121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1141 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_1141  Penicillinase repressor  100 
 
 
127 aa  262  1e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6204  transcriptional repressor, CopY family  68.5 
 
 
130 aa  191  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.783598  normal  0.478416 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3721  transcriptional repressor, CopY family  58.33 
 
 
124 aa  154  5.0000000000000005e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5186  transcriptional repressor, CopY family  54.24 
 
 
121 aa  150  8e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0210  CopY family transcriptional regulator  50.43 
 
 
129 aa  127  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.505174 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0287  transcriptional repressor, CopY family  47.9 
 
 
121 aa  116  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.175686  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5182  transcriptional repressor, CopY family  44.35 
 
 
132 aa  114  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.717917  hitchhiker  0.0058899 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4382  putative transcriptional regulator  42.5 
 
 
126 aa  112  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2754  transcriptional repressor, CopY family  39.2 
 
 
133 aa  112  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.26689 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3667  transcriptional repressor, CopY family  31.3 
 
 
130 aa  76.3  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1882  CopY family transcriptional regulator  32.71 
 
 
140 aa  71.2  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128581  normal  0.417671 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0782  transcriptional repressor, CopY family  28.07 
 
 
124 aa  70.1  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.130795  normal  0.268772 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0075  hypothetical protein  26.09 
 
 
140 aa  66.2  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0391705  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0578  penicillinase repressor  32.56 
 
 
126 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2641  transcriptional regulator, TrmB  28.07 
 
 
127 aa  66.6  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0464026  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1590  hypothetical protein  25.86 
 
 
146 aa  65.5  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0214  Penicillinase repressor  27.97 
 
 
125 aa  64.7  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.156446 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1403  hypothetical protein  25 
 
 
146 aa  63.5  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0677  penicillinase repressor  30.25 
 
 
133 aa  63.2  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1605  transcriptional repressor, CopY family  29.63 
 
 
139 aa  63.2  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.809154  normal  0.110502 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0429  CopY family transcriptional regulator  30.51 
 
 
119 aa  62  0.000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3211  CopY family transcriptional regulator  25.23 
 
 
120 aa  58.2  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3133  putative transcriptional regulator  25.69 
 
 
135 aa  57  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0957082  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1811  CopY family transcriptional regulator  26.96 
 
 
124 aa  56.2  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4494  CopY family transcriptional regulator  29.89 
 
 
140 aa  56.2  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000131779  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3296  CopY family transcriptional regulator  26.32 
 
 
125 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3788  transcriptional repressor, CopY family  27.83 
 
 
124 aa  56.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00024943  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3753  transcriptional repressor, CopY family  27.18 
 
 
122 aa  55.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.188052  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07786  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  28.32 
 
 
155 aa  55.1  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6189  transcriptional repressor, CopY family  29.66 
 
 
123 aa  54.7  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3380  transcriptional repressor, CopY family  25.64 
 
 
124 aa  54.7  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4716  transcriptional repressor, CopY family  25.6 
 
 
153 aa  54.3  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0722064  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6520  transcriptional repressor, CopY family  29 
 
 
126 aa  53.1  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.818398  normal  0.183506 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2422  CopY family transcriptional regulator  22.81 
 
 
149 aa  52.8  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0381488  normal  0.701742 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3341  CopY family transcriptional regulator  23.08 
 
 
131 aa  52.4  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2770  CopY family transcriptional regulator  29.09 
 
 
122 aa  52.4  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.23877  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3352  transcriptional repressor, CopY family  21.24 
 
 
128 aa  52.8  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0498  CopY family transcriptional regulator  32.86 
 
 
139 aa  52  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.584865 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2588  transcriptional repressor, CopY family  24.14 
 
 
169 aa  51.6  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3767  CopY family transcriptional repressor  27.43 
 
 
139 aa  50.4  0.000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.164667  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5968  transcriptional repressor, CopY family  28.83 
 
 
119 aa  50.4  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.930871 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2772  CopY family transcriptional regulator  29.41 
 
 
122 aa  50.4  0.000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00766879  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0532  CopY family transcriptional regulator  27.59 
 
 
139 aa  50.4  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.465688 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07976  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  26.85 
 
 
121 aa  50.4  0.000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2142  CopY family transcriptional regulator  32.26 
 
 
130 aa  50.1  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.325229 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1285  CopY family transcriptional regulator  27.59 
 
 
139 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.237344 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3208  CopY family transcriptional regulator  23.89 
 
 
125 aa  48.9  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.448139  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4098  CopY family transcriptional regulator  26.67 
 
 
144 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.088589  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1017  Penicillinase repressor  20.17 
 
 
123 aa  48.1  0.00004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.131861  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0560  transcriptional repressor, CopY family  25.6 
 
 
149 aa  47.8  0.00006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000680415  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2616  transcriptional repressor, CopY family  20.87 
 
 
124 aa  47.4  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2519  methicillin-resistance regulatory protein MecI  22.12 
 
 
123 aa  46.6  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0200801  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2407  penicillinase repressor  26.27 
 
 
133 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0255  CopY family transcriptional regulator  36.07 
 
 
185 aa  47  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0031  CopY family transcriptional regulator  22.12 
 
 
123 aa  46.6  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0031  penicillinase repressor  22.12 
 
 
123 aa  46.6  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3737  CopY family transcriptional regulator  26.55 
 
 
123 aa  46.6  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.185846  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1301  transcriptional repressor, CopY family  26.05 
 
 
118 aa  46.2  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0225104  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4311  transcriptional repressor, CopY family  23.46 
 
 
141 aa  46.2  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.972476  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3630  transcriptional repressor, CopY family  28.24 
 
 
122 aa  46.2  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.336227  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2186  transcriptional regulator, putative  28.04 
 
 
111 aa  46.2  0.0002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0049  transcriptional regulator  21.43 
 
 
141 aa  45.8  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0628  copper transport repressor, CopY/TcrY family  24.79 
 
 
161 aa  45.8  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.922307 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2098  transcriptional repressor, CopY family  22.41 
 
 
120 aa  46.2  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.560575  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2564  CopY family transcriptional regulator  24.62 
 
 
140 aa  45.4  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5668  CopY family transcriptional regulator  26.6 
 
 
127 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3706  CopY family transcriptional regulator  26.32 
 
 
166 aa  45.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.450993  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2994  CopY family transcriptional regulator  25.23 
 
 
124 aa  45.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2816  CopY family transcriptional regulator  26.6 
 
 
128 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5343  CopY family transcriptional regulator  26.6 
 
 
127 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.813895  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5379  CopY family transcriptional regulator  25.26 
 
 
153 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0948  CopY family transcriptional regulator  26.67 
 
 
142 aa  45.4  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000394556  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2033  transcriptional repressor, CopY family  25 
 
 
124 aa  45.4  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0376  CopY family transcriptional regulator  23.93 
 
 
117 aa  44.7  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0684  transcriptional repressor, CopY family  22.95 
 
 
133 aa  44.7  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4745  transcriptional repressor, CopY family  21.62 
 
 
118 aa  44.7  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.603775  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0993  beta-lactamase (penicillinase) repressor  25.64 
 
 
132 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4479  CopY family transcriptional regulator  26.51 
 
 
141 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.565601 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11874  transcriptional regulator  26.09 
 
 
138 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0126364  normal  0.333827 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5737  CopY family transcriptional regulator  23.75 
 
 
130 aa  43.9  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3225  transcriptional repressor, CopY family  23.48 
 
 
121 aa  43.9  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.182385  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1006  penicillinase repressor  23.48 
 
 
132 aa  43.9  0.0008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1078  penicillinase repressor  23.48 
 
 
132 aa  43.9  0.0008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3357  CopY family transcriptional regulator  35.48 
 
 
138 aa  43.9  0.0008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.58823 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02324  transcriptional regulator BlaI family  25.21 
 
 
121 aa  43.9  0.0008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.29109  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4231  Penicillinase repressor  23.76 
 
 
126 aa  43.9  0.0008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2606  Penicillinase repressor  23.76 
 
 
126 aa  43.9  0.0008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1459  penicillinase repressor  18.42 
 
 
126 aa  43.5  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00000472068  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1264  transcriptional repressor CopY, putative  24.79 
 
 
148 aa  43.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.352624  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2853  CopY family transcriptional regulator  23.46 
 
 
148 aa  43.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3429  transcriptional repressor, CopY family  24.79 
 
 
123 aa  43.5  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.819538  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4544  transcriptional repressor, CopY family  30.68 
 
 
125 aa  43.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0241416  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3087  CopY family transcriptional regulator  35.48 
 
 
138 aa  43.5  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.449228  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0896  CopY family transcriptional regulator  25.47 
 
 
139 aa  43.5  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3999  transcriptional regulator, TrmB  28.4 
 
 
125 aa  43.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3586  putative penicillinase repressor, transcriptional regulatory protein  26.32 
 
 
126 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0551529 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01860  predicted transcriptional regulator  26.19 
 
 
131 aa  43.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1175  penicillinase repressor  24.79 
 
 
133 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3585  transcriptional repressor, CopY family protein  26.79 
 
 
124 aa  42.4  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0024  transcriptional repressor, CopY family  25.88 
 
 
122 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0474358  normal  0.79806 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>