More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3344 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 327 aa  682    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  65.23 
 
 		 327 aa  466  9.999999999999999e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  63.08 
 
 		 326 aa  447  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  57.98 
 
 		 326 aa  417  9.999999999999999e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  60.56 
 
 		 321 aa  412  1e-114  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  56.62 
 
 		 326 aa  402  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  53.85 
 
 		 324 aa  369  1e-101  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  53.12 
 
 		 326 aa  352  4e-96  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  50.93 
 
 		 325 aa  352  4e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  49.85 
 
 		 326 aa  350  3e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  47.04 
 
 		 323 aa  333  2e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  50.53 
 
 		 293 aa  315  8e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  43.4 
 
 		 322 aa  276  3e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  42.38 
 
 		 332 aa  245  6e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  41.21 
 
 		 324 aa  245  9e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  39.94 
 
 		 339 aa  238  9e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.74 
 
 		 324 aa  237  2e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 324 aa  226  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  34.39 
 
 		 329 aa  210  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  35.51 
 
 		 320 aa  200  1.9999999999999998e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  36.09 
 
 		 325 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  33.46 
 
 		 336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 332 aa  193  4e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 330 aa  189  7e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 306 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  35.17 
 
 		 334 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 334 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 348 aa  177  3e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  32 
 
 		 340 aa  176  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  35.18 
 
 		 331 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  37.22 
 
 		 330 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  35.89 
 
 		 320 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  30.58 
 
 		 361 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 335 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  31.79 
 
 		 335 aa  166  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  33.33 
 
 		 334 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 326 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  31.95 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  31.88 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 335 aa  164  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  31.59 
 
 		 347 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  32.95 
 
 		 336 aa  162  8.000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  31.01 
 
 		 331 aa  162  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 341 aa  162  9e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 285 aa  159  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  29.36 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 347 aa  156  4e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  31.71 
 
 		 331 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 299 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 343 aa  156  6e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 360 aa  155  8e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  31.51 
 
 		 345 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 333 aa  152  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 328 aa  151  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  32.59 
 
 		 344 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  27.87 
 
 		 351 aa  150  4e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  28.62 
 
 		 330 aa  149  7e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  33.79 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  31.14 
 
 		 320 aa  147  3e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 342 aa  147  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  33.04 
 
 		 337 aa  145  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2808  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 330 aa  143  5e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.627946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 323 aa  142  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 341 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  26.32 
 
 		 338 aa  142  9e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 330 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  27.02 
 
 		 321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1615  transcriptional regulator  26.77 
 
 		 333 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 324 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 324 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 324 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 330 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  27.86 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  30.87 
 
 		 319 aa  138  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1956  transcriptional regulator  26.6 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2327  transcriptional regulator  28.97 
 
 		 316 aa  136  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.223293  normal  0.02817 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  26.32 
 
 		 319 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2740  transcriptional activator FtrA  29.53 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 344 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 336 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>