More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1489 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 
323 aa  668    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  49.53 
 
 
326 aa  345  8e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  47.04 
 
 
327 aa  333  2e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  46.39 
 
 
321 aa  330  1e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  44.83 
 
 
326 aa  319  3e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  46.71 
 
 
326 aa  318  5e-86  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.75 
 
 
327 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  45 
 
 
326 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  42.41 
 
 
326 aa  304  1.0000000000000001e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  42.95 
 
 
325 aa  288  6e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  40.87 
 
 
324 aa  278  1e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.75 
 
 
293 aa  268  1e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  36.6 
 
 
322 aa  241  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 
332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.81 
 
 
324 aa  218  1e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 
324 aa  209  4e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  30.29 
 
 
339 aa  192  6e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 
324 aa  185  7e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  32.29 
 
 
320 aa  182  7e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  28.44 
 
 
361 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 
330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  29.72 
 
 
340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 
348 aa  163  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 
343 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  28.74 
 
 
329 aa  160  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 
332 aa  158  1e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 
322 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 
341 aa  155  9e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  34.53 
 
 
330 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 
306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  31.08 
 
 
334 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  30.12 
 
 
320 aa  151  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 
285 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 
360 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 
334 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  30.95 
 
 
335 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 
324 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  29.54 
 
 
336 aa  148  9e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 
324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 
299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 
324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  30.96 
 
 
334 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  32.27 
 
 
332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  26.17 
 
 
334 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  29.48 
 
 
331 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 
322 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 
334 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  30.96 
 
 
336 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  25.57 
 
 
325 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  28.69 
 
 
332 aa  144  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  24.92 
 
 
313 aa  142  8e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 
322 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 
327 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 
335 aa  139  6e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  29.96 
 
 
331 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 
344 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  25.23 
 
 
338 aa  139  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 
330 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 
330 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  28.39 
 
 
331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 
344 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  26.17 
 
 
345 aa  136  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 
333 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 
338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 
316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 
335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2502  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 
327 aa  133  5e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 
344 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 
344 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  25.58 
 
 
345 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 
344 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 
344 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 
344 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 
344 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  25.23 
 
 
347 aa  132  9e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  24.07 
 
 
320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  25.76 
 
 
336 aa  132  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4080  transcriptional regulator  23.53 
 
 
348 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0686  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 
330 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.334624 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 
322 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  24.22 
 
 
327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  22.53 
 
 
338 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 
328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  27.91 
 
 
347 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  23.85 
 
 
320 aa  130  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  25.6 
 
 
347 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  28.89 
 
 
337 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  25.15 
 
 
347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  30.33 
 
 
337 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 
333 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2995  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 
341 aa  129  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  24.21 
 
 
374 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0972  AraC family transcriptional regulator  24.83 
 
 
336 aa  127  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  24.22 
 
 
387 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 
329 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3465  transcriptional regulator  26.77 
 
 
341 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 
313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  23.9 
 
 
369 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  23.9 
 
 
369 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>