase  43.86 
 
 		 354 aa  276  3e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3867  uroporphyrinogen decarboxylase  40.7 
 
 		 357 aa  276  4e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0693  uroporphyrinogen decarboxylase  40.24 
 
 		 351 aa  276  4e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0529  uroporphyrinogen decarboxylase  44.97 
 
 		 340 aa  274  1.0000000000000001e-72  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3342  uroporphyrinogen decarboxylase  40.29 
 
 		 363 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1470  uroporphyrinogen decarboxylase  43.79 
 
 		 342 aa  273  2.0000000000000002e-72  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  40.23 
 
 		 354 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  40.12 
 
 		 354 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1013  uroporphyrinogen decarboxylase  43.62 
 
 		 340 aa  274  2.0000000000000002e-72  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4498  uroporphyrinogen decarboxylase  40.23 
 
 		 354 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0575835 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0482  uroporphyrinogen decarboxylase  40.52 
 
 		 354 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3491  uroporphyrinogen decarboxylase  41.04 
 
 		 367 aa  273  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000153179  normal  0.770244 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  40 
 
 		 356 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  39.36 
 
 		 380 aa  273  4.0000000000000004e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  40.12 
 
 		 354 aa  272  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1540  uroporphyrinogen decarboxylase  39.94 
 
 		 354 aa  272  5.000000000000001e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0588582  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0387  uroporphyrinogen decarboxylase  40.94 
 
 		 354 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  39.71 
 
 		 354 aa  272  5.000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0439  uroporphyrinogen decarboxylase  42.28 
 
 		 354 aa  272  7e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3590  uroporphyrinogen decarboxylase  42.28 
 
 		 354 aa  272  7e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  42.28 
 
 		 354 aa  272  7e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0317  uroporphyrinogen decarboxylase  42.73 
 
 		 340 aa  271  8.000000000000001e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3890  uroporphyrinogen decarboxylase  40.23 
 
 		 366 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>