More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3165 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 389 aa  793    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 390 aa  174  2.9999999999999996e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 373 aa  136  8e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 392 aa  120  3.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  27.61 
 
 		 371 aa  119  9e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.05 
 
 		 389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 385 aa  110  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 422 aa  109  8.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 385 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  27.37 
 
 		 379 aa  105  9e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  26.79 
 
 		 406 aa  104  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 399 aa  99.4  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  23.24 
 
 		 404 aa  97.1  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 381 aa  95.9  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 370 aa  95.5  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 362 aa  94.4  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 377 aa  93.2  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 390 aa  90.5  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  24.01 
 
 		 328 aa  88.6  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  21.2 
 
 		 349 aa  87  6e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 381 aa  86.3  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 364 aa  85.9  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 389 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 392 aa  85.5  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  31.65 
 
 		 380 aa  83.6  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 390 aa  83.6  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 393 aa  83.6  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  30.89 
 
 		 438 aa  82.4  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  21.73 
 
 		 379 aa  82.4  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 391 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  35.54 
 
 		 353 aa  80.5  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  23.99 
 
 		 375 aa  80.5  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 379 aa  80.5  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 		 377 aa  80.1  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 285 aa  79.3  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 358 aa  78.2  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  23.13 
 
 		 399 aa  77  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  34.82 
 
 		 349 aa  75.1  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  25.97 
 
 		 397 aa  73.9  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  38.38 
 
 		 106 aa  74.3  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 380 aa  73.6  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.36 
 
 		 398 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  26.45 
 
 		 376 aa  70.5  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 383 aa  68.2  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 347 aa  66.6  0.0000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 357 aa  66.6  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 335 aa  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 379 aa  64.3  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 359 aa  63.5  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1291  response regulator receiver protein  31.87 
 
 		 585 aa  62.8  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.655637  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  32.95 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 276 aa  61.2  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 363 aa  60.8  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 430 aa  60.5  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 373 aa  60.5  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2823  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  30.48 
 
 		 274 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  31.82 
 
 		 307 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 337 aa  58.5  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 301 aa  58.9  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  28 
 
 		 352 aa  57.8  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 		 515 aa  57.8  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 339 aa  57.4  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.8 
 
 		 394 aa  57.4  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 295 aa  57  0.0000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 322 aa  57  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.07 
 
 		 289 aa  57  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  24.79 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 1341 aa  55.5  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 319 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  24.56 
 
 		 349 aa  55.8  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 319 aa  56.2  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3028  response regulator receiver protein  35.9 
 
 		 558 aa  55.8  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.360206  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 269 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 331 aa  55.5  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 319 aa  55.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 319 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3336  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 367 aa  55.1  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 319 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 319 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 247 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4426  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 290 aa  54.7  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378526 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 319 aa  54.3  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3380  helix-turn-helix domain-containing protein  31.96 
 
 		 288 aa  53.9  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4364  helix-turn-helix domain-containing protein  29.51 
 
 		 557 aa  54.3  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.187105  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 331 aa  53.9  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  30.93 
 
 		 294 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 368 aa  53.9  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 301 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  25.21 
 
 		 308 aa  53.5  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  25.23 
 
 		 298 aa  53.1  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0251  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 309 aa  53.1  0.000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 440 aa  53.1  0.000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 760 aa  53.1  0.000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 291 aa  53.1  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 285 aa  53.1  0.000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>