More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1873 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_1873  Homoserine dehydrogenase  100 
 
 
413 aa  834    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000161623  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1962  Homoserine dehydrogenase  52.45 
 
 
398 aa  387  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.98041 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2311  homoserine dehydrogenase  38.1 
 
 
418 aa  209  8e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0888168  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1964  Homoserine dehydrogenase  34.93 
 
 
442 aa  208  2e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.052998  hitchhiker  0.000903796 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2173  homoserine dehydrogenase  34.67 
 
 
441 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.785013  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1878  homoserine dehydrogenase  36.91 
 
 
442 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0688799  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3603  homoserine dehydrogenase  37.5 
 
 
400 aa  202  8e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000021314  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2381  homoserine dehydrogenase  36.28 
 
 
443 aa  202  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0434053  normal  0.518903 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0506  homoserine dehydrogenase  33.95 
 
 
428 aa  202  9e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6225  homoserine dehydrogenase  36.28 
 
 
442 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1854  homoserine dehydrogenase  36.28 
 
 
442 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0634592  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08881  homoserine dehydrogenase  32.73 
 
 
438 aa  201  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0669  Homoserine dehydrogenase  34.12 
 
 
441 aa  200  3e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1551  homoserine dehydrogenase  33.24 
 
 
439 aa  200  3.9999999999999996e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1419  homoserine dehydrogenase  35.33 
 
 
442 aa  200  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.470223  normal  0.0359318 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5527  homoserine dehydrogenase  34.66 
 
 
431 aa  199  7e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000793551  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1806  homoserine dehydrogenase  35.65 
 
 
443 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.149536  hitchhiker  0.00453238 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5256  homoserine dehydrogenase  32.43 
 
 
417 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5654  homoserine dehydrogenase  32.43 
 
 
417 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1792  homoserine dehydrogenase  35.33 
 
 
442 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.075233  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11421  homoserine dehydrogenase  38.12 
 
 
433 aa  198  1.0000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.209412  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5102  homoserine dehydrogenase  34.38 
 
 
431 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000707166  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5533  homoserine dehydrogenase  34.38 
 
 
431 aa  197  3e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000461441  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5085  homoserine dehydrogenase  34.38 
 
 
431 aa  197  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  5.2100400000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5197  homoserine dehydrogenase  34.66 
 
 
431 aa  197  3e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000108482  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5583  homoserine dehydrogenase  34.38 
 
 
431 aa  197  3e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5499  homoserine dehydrogenase  34.38 
 
 
431 aa  197  3e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1764  homoserine dehydrogenase  35.33 
 
 
442 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.336124 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5424  homoserine dehydrogenase  34.38 
 
 
431 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000131311  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0702  homoserine dehydrogenase  34.2 
 
 
438 aa  196  7e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0931  homoserine dehydrogenase  35.65 
 
 
443 aa  196  7e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.516098 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5155  homoserine dehydrogenase  35.02 
 
 
442 aa  196  9e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.350686  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1366  Homoserine dehydrogenase  35.07 
 
 
424 aa  195  2e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0169  Homoserine dehydrogenase  35.71 
 
 
423 aa  194  3e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1062  homoserine dehydrogenase  35.56 
 
 
433 aa  194  3e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1452  homoserine dehydrogenase  32.95 
 
 
414 aa  194  3e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0556341  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2946  homoserine dehydrogenase  37.46 
 
 
438 aa  193  5e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.470523  hitchhiker  0.00956277 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1638  homoserine dehydrogenase  36.62 
 
 
441 aa  192  7e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.333555  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08020  Homoserine dehydrogenase  37.18 
 
 
428 aa  192  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00145956  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15361  homoserine dehydrogenase  33.94 
 
 
440 aa  192  1e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.261974  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1165  homoserine dehydrogenase  35.44 
 
 
430 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00607285  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2025  homoserine dehydrogenase  35.24 
 
 
438 aa  191  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3923  homoserine dehydrogenase  34.58 
 
 
431 aa  191  2e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000186761  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2222  Homoserine dehydrogenase  36.27 
 
 
441 aa  190  5e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.212971  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5219  homoserine dehydrogenase  34.08 
 
 
449 aa  189  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.697669  normal 
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_48694  predicted protein  36.5 
 
 
437 aa  189  8e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.203974  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0290  homoserine dehydrogenase  35.99 
 
 
428 aa  189  9e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000435351  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1120  homoserine dehydrogenase  33.9 
 
 
427 aa  189  1e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0445  Homoserine dehydrogenase  36.31 
 
 
436 aa  188  1e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.68912  normal  0.720886 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1238  homoserine dehydrogenase  34.71 
 
 
444 aa  188  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00324342 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1966  homoserine dehydrogenase  34.62 
 
 
436 aa  189  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000284917  normal  0.216212 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1218  homoserine dehydrogenase  34.39 
 
 
440 aa  188  1e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0380399  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2310  Homoserine dehydrogenase  36.27 
 
 
441 aa  188  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2731  homoserine dehydrogenase  36.02 
 
 
429 aa  188  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3015  Homoserine dehydrogenase  32.91 
 
 
398 aa  187  2e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00421083  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0217  homoserine dehydrogenase  32.05 
 
 
422 aa  187  3e-46  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11571  homoserine dehydrogenase  32.72 
 
 
433 aa  187  3e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.292612  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1075  homoserine dehydrogenase  33.12 
 
 
408 aa  187  3e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.0000000000110066  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11561  homoserine dehydrogenase  37.19 
 
 
433 aa  186  5e-46  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0882  homoserine dehydrogenase  34.71 
 
 
427 aa  186  8e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00444587  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1453  homoserine dehydrogenase  37.11 
 
 
440 aa  186  9e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0771081  hitchhiker  0.000482851 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0786  homoserine dehydrogenase  37.58 
 
 
425 aa  185  1.0000000000000001e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1251  homoserine dehydrogenase  32.93 
 
 
438 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000453737  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2190  homoserine dehydrogenase  32.21 
 
 
447 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0858531  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1496  homoserine dehydrogenase  33.86 
 
 
431 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000888865  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0438  homoserine dehydrogenase  35.67 
 
 
436 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2231  homoserine dehydrogenase  33.12 
 
 
448 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0168206  hitchhiker  0.0000403995 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1387  homoserine dehydrogenase  33.85 
 
 
433 aa  184  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1922  homoserine dehydrogenase  35.26 
 
 
436 aa  184  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_26813  predicted protein  35.27 
 
 
456 aa  184  3e-45  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.996098  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0125  homoserine dehydrogenase  32.21 
 
 
436 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1376  homoserine dehydrogenase  36.88 
 
 
415 aa  182  7e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000372588  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2074  homoserine dehydrogenase  34.77 
 
 
435 aa  182  7e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1385  homoserine dehydrogenase  34.93 
 
 
442 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0022  homoserine dehydrogenase  34.93 
 
 
442 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7536  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2396  homoserine dehydrogenase  34.93 
 
 
442 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1147  homoserine dehydrogenase  34.93 
 
 
442 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0258107  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2232  homoserine dehydrogenase  34.93 
 
 
442 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1875  homoserine dehydrogenase  34.93 
 
 
442 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2270  homoserine dehydrogenase  34.93 
 
 
442 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.606772  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1412  homoserine dehydrogenase  34.16 
 
 
436 aa  182  1e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.874068 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1993  homoserine dehydrogenase  34.29 
 
 
436 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2198  homoserine dehydrogenase  35.05 
 
 
442 aa  182  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000000198219  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1153  homoserine dehydrogenase  34.45 
 
 
431 aa  182  1e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2051  homoserine dehydrogenase  33.23 
 
 
431 aa  181  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000682856  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2073  homoserine dehydrogenase  33.23 
 
 
431 aa  181  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000583886  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1912  homoserine dehydrogenase  34.69 
 
 
452 aa  181  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0291  homoserine dehydrogenase  32.42 
 
 
438 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1929  Homoserine dehydrogenase  34.81 
 
 
430 aa  180  4e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3041  homoserine dehydrogenase  33.15 
 
 
432 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1799  homoserine dehydrogenase  32.6 
 
 
431 aa  180  4.999999999999999e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000101112  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1782  homoserine dehydrogenase  32.92 
 
 
431 aa  180  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000962498  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2002  homoserine dehydrogenase  32.6 
 
 
431 aa  180  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.97211e-42 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1280  homoserine dehydrogenase  29.84 
 
 
428 aa  179  4.999999999999999e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000268679  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1414  homoserine dehydrogenase  36.89 
 
 
417 aa  179  5.999999999999999e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1263  homoserine dehydrogenase  34.59 
 
 
439 aa  179  7e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.692056 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1831  homoserine dehydrogenase  32.8 
 
 
440 aa  179  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1005  homoserine dehydrogenase  33.96 
 
 
439 aa  179  8e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1237  homoserine dehydrogenase  31.55 
 
 
439 aa  179  9e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0179197  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3388  Homoserine dehydrogenase  34.81 
 
 
430 aa  179  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>