67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1817 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1817  hypothetical protein  100 
 
 		 120 aa  247  3e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0179711  decreased coverage  0.0000000000587456 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1809  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 		 150 aa  60.1  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000134184 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  59.3  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  32.29 
 
 		 292 aa  57.4  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 294 aa  56.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  33.75 
 
 		 296 aa  53.9  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  32.58 
 
 		 305 aa  53.5  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 296 aa  52.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  32 
 
 		 305 aa  53.1  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 292 aa  52.8  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 281 aa  51.6  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 298 aa  51.2  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 297 aa  50.8  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 315 aa  49.3  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 		 289 aa  48.9  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  32.97 
 
 		 290 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 317 aa  48.9  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  39.24 
 
 		 282 aa  48.1  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 291 aa  47.8  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  32.18 
 
 		 308 aa  47.4  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 290 aa  47  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 286 aa  46.6  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 299 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 305 aa  46.6  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 297 aa  46.2  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3551  helix-turn-helix domain-containing protein  25.29 
 
 		 231 aa  45.8  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.427792  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  30.95 
 
 		 263 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 310 aa  45.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 295 aa  46.2  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  30.59 
 
 		 288 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 309 aa  44.7  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.43 
 
 		 298 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.43 
 
 		 298 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.43 
 
 		 298 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.43 
 
 		 298 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.43 
 
 		 298 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 310 aa  44.3  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  30.59 
 
 		 288 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  27.16 
 
 		 293 aa  44.3  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  28.89 
 
 		 299 aa  43.9  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 278 aa  43.9  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  26.97 
 
 		 279 aa  43.9  0.0008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 296 aa  43.5  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 287 aa  43.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 304 aa  43.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 300 aa  43.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  28.28 
 
 		 299 aa  43.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  28.92 
 
 		 296 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  30.12 
 
 		 290 aa  42.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 303 aa  42.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 296 aa  42.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.62 
 
 		 296 aa  42.4  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 305 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  24.72 
 
 		 295 aa  42  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  27.62 
 
 		 296 aa  42  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  27.62 
 
 		 296 aa  42  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 292 aa  42  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 289 aa  42  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 307 aa  41.6  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 319 aa  41.6  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 287 aa  40.8  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  27.96 
 
 		 280 aa  40.8  0.006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  22.58 
 
 		 303 aa  40.8  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  31.03 
 
 		 291 aa  40.8  0.007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 		 295 aa  40.8  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 316 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 292 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>