More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2709 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_2709  RagB/SusD domain protein  100 
 
 
489 aa  1013    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000284151  normal  0.714697 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1857  RagB/SusD domain protein  33.64 
 
 
505 aa  230  4e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363797  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0199  RagB/SusD domain protein  32.63 
 
 
511 aa  214  3.9999999999999995e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.820829  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6287  RagB/SusD domain protein  32.55 
 
 
531 aa  193  5e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.360151 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2140  RagB/SusD domain protein  32.77 
 
 
529 aa  192  1e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.305226 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  32.18 
 
 
483 aa  191  2e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  30.63 
 
 
484 aa  188  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4497  RagB/SusD domain protein  30.24 
 
 
531 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  33.53 
 
 
477 aa  181  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  31.05 
 
 
460 aa  162  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6447  RagB/SusD domain protein  30.71 
 
 
527 aa  159  8e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  28.03 
 
 
502 aa  159  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  30.9 
 
 
481 aa  157  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4005  RagB/SusD domain protein  27.9 
 
 
495 aa  155  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0243804  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  29.98 
 
 
479 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  31.16 
 
 
506 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3372  RagB/SusD domain protein  29.28 
 
 
549 aa  153  5e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1590  RagB/SusD domain protein  28.57 
 
 
540 aa  154  5e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.361992 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3634  RagB/SusD domain protein  31.88 
 
 
508 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0518  RagB/SusD domain protein  29.31 
 
 
483 aa  152  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00138157 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  28.51 
 
 
473 aa  150  6e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1774  RagB/SusD domain protein  29.94 
 
 
548 aa  145  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.475822  normal  0.891404 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1849  RagB/SusD domain protein  28.96 
 
 
557 aa  145  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5550  RagB/SusD domain protein  29.58 
 
 
520 aa  144  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  28.62 
 
 
519 aa  144  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  30.93 
 
 
494 aa  144  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3874  RagB/SusD domain protein  32.46 
 
 
568 aa  143  5e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.483678  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  29.69 
 
 
499 aa  139  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  27.41 
 
 
499 aa  137  4e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  30.11 
 
 
507 aa  137  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  28.49 
 
 
493 aa  135  1.9999999999999998e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5395  RagB/SusD domain protein  25.85 
 
 
506 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0481462  normal  0.244827 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  29.08 
 
 
497 aa  134  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  25.98 
 
 
481 aa  133  7.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  27.43 
 
 
500 aa  133  9e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  29.52 
 
 
486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1019  RagB/SusD domain protein  28.31 
 
 
566 aa  132  2.0000000000000002e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  27.51 
 
 
498 aa  130  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  26.25 
 
 
527 aa  130  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2529  RagB/SusD domain protein  27.03 
 
 
579 aa  130  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500869  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2136  RagB/SusD domain protein  28.63 
 
 
470 aa  130  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.528291 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  28.63 
 
 
461 aa  129  1.0000000000000001e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  27.13 
 
 
478 aa  129  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  29.42 
 
 
476 aa  128  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  32.11 
 
 
494 aa  127  3e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  28.27 
 
 
492 aa  126  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  26.77 
 
 
491 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1122  RagB/SusD domain protein  25.97 
 
 
511 aa  125  1e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  29.47 
 
 
486 aa  125  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1487  RagB/SusD domain protein  30.35 
 
 
561 aa  125  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.424946 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2282  RagB/SusD domain protein  28.36 
 
 
540 aa  125  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108991 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4558  RagB/SusD domain protein  29.43 
 
 
555 aa  125  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.001407  normal  0.0159313 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  25.74 
 
 
488 aa  124  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  28.04 
 
 
448 aa  123  7e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  27.76 
 
 
494 aa  122  9.999999999999999e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  26.78 
 
 
477 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0781  RagB/SusD domain-containing protein  27.78 
 
 
531 aa  121  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3870  RagB/SusD domain-containing protein  27.27 
 
 
498 aa  121  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248974  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  28.52 
 
 
514 aa  121  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  25.41 
 
 
514 aa  120  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3864  RagB/SusD domain-containing protein  30.3 
 
 
507 aa  119  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0348002  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  29.25 
 
 
511 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  28.23 
 
 
522 aa  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  27.77 
 
 
513 aa  119  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2828  RagB/SusD domain protein  27.37 
 
 
549 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.251846  normal  0.0738006 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3578  RagB/SusD domain protein  28.15 
 
 
472 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.728117  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  26.59 
 
 
488 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  25.18 
 
 
501 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1561  RagB/SusD domain-containing protein  27.85 
 
 
511 aa  117  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2242  RagB/SusD domain protein  25.94 
 
 
557 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0577944  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  25.98 
 
 
476 aa  117  5e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  26.94 
 
 
541 aa  117  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4818  RagB/SusD domain protein  27.59 
 
 
486 aa  116  7.999999999999999e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0677815  unclonable  0.0000000000000348036 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6530  RagB/SusD domain protein  27.45 
 
 
521 aa  116  8.999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4209  RagB/SusD domain protein  27 
 
 
456 aa  116  8.999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2721  RagB/SusD domain protein  27.6 
 
 
550 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0628838  normal  0.846389 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  27.68 
 
 
487 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  26.6 
 
 
499 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  28.71 
 
 
503 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  25.14 
 
 
503 aa  114  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4813  RagB/SusD domain protein  27.93 
 
 
568 aa  114  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00404134  unclonable  0.0000000000000282037 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  24.95 
 
 
506 aa  113  7.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2240  RagB/SusD domain protein  26.16 
 
 
584 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0277051  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3250  RagB/SusD domain-containing protein  27.17 
 
 
511 aa  112  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1984  RagB/SusD domain protein  27.8 
 
 
461 aa  111  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.494164  hitchhiker  0.00000440617 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3496  RagB/SusD domain protein  28.21 
 
 
519 aa  111  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000423782  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3876  RagB/SusD domain protein  24.95 
 
 
587 aa  110  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2644  RagB/SusD domain protein  25.38 
 
 
490 aa  109  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.941538 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2080  RagB/SusD domain protein  27.88 
 
 
457 aa  108  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0104067  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  27.03 
 
 
490 aa  108  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0810  RagB/SusD domain protein  25.78 
 
 
499 aa  108  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00428067  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2115  RagB/SusD domain protein  27.39 
 
 
508 aa  108  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.103234  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3171  RagB/SusD domain protein  29.75 
 
 
579 aa  108  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670451  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6683  RagB/SusD domain protein  27.14 
 
 
490 aa  107  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1684  RagB/SusD domain protein  25.09 
 
 
611 aa  107  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.390743  normal  0.0953586 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2244  RagB/SusD domain protein  28.18 
 
 
532 aa  107  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.170816  normal  0.955018 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3421  RagB/SusD domain protein  26.21 
 
 
521 aa  107  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1282  RagB/SusD domain protein  26.48 
 
 
613 aa  107  7e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0005  RagB/SusD domain protein  27.39 
 
 
504 aa  106  8e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1801  RagB/SusD domain protein  28.31 
 
 
587 aa  106  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>