More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1629 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  49.86 
 
 		 702 aa  711    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  52.65 
 
 		 742 aa  743    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  53.72 
 
 		 735 aa  796    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  49.36 
 
 		 825 aa  716    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  53.16 
 
 		 726 aa  757    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  48.62 
 
 		 795 aa  671    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  100 
 
 		 709 aa  1454    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  55.3 
 
 		 750 aa  781    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  50.07 
 
 		 718 aa  664    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  48.75 
 
 		 705 aa  629  1e-179  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  41.69 
 
 		 751 aa  536  1e-151  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  42.47 
 
 		 762 aa  533  1e-150  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  38.65 
 
 		 762 aa  531  1e-149  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  40.2 
 
 		 706 aa  527  1e-148  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  42.24 
 
 		 791 aa  528  1e-148  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  42.51 
 
 		 791 aa  522  1e-147  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  38.76 
 
 		 758 aa  520  1e-146  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  41.41 
 
 		 770 aa  520  1e-146  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  42.27 
 
 		 794 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  39.35 
 
 		 716 aa  511  1e-143  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  38.88 
 
 		 790 aa  503  1e-141  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  40.35 
 
 		 795 aa  504  1e-141  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  38.88 
 
 		 790 aa  503  1e-141  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  38.9 
 
 		 788 aa  502  1e-141  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  39.1 
 
 		 806 aa  499  1e-140  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  37.26 
 
 		 715 aa  500  1e-140  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  39.6 
 
 		 751 aa  501  1e-140  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  39.6 
 
 		 751 aa  500  1e-140  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  38.57 
 
 		 806 aa  496  1e-139  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  38.86 
 
 		 808 aa  497  1e-139  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  38.86 
 
 		 804 aa  497  1e-139  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  38.71 
 
 		 810 aa  497  1e-139  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  38.71 
 
 		 806 aa  497  1e-139  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  39.89 
 
 		 716 aa  496  1e-139  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  38.86 
 
 		 808 aa  497  1e-139  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  38.86 
 
 		 808 aa  498  1e-139  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  38.1 
 
 		 709 aa  496  1e-139  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  36.78 
 
 		 792 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  38.18 
 
 		 792 aa  493  9.999999999999999e-139  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  38.42 
 
 		 812 aa  494  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  38.65 
 
 		 814 aa  494  9.999999999999999e-139  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  38.75 
 
 		 706 aa  489  1e-137  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  39.87 
 
 		 795 aa  484  1e-135  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  37.41 
 
 		 903 aa  477  1e-133  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  39.73 
 
 		 757 aa  477  1e-133  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  39.26 
 
 		 722 aa  464  1e-129  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  38.46 
 
 		 752 aa  464  1e-129  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  36.87 
 
 		 759 aa  455  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  36.86 
 
 		 766 aa  450  1e-125  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  38.57 
 
 		 763 aa  451  1e-125  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  34.7 
 
 		 705 aa  443  1e-123  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  37.11 
 
 		 763 aa  442  9.999999999999999e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  36.69 
 
 		 710 aa  433  1e-120  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  34.47 
 
 		 770 aa  433  1e-120  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  36.62 
 
 		 710 aa  434  1e-120  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  35.35 
 
 		 777 aa  429  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  33.62 
 
 		 758 aa  432  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  34.83 
 
 		 755 aa  426  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  36.83 
 
 		 810 aa  428  1e-118  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  36.94 
 
 		 704 aa  429  1e-118  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  33.95 
 
 		 726 aa  424  1e-117  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  34.6 
 
 		 726 aa  424  1e-117  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  33.62 
 
 		 818 aa  426  1e-117  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  34.4 
 
 		 863 aa  420  1e-116  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  35.07 
 
 		 840 aa  421  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  33.85 
 
 		 758 aa  419  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  33.29 
 
 		 720 aa  414  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  35.54 
 
 		 708 aa  411  1e-113  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  34.66 
 
 		 735 aa  412  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  35.93 
 
 		 737 aa  410  1e-113  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  34.4 
 
 		 817 aa  412  1e-113  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  34.01 
 
 		 870 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  33.82 
 
 		 819 aa  408  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  32.87 
 
 		 937 aa  409  1.0000000000000001e-112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  33.38 
 
 		 803 aa  408  1.0000000000000001e-112  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  34.28 
 
 		 876 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  35.28 
 
 		 813 aa  408  1.0000000000000001e-112  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  34.72 
 
 		 737 aa  405  1e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3965  ribonuclease R  30.89 
 
 		 827 aa  405  1e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.120955  normal  0.449748 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  33.97 
 
 		 1182 aa  400  9.999999999999999e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  33.66 
 
 		 871 aa  397  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  35.75 
 
 		 801 aa  399  1e-109  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  34.31 
 
 		 865 aa  399  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  33.19 
 
 		 836 aa  397  1e-109  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  34.29 
 
 		 737 aa  398  1e-109  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  33.11 
 
 		 848 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  32.96 
 
 		 824 aa  396  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  33.1 
 
 		 808 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  33.1 
 
 		 808 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  33.76 
 
 		 815 aa  398  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  33.83 
 
 		 733 aa  392  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  33.67 
 
 		 736 aa  392  1e-108  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  33.81 
 
 		 864 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  33.67 
 
 		 749 aa  393  1e-108  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  32.47 
 
 		 801 aa  393  1e-108  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  34.38 
 
 		 1055 aa  395  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  32.94 
 
 		 838 aa  393  1e-108  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  33.62 
 
 		 810 aa  395  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1342  exoribonuclease R  34.64 
 
 		 667 aa  392  1e-108  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  32.82 
 
 		 809 aa  395  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>