More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2937 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  100 
 
 		 439 aa  904    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  67.65 
 
 		 442 aa  623  1e-177  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  65.75 
 
 		 438 aa  602  1.0000000000000001e-171  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  67.05 
 
 		 449 aa  604  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  65.2 
 
 		 435 aa  584  1.0000000000000001e-165  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  63.87 
 
 		 441 aa  577  1.0000000000000001e-163  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  63.18 
 
 		 458 aa  571  1.0000000000000001e-162  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  62.73 
 
 		 444 aa  566  1e-160  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  61.78 
 
 		 425 aa  521  1e-147  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  54.69 
 
 		 441 aa  473  1e-132  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  50.91 
 
 		 444 aa  401  9.999999999999999e-111  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  44.03 
 
 		 451 aa  345  1e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  42.35 
 
 		 449 aa  343  2e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.79 
 
 		 451 aa  337  2.9999999999999997e-91  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.11 
 
 		 449 aa  334  2e-90  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  40.94 
 
 		 450 aa  332  1e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.75 
 
 		 438 aa  329  6e-89  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  40.79 
 
 		 450 aa  325  7e-88  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  40.79 
 
 		 450 aa  325  7e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  40.79 
 
 		 450 aa  325  1e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  40.79 
 
 		 450 aa  325  1e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  39.77 
 
 		 434 aa  324  2e-87  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  40.47 
 
 		 450 aa  324  2e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  40.57 
 
 		 448 aa  323  3e-87  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  40.37 
 
 		 450 aa  323  3e-87  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  40.56 
 
 		 450 aa  323  3e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  40.56 
 
 		 450 aa  323  3e-87  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  40.37 
 
 		 450 aa  323  3e-87  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.77 
 
 		 434 aa  323  3e-87  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.55 
 
 		 434 aa  323  5e-87  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  40.33 
 
 		 450 aa  321  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  38.84 
 
 		 454 aa  322  9.999999999999999e-87  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.94 
 
 		 429 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  40.33 
 
 		 448 aa  321  1.9999999999999998e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.95 
 
 		 444 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  40.33 
 
 		 448 aa  321  1.9999999999999998e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  40.84 
 
 		 436 aa  318  2e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  43.06 
 
 		 458 aa  317  2e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.07 
 
 		 429 aa  317  2e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.9 
 
 		 438 aa  316  5e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.97 
 
 		 431 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.91 
 
 		 450 aa  313  2.9999999999999996e-84  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  35.55 
 
 		 434 aa  306  3e-82  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  39.85 
 
 		 435 aa  306  7e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  37.86 
 
 		 452 aa  306  7e-82  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  37.03 
 
 		 431 aa  304  2.0000000000000002e-81  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.03 
 
 		 430 aa  303  5.000000000000001e-81  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  39.29 
 
 		 446 aa  302  9e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.75 
 
 		 434 aa  301  1e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.86 
 
 		 471 aa  296  7e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0459  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.93 
 
 		 453 aa  294  2e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.240377  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  38.13 
 
 		 470 aa  292  7e-78  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.03 
 
 		 438 aa  291  2e-77  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.24 
 
 		 466 aa  290  4e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.37 
 
 		 456 aa  288  1e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  40.4 
 
 		 437 aa  286  5e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  36.53 
 
 		 440 aa  285  8e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  40.15 
 
 		 439 aa  281  2e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.59 
 
 		 495 aa  280  4e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.67 
 
 		 432 aa  279  5e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.32 
 
 		 450 aa  277  3e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.42 
 
 		 442 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  36.3 
 
 		 436 aa  269  8e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.06 
 
 		 427 aa  264  3e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  36.14 
 
 		 446 aa  261  1e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  34.81 
 
 		 416 aa  255  1.0000000000000001e-66  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.16 
 
 		 429 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.11 
 
 		 467 aa  252  9.000000000000001e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.35 
 
 		 411 aa  251  1e-65  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  33.1 
 
 		 413 aa  249  5e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0853  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.57 
 
 		 416 aa  249  6e-65  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.230835  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.03 
 
 		 434 aa  248  1e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.8 
 
 		 434 aa  248  1e-64  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.6 
 
 		 408 aa  241  2e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1807  RNA modification enzyme, MiaB family  34.38 
 
 		 451 aa  239  8e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000210311  decreased coverage  0.000315868 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.72 
 
 		 417 aa  237  3e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.2 
 
 		 421 aa  237  3e-61  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.49 
 
 		 451 aa  237  3e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000349639  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0785  MiaB family tRNA modification protein  34.38 
 
 		 429 aa  231  2e-59  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.96 
 
 		 420 aa  229  5e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0319  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.91 
 
 		 419 aa  228  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0789  tRNA 2-methylthioadenosine synthase  33.41 
 
 		 411 aa  227  3e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.594901  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2352  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.12 
 
 		 443 aa  227  4e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0849  RNA modification enzyme, MiaB family  30.22 
 
 		 458 aa  224  2e-57  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.51 
 
 		 420 aa  223  4e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0217  MiaB family tRNA modification protein  33.41 
 
 		 412 aa  223  6e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6072  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.69 
 
 		 449 aa  221  9.999999999999999e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0928741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2722  hypothetical protein  33.78 
 
 		 435 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.25 
 
 		 421 aa  221  3e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2350  RNA modification protein  31.7 
 
 		 450 aa  220  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.787285  normal  0.113226 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0214  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.85 
 
 		 420 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0176423 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.9 
 
 		 409 aa  216  8e-55  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1402  RNA modification enzyme, MiaB family  32.9 
 
 		 462 aa  215  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2731  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.13 
 
 		 441 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.549128  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2445  RNA modification enzyme, MiaB family  32.51 
 
 		 417 aa  213  3.9999999999999995e-54  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.839572  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2207  RNA modification enzyme, MiaB family  32.81 
 
 		 440 aa  213  3.9999999999999995e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2980  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.45 
 
 		 425 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.065406 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2497  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.12 
 
 		 411 aa  212  1e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0715823  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2775  2-methylthioadenine synthetase  33.99 
 
 		 422 aa  211  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.254506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0935  MiaB-like radical SAM protein  32.2 
 
 		 425 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>