More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1332 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_1332  response regulator receiver  100 
 
 
224 aa  459  9.999999999999999e-129  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0465  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.29 
 
 
225 aa  218  5e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2732  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 
225 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2540  response regulator receiver  44.74 
 
 
231 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.255276  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4882  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.5 
 
 
224 aa  210  1e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6736  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.19 
 
 
226 aa  210  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.973659  normal  0.523736 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2586  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.32 
 
 
227 aa  208  5e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0130561 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3534  two-component system response regulator  41.96 
 
 
225 aa  207  7e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.524315 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3158  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.98 
 
 
225 aa  204  1e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6964  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.74 
 
 
226 aa  203  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.043471  normal  0.107802 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4553  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.95 
 
 
227 aa  191  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.130056  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3049  two component transcriptional regulator  43.24 
 
 
224 aa  190  2e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0720  DNA-binding response regulator  39.19 
 
 
229 aa  188  5.999999999999999e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.503154 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2454  transcriptional regulator domain protein  38.91 
 
 
224 aa  178  5.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.02572  normal  0.811367 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4933  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.84 
 
 
224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.742602  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1185  response regulator receiver  38.84 
 
 
225 aa  167  9e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0086  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.84 
 
 
223 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000430601  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  38.74 
 
 
225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1449  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.87 
 
 
223 aa  160  1e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 
220 aa  159  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5580  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 
231 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.85465 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 
220 aa  159  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3430  transcriptional regulator  36.32 
 
 
221 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3075  two component transcriptional regulator  36.32 
 
 
220 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0867071  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  38.18 
 
 
223 aa  156  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3680  histidine kinase A domain-containing protein  37.22 
 
 
220 aa  156  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.894604 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0124  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.49 
 
 
220 aa  156  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.804654  normal  0.0356027 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1620  two component transcriptional regulator  36.48 
 
 
228 aa  155  4e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.36 
 
 
219 aa  154  8e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  37.27 
 
 
224 aa  154  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3362  DNA-binding transcriptional regulator QseB  36.82 
 
 
219 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  36.82 
 
 
219 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3427  DNA-binding transcriptional regulator QseB  36.82 
 
 
219 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  0.844658 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3433  DNA-binding transcriptional regulator QseB  36.82 
 
 
219 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0196  two component transcriptional regulator  37.27 
 
 
226 aa  154  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3528  DNA-binding transcriptional regulator QseB  36.82 
 
 
219 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  35.91 
 
 
219 aa  152  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  35.91 
 
 
219 aa  152  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  35.91 
 
 
219 aa  152  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  35.91 
 
 
219 aa  152  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7369  two component transcriptional regulator  35.27 
 
 
219 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175011  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  35.91 
 
 
219 aa  152  5e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3011  two component transcriptional regulator  37.05 
 
 
221 aa  151  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  35.45 
 
 
219 aa  151  8e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  37.39 
 
 
223 aa  151  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  34.55 
 
 
223 aa  150  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1183  two component transcriptional regulator  37.73 
 
 
228 aa  150  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  35.45 
 
 
219 aa  150  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.77 
 
 
224 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4141  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.14 
 
 
220 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3879  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.99 
 
 
222 aa  149  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  35.14 
 
 
222 aa  149  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2177  response regulator receiver protein  38.26 
 
 
223 aa  149  4e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00323539  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.57 
 
 
231 aa  149  4e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BasS  37.99 
 
 
222 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4353  DNA-binding transcriptional regulator BasR  37.99 
 
 
222 aa  149  5e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4667  DNA-binding transcriptional regulator BasR  37.99 
 
 
222 aa  149  5e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3914  DNA-binding transcriptional regulator BasR  37.99 
 
 
222 aa  149  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730701  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03945  hypothetical protein  37.99 
 
 
222 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5626  DNA-binding transcriptional regulator BasR  37.99 
 
 
222 aa  149  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4578  DNA-binding transcriptional regulator BasR  37.99 
 
 
222 aa  149  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.800667  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1602  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 
223 aa  148  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.389685 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  35 
 
 
220 aa  148  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3429  DNA-binding transcriptional regulator QseB  36.49 
 
 
219 aa  148  8e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.56 
 
 
224 aa  147  9e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1433  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 
229 aa  147  9e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3686  response regulator receiver  38.91 
 
 
233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  35.37 
 
 
227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0535  two component transcriptional regulator  38.18 
 
 
223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.660155  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  35.45 
 
 
224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1512  two component transcriptional regulator  36.09 
 
 
226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0632  two component transcriptional regulator  35.37 
 
 
227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1561  two component transcriptional regulator  36.09 
 
 
226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0528  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.61 
 
 
230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 
220 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4876  two component transcriptional regulator  35.14 
 
 
221 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.292661  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 
233 aa  146  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6233  two component transcriptional regulator  35 
 
 
220 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3399  two component transcriptional regulator  36.16 
 
 
223 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  34.53 
 
 
232 aa  147  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  35 
 
 
220 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  33.62 
 
 
246 aa  146  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  34.53 
 
 
223 aa  146  3e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  35.71 
 
 
220 aa  146  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  35.71 
 
 
220 aa  146  3e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  35.71 
 
 
220 aa  146  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02658  hypothetical protein  34.82 
 
 
219 aa  145  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1075  two component transcriptional regulator  34.68 
 
 
220 aa  145  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 
225 aa  145  7.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0392  DNA-binding transcriptional regulator BasR  35.43 
 
 
222 aa  144  7.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2596  two component transcriptional regulator  35.14 
 
 
233 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.606495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4433  DNA-binding response regulator  37.61 
 
 
230 aa  144  8.000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4777  DNA-binding response regulator  37.61 
 
 
230 aa  144  8.000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  35 
 
 
220 aa  144  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3617  DNA-binding transcriptional regulator BasR  35.59 
 
 
220 aa  144  9e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000270917  normal  0.430126 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1824  two component transcriptional regulator  36.68 
 
 
222 aa  144  1e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1407  two component transcriptional regulator  34.08 
 
 
265 aa  144  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0660  two component transcriptional regulator  37.78 
 
 
224 aa  144  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000259813  hitchhiker  0.0000270487 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.91 
 
 
224 aa  144  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  35.14 
 
 
220 aa  143  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>