146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2561 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  100 
 
 		 332 aa  690    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  52.74 
 
 		 340 aa  366  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  52.01 
 
 		 383 aa  362  4e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  49.55 
 
 		 371 aa  349  4e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  50.15 
 
 		 349 aa  342  7e-93  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  49.39 
 
 		 375 aa  341  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  49.39 
 
 		 348 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  47.38 
 
 		 347 aa  338  9.999999999999999e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  48.94 
 
 		 348 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  49.38 
 
 		 346 aa  334  1e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  47.15 
 
 		 368 aa  333  3e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  48.48 
 
 		 366 aa  330  2e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  48.48 
 
 		 366 aa  329  5.0000000000000004e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  48.36 
 
 		 351 aa  329  5.0000000000000004e-89  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  48.62 
 
 		 332 aa  323  2e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  50.15 
 
 		 338 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  49.24 
 
 		 338 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  48.94 
 
 		 338 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  47.55 
 
 		 340 aa  316  4e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  48.35 
 
 		 338 aa  315  6e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  45.45 
 
 		 362 aa  314  9.999999999999999e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  45.9 
 
 		 383 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  45.9 
 
 		 383 aa  309  4e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  45.57 
 
 		 342 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  47.15 
 
 		 335 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  46.69 
 
 		 344 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  47.55 
 
 		 350 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  46.18 
 
 		 382 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  46.81 
 
 		 335 aa  304  1.0000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  45.59 
 
 		 358 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  44.79 
 
 		 383 aa  298  7e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  41.1 
 
 		 332 aa  281  7.000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  40.06 
 
 		 328 aa  268  7e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  39.74 
 
 		 328 aa  267  2e-70  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  39.7 
 
 		 328 aa  265  1e-69  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  38.78 
 
 		 328 aa  263  2e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  41.72 
 
 		 340 aa  258  7e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  40 
 
 		 328 aa  257  2e-67  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  39.62 
 
 		 330 aa  253  3e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  40.12 
 
 		 348 aa  243  5e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  39.22 
 
 		 344 aa  236  4e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  37.9 
 
 		 338 aa  228  8e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  38.39 
 
 		 344 aa  228  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  39.09 
 
 		 349 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  36.42 
 
 		 355 aa  225  8e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  37.99 
 
 		 354 aa  223  3e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  36.97 
 
 		 371 aa  223  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  37.5 
 
 		 336 aa  222  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  37.01 
 
 		 352 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  36.23 
 
 		 337 aa  221  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  36.39 
 
 		 347 aa  220  3e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  36.83 
 
 		 348 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  37.88 
 
 		 356 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  38.11 
 
 		 351 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  36.34 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  36.64 
 
 		 335 aa  218  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  39.26 
 
 		 337 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  36.72 
 
 		 352 aa  216  5e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  36.96 
 
 		 348 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  37.01 
 
 		 352 aa  215  7e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  35.63 
 
 		 338 aa  213  4.9999999999999996e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  36.28 
 
 		 334 aa  212  5.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  36.72 
 
 		 345 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  36.28 
 
 		 365 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  35.44 
 
 		 351 aa  206  5e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  35.06 
 
 		 329 aa  205  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  33.83 
 
 		 337 aa  202  4e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  35.47 
 
 		 390 aa  199  7e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  33.03 
 
 		 357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  33.33 
 
 		 330 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  33.01 
 
 		 330 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  33.01 
 
 		 330 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  32.26 
 
 		 330 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  30.36 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.25 
 
 		 1017 aa  140  3.9999999999999997e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  28.4 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  25.69 
 
 		 321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  29.67 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  28.27 
 
 		 319 aa  107  4e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  25.68 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  24.2 
 
 		 317 aa  75.5  0.000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  24.62 
 
 		 317 aa  68.9  0.0000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  24.92 
 
 		 327 aa  67.8  0.0000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  20.89 
 
 		 591 aa  60.1  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  29.37 
 
 		 884 aa  58.2  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4121  beta-lactamase domain-containing protein  29.33 
 
 		 457 aa  56.2  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.729695 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  27.43 
 
 		 339 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4519  exonuclease/RNA metabolizing protein  28.21 
 
 		 452 aa  55.1  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  decreased coverage  0.00562504 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  27.56 
 
 		 337 aa  54.3  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  30.97 
 
 		 452 aa  53.9  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  28.23 
 
 		 793 aa  53.9  0.000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1967  beta-lactamase-like  29.75 
 
 		 454 aa  53.1  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166456  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1047  beta-lactamase domain-containing protein  21.95 
 
 		 426 aa  53.1  0.000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3460  beta-lactamase domain-containing protein  26.54 
 
 		 452 aa  52.8  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.857931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2046  beta-lactamase domain-containing protein  28.46 
 
 		 461 aa  52.4  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3493  metallo-beta-lactamase family protein  25.42 
 
 		 468 aa  52  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.828376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  27.34 
 
 		 454 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5670  hypothetical protein  22.02 
 
 		 338 aa  52.4  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0729978 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  27.34 
 
 		 454 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  27.52 
 
 		 616 aa  52.4  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>