More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1317 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  31.95 
 
 		 1378 aa  684    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  35.3 
 
 		 1363 aa  768    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  33.03 
 
 		 1418 aa  737    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  33.41 
 
 		 1397 aa  728    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  34.35 
 
 		 1366 aa  707    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  36 
 
 		 1378 aa  800    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  31.41 
 
 		 1373 aa  660    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  34.62 
 
 		 1342 aa  774    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  31.35 
 
 		 1316 aa  639    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  32.79 
 
 		 1340 aa  706    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  33.36 
 
 		 1374 aa  757    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  100 
 
 		 1370 aa  2816    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  35.57 
 
 		 1373 aa  887    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  38.11 
 
 		 1355 aa  874    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  35.83 
 
 		 1400 aa  805    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  33.17 
 
 		 1384 aa  723    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  32.21 
 
 		 1313 aa  639    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  34.86 
 
 		 1306 aa  725    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  33.31 
 
 		 1335 aa  684    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  37.23 
 
 		 1374 aa  904    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  35.35 
 
 		 1388 aa  818    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  33.47 
 
 		 1347 aa  685    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  31.07 
 
 		 1404 aa  622  1e-176  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  31.43 
 
 		 1355 aa  619  1e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  31.75 
 
 		 1324 aa  613  9.999999999999999e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  30.56 
 
 		 1327 aa  613  9.999999999999999e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 1349 aa  608  9.999999999999999e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  30.27 
 
 		 1334 aa  593  1e-168  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  33.04 
 
 		 1407 aa  581  1e-164  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  31.24 
 
 		 1343 aa  579  1.0000000000000001e-163  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  30.91 
 
 		 1344 aa  568  1e-160  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  31.69 
 
 		 1278 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  29.56 
 
 		 1526 aa  549  1e-154  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  29.53 
 
 		 1347 aa  541  9.999999999999999e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  28.42 
 
 		 1396 aa  536  1e-150  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  30.54 
 
 		 1311 aa  522  1e-146  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.34 
 
 		 1258 aa  518  1.0000000000000001e-145  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  28.06 
 
 		 1414 aa  515  1e-144  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  29.06 
 
 		 1374 aa  511  1e-143  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  28.85 
 
 		 1298 aa  512  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  32.58 
 
 		 1105 aa  507  9.999999999999999e-143  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  32.57 
 
 		 1344 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  30.14 
 
 		 1070 aa  448  1.0000000000000001e-124  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  29.18 
 
 		 1093 aa  444  1e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  26.65 
 
 		 1376 aa  442  9.999999999999999e-123  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  36.98 
 
 		 1366 aa  441  9.999999999999999e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  30.25 
 
 		 1070 aa  435  1e-120  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  29.47 
 
 		 1086 aa  436  1e-120  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  33.25 
 
 		 1054 aa  414  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  28.16 
 
 		 1118 aa  406  1e-111  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.77 
 
 		 1498 aa  392  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  26.55 
 
 		 1296 aa  377  1e-102  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  39.07 
 
 		 934 aa  372  1e-101  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  37.97 
 
 		 940 aa  369  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  37.41 
 
 		 904 aa  368  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.98 
 
 		 1079 aa  366  2e-99  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  28.35 
 
 		 1114 aa  366  2e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  25.02 
 
 		 1278 aa  344  5e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  35.88 
 
 		 677 aa  332  3e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 1341 aa  328  5e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  28.38 
 
 		 1053 aa  325  3e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1905  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  39.33 
 
 		 668 aa  322  3e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0295515  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  24.86 
 
 		 1346 aa  316  1.9999999999999998e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  25.34 
 
 		 1084 aa  315  3.9999999999999997e-84  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  26.43 
 
 		 1351 aa  315  4.999999999999999e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  28.14 
 
 		 1004 aa  312  2e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  27.3 
 
 		 1024 aa  311  5e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  34.3 
 
 		 663 aa  303  2e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  27.03 
 
 		 1194 aa  280  1e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  23.66 
 
 		 1185 aa  279  3e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0605  histidine kinase  23.96 
 
 		 1190 aa  273  2e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  24.39 
 
 		 1175 aa  270  1e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 993 aa  265  4e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0688  histidine kinase/response regulator hybrid protein  23.74 
 
 		 1179 aa  263  2e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.05 
 
 		 1276 aa  258  4e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  23.69 
 
 		 1181 aa  257  1.0000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.67 
 
 		 1505 aa  254  6e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 		 1131 aa  254  7e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.04 
 
 		 1511 aa  254  8.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  30.81 
 
 		 961 aa  253  2e-65  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.85 
 
 		 1237 aa  250  1e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1086  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.34 
 
 		 1431 aa  249  3e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.29 
 
 		 1426 aa  249  3e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.5 
 
 		 1010 aa  249  4e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.412805  hitchhiker  0.00597184 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.27 
 
 		 1390 aa  249  4e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  27 
 
 		 1515 aa  248  4.9999999999999997e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01690  histidine kinase-response regulator hybrid protein  23.05 
 
 		 1191 aa  248  6.999999999999999e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.03 
 
 		 1390 aa  246  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.03 
 
 		 1390 aa  246  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.21 
 
 		 1508 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2687  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 		 1013 aa  246  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.70216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.78 
 
 		 1508 aa  244  7e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.67 
 
 		 1415 aa  244  9e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  25.69 
 
 		 1250 aa  243  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.57 
 
 		 1508 aa  242  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  33.94 
 
 		 1427 aa  242  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2298  histidine kinase  26.89 
 
 		 1093 aa  242  4e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.82 
 
 		 1385 aa  239  4e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  26.88 
 
 		 987 aa  238  6e-61  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2239  adenylate/guanylate cyclase  32.88 
 
 		 1156 aa  238  6e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159061  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>