More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2431 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  100 
 
 		 294 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 292 aa  229  3e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  35.03 
 
 		 288 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3095  AraC family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7100  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 292 aa  109  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.723966  normal  0.268951 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2354  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 274 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.227413 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2677  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 274 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1573  transcriptional regulator MmsR  27.64 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  25.76 
 
 		 306 aa  96.7  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18110  transcriptional regulator MmsR  27.48 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1012  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 274 aa  94.4  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3518  transcriptional regulator, AraC family  23.72 
 
 		 275 aa  92  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.630647 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 265 aa  91.7  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  31.39 
 
 		 272 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  23.97 
 
 		 311 aa  87.4  2e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  30.66 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  23.87 
 
 		 273 aa  87.4  3e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 302 aa  85.9  7e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1546  AraC family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 275 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000827637  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2912  AraC family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 278 aa  83.2  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  26.06 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000994716  hitchhiker  0.0000611237 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  26.25 
 
 		 286 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  28.03 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  26.62 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 282 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 344 aa  77.4  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 162 aa  77.4  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 		 286 aa  76.6  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2167  AraC family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 261 aa  76.3  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  21.43 
 
 		 297 aa  75.5  0.0000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  28.4 
 
 		 282 aa  75.5  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3119  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.85 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00676861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  28.4 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  28.4 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0082  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 168 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  27.81 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 279 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0074  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 168 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 537 aa  73.9  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3961  AraC family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 349 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0742642 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  28.4 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3559  AraC family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 349 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.69 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  25.61 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  32.8 
 
 		 331 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2564  AraC family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 349 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.972599 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 353 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  24.46 
 
 		 279 aa  72  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0844  AraC family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  31.54 
 
 		 336 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 271 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  26.58 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  25.85 
 
 		 288 aa  71.6  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  30.16 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  30.06 
 
 		 519 aa  70.5  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 164 aa  70.9  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  35.29 
 
 		 334 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1984  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 275 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  43.37 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 		 279 aa  69.7  0.00000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  31.75 
 
 		 273 aa  69.3  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  33.96 
 
 		 335 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 248 aa  69.3  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  24.56 
 
 		 273 aa  69.3  0.00000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  36.67 
 
 		 112 aa  68.9  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4046  AraC family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 539 aa  69.3  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 386 aa  69.3  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6896  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 275 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.770331  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>