More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0604 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_0604  Ribosomal protein L25/L23  100 
 
 
96 aa  193  8.000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1617  Ribosomal protein L25/L23  52.63 
 
 
99 aa  108  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05725  50S ribosomal protein L23  51.04 
 
 
96 aa  102  1e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.261745  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5785  Ribosomal protein L25/L23  54.17 
 
 
95 aa  102  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0742289 
 
 
-
 
NC_002950  PG1936  50S ribosomal protein L23  52.58 
 
 
97 aa  100  6e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0395  50S ribosomal protein L23  48.96 
 
 
96 aa  95.1  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3160  50S ribosomal protein L23  48.96 
 
 
95 aa  95.1  3e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.581688 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0291  50S ribosomal protein L23  47.83 
 
 
103 aa  93.2  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1849  50S ribosomal protein L23  47.19 
 
 
103 aa  89.7  1e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.310449  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0195  50S ribosomal protein L23  45.83 
 
 
95 aa  89.4  2e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.323191 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2227  50S ribosomal protein L23  43.48 
 
 
103 aa  88.2  4e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000627291  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4917  50S ribosomal protein L23  44.21 
 
 
98 aa  85.5  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0776922  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4345  Ribosomal protein L25/L23  46.24 
 
 
95 aa  85.1  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000178584  normal  0.183841 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2062  50S ribosomal protein L23  42.86 
 
 
109 aa  84  6e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000372125  normal  0.225776 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2421  50S ribosomal protein L23  45.65 
 
 
103 aa  84  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0182  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
103 aa  84  7e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000184382  normal  0.668364 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1182  Ribosomal protein L25/L23  45.45 
 
 
98 aa  80.1  0.000000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000210962  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2709  Ribosomal protein L25/L23  41.94 
 
 
95 aa  79.7  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000605336  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1913  50S ribosomal protein L23  40.43 
 
 
97 aa  79  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.263974 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2294  50S ribosomal protein L23  41.76 
 
 
109 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0336822  normal  0.0105282 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0267  50S ribosomal protein L23  43.01 
 
 
99 aa  79  0.00000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000129072  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0227  ribosomal protein L25/L23  41.67 
 
 
95 aa  78.6  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1944  50S ribosomal protein L23  39.36 
 
 
97 aa  78.2  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2020  50S ribosomal protein L23  38.3 
 
 
97 aa  76.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1935  50S ribosomal protein L23  38.3 
 
 
97 aa  76.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0564  Ribosomal protein L25/L23  43.48 
 
 
100 aa  76.3  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1944  50S ribosomal protein L23  41.67 
 
 
113 aa  76.3  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2255  50S ribosomal protein L23  43.16 
 
 
96 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000014312  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0710  50S ribosomal protein L23  35.79 
 
 
95 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.58529  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0717  Ribosomal protein L25/L23  38.54 
 
 
99 aa  75.5  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1522  Ribosomal protein L25/L23  43.16 
 
 
94 aa  74.7  0.0000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.800617  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4024  50S ribosomal protein L23  42.7 
 
 
94 aa  74.7  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.707217  hitchhiker  0.0000264859 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01190  Ribosomal protein L25/L23  36.56 
 
 
96 aa  73.6  0.0000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0110234  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4003  Ribosomal protein L25/L23  36.79 
 
 
109 aa  72.8  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0908312  normal  0.68966 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1183  50S ribosomal protein L23  40.86 
 
 
94 aa  73.2  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1088  50S ribosomal protein L23  37.89 
 
 
100 aa  73.2  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0934088 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2220  50S ribosomal protein L23  47.78 
 
 
98 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0662  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
96 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000319643  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0288  Ribosomal protein L25/L23  42.71 
 
 
94 aa  72.4  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0208072  normal  0.0234601 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4542  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
100 aa  71.6  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000172317  hitchhiker  0.00176531 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0424  50S ribosomal protein L23  40 
 
 
95 aa  72  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000240996  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3749  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
100 aa  71.6  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000048697  hitchhiker  0.00429034 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03169  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
100 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000759178  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0395  Ribosomal protein L25/L23  41.3 
 
 
100 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000225919  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl125  50S ribosomal protein L23  42.11 
 
 
94 aa  70.9  0.000000000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000058644  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03120  hypothetical protein  41.3 
 
 
100 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000565358  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3801  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
100 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000749996  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3512  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
100 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000392959  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3703  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
100 aa  70.9  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225733  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0061  50S ribosomal protein L23  40.22 
 
 
101 aa  71.2  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000000105028  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3613  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
100 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000847098  hitchhiker  0.00309782 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0395  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
100 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000080861  hitchhiker  0.00030352 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4641  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
100 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0287124  normal  0.0460173 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1149  Ribosomal protein L25/L23  43.75 
 
 
95 aa  71.2  0.000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000523481  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2855  50S ribosomal protein L23  38.04 
 
 
94 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0878449  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2172  50S ribosomal protein L23  40.22 
 
 
100 aa  70.9  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000267938  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0694  50S ribosomal protein L23  42.11 
 
 
94 aa  70.9  0.000000000006  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  40.66 
 
 
97 aa  70.5  0.000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1231  50S ribosomal protein L23  43.16 
 
 
97 aa  70.5  0.000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244915  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2458  50S ribosomal protein L23  38.95 
 
 
96 aa  70.5  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0767433 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23041  50S ribosomal protein L23  40.22 
 
 
100 aa  70.5  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1194  50S ribosomal protein L23  43.16 
 
 
97 aa  70.5  0.000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2153  50S ribosomal protein L23P  36.26 
 
 
95 aa  70.1  0.000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0455845  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1348  50S ribosomal protein L23  40 
 
 
94 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2772  50S ribosomal protein L23  37.89 
 
 
96 aa  70.1  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0118683  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3742  50S ribosomal protein L23  40.22 
 
 
100 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.344368  normal  0.0150111 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0844  Ribosomal protein L25/L23  38.95 
 
 
100 aa  69.7  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0194  Ribosomal protein L25/L23  37.63 
 
 
94 aa  69.3  0.00000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1958  50S ribosomal protein L23  42.11 
 
 
97 aa  69.7  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0171198  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3634  50S ribosomal protein L23  40.22 
 
 
100 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000793915  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3805  50S ribosomal protein L23  40.22 
 
 
100 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000686351  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3707  50S ribosomal protein L23  40.22 
 
 
100 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000802937  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0682  50S ribosomal protein L23  40 
 
 
94 aa  69.7  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.633867  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3634  50S ribosomal protein L23  40.22 
 
 
100 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00980054  normal  0.223242 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00732  50S ribosomal protein L23  39.13 
 
 
100 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001740  LSU ribosomal protein L23p (L23Ae)  39.13 
 
 
100 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000423409  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20011  50S ribosomal protein L23  40.43 
 
 
103 aa  68.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.822236  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1127  50S ribosomal protein L23  40.43 
 
 
103 aa  68.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2712  50S ribosomal protein L23  36.46 
 
 
97 aa  68.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2397  50S ribosomal protein L23  36.46 
 
 
97 aa  68.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00942315  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1557  ribosomal protein L25/L23  35.48 
 
 
97 aa  68.6  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.271789  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2442  50S ribosomal protein L23  40.62 
 
 
98 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.369477  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2125  50S ribosomal protein L23  43.96 
 
 
98 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.966187  normal  0.432558 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2968  50S ribosomal protein L23  40 
 
 
111 aa  68.2  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.307651  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0217  50S ribosomal protein L23  38.95 
 
 
95 aa  68.2  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000142731  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2164  50S ribosomal protein L23  40.62 
 
 
98 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.561642 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1294  50S ribosomal protein L23  36.84 
 
 
105 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000921122  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0628  50S ribosomal protein L23  37.63 
 
 
94 aa  68.2  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000116587  hitchhiker  0.000000000000956309 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0285  50S ribosomal protein L23  39.13 
 
 
100 aa  67.8  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000248684  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3913  50S ribosomal protein L23  39.13 
 
 
100 aa  67.8  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.78804e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0586  50S ribosomal protein L23  39.13 
 
 
100 aa  67.8  0.00000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108369  normal  0.186609 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3010  50S ribosomal protein L23  43.33 
 
 
101 aa  67.8  0.00000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00732369 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3820  50S ribosomal protein L23  40.22 
 
 
100 aa  67.8  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000460172  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0693  50S ribosomal protein L23  40.23 
 
 
104 aa  67.8  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.001904  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3999  50S ribosomal protein L23  40.22 
 
 
100 aa  67.8  0.00000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000101961  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0257  ribosomal protein L23  41.49 
 
 
98 aa  67.8  0.00000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1416  ribosomal protein L25/L23  41.11 
 
 
98 aa  67.8  0.00000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3022  50S ribosomal protein L23  40.22 
 
 
94 aa  67.4  0.00000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.395888  hitchhiker  0.00706162 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17381  50S ribosomal protein L23  40.22 
 
 
100 aa  67.4  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17471  50S ribosomal protein L23  39.13 
 
 
100 aa  67  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.576191  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>