More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0499 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_0499  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
279 aa  577  1e-164  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.809571  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0034  Lytic transglycosylase catalytic  45.23 
 
 
355 aa  182  4.0000000000000006e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.312775  normal  0.0969684 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1814  Lytic transglycosylase catalytic  37.69 
 
 
276 aa  174  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.322189 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1361  Lytic transglycosylase catalytic  42.41 
 
 
324 aa  173  2.9999999999999996e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0033  Lytic transglycosylase catalytic  43.94 
 
 
365 aa  173  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0032  Lytic transglycosylase catalytic  38.34 
 
 
413 aa  171  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.367331 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3070  Lytic transglycosylase catalytic  40.08 
 
 
259 aa  168  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.32809  normal  0.422558 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12858  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  38.27 
 
 
311 aa  165  6.9999999999999995e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0747324  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2304  Lytic transglycosylase catalytic  43.98 
 
 
358 aa  149  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0157  lytic murein transglycosylase  37.97 
 
 
312 aa  140  3e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.417814 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  34.2 
 
 
419 aa  139  3.9999999999999997e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0750  peptidoglycan-binding LysM  32.8 
 
 
377 aa  137  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000075939  normal  0.966774 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  37.16 
 
 
451 aa  129  6e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  36.76 
 
 
523 aa  124  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  35.38 
 
 
507 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  34.87 
 
 
484 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  34.36 
 
 
506 aa  120  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  35.9 
 
 
498 aa  120  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  34.36 
 
 
487 aa  120  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  34.87 
 
 
499 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0077  Lytic transglycosylase catalytic  40.25 
 
 
322 aa  119  7.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  37.95 
 
 
447 aa  117  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  32.56 
 
 
620 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  39.46 
 
 
495 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  34.02 
 
 
618 aa  116  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  31.84 
 
 
587 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  37.91 
 
 
499 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1082  lytic transglycosylase, catalytic  40.54 
 
 
379 aa  113  3e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  39.74 
 
 
733 aa  113  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  36.94 
 
 
281 aa  113  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  33.62 
 
 
498 aa  112  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  38.31 
 
 
547 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  48.57 
 
 
451 aa  110  3e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  41.22 
 
 
440 aa  109  4.0000000000000004e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  41.01 
 
 
556 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1137  Lytic transglycosylase catalytic  41.61 
 
 
304 aa  108  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000172741  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  41.73 
 
 
650 aa  107  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  38.46 
 
 
523 aa  107  2e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  35.37 
 
 
405 aa  107  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  38.75 
 
 
524 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  41.73 
 
 
570 aa  107  3e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  39.38 
 
 
528 aa  105  9e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  39.38 
 
 
529 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  41.01 
 
 
596 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  37.78 
 
 
501 aa  104  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  39.57 
 
 
561 aa  104  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  41.09 
 
 
610 aa  103  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 
522 aa  104  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  31.82 
 
 
544 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  37.74 
 
 
564 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  38.75 
 
 
525 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  38.75 
 
 
525 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  39.38 
 
 
529 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  38.75 
 
 
525 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  36.57 
 
 
448 aa  103  3e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  37.11 
 
 
564 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  40.29 
 
 
661 aa  103  3e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  35.48 
 
 
518 aa  103  4e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  36.88 
 
 
530 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.88 
 
 
530 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  36.88 
 
 
530 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  36.88 
 
 
552 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.88 
 
 
530 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.88 
 
 
553 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  36.88 
 
 
530 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  36.88 
 
 
531 aa  99.8  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  38.75 
 
 
557 aa  99.4  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  36.48 
 
 
504 aa  99.4  7e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  36.48 
 
 
504 aa  99.4  7e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  36.48 
 
 
561 aa  99  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  37.11 
 
 
514 aa  99  8e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  36.81 
 
 
544 aa  99  9e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  39.86 
 
 
516 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  37.5 
 
 
403 aa  98.6  1e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  35.85 
 
 
467 aa  98.2  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  39.86 
 
 
516 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  38.12 
 
 
570 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0459  putative Signal recognition particle protein (Fifty-four-like protein)  38.19 
 
 
403 aa  97.1  3e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0654  peptidoglycan-binding LysM:Lytic transglycosylase, catalytic (SLT family)  43.64 
 
 
383 aa  97.1  3e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0645436  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000744  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.23 
 
 
248 aa  96.7  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.57 
 
 
617 aa  96.7  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.23 
 
 
1001 aa  95.9  6e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  36.11 
 
 
638 aa  95.9  6e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  33.33 
 
 
547 aa  95.9  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  38.41 
 
 
451 aa  95.9  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  32.2 
 
 
527 aa  95.9  7e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  36.23 
 
 
1021 aa  95.5  8e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1205  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  39.13 
 
 
426 aa  94.7  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.627815  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  37.5 
 
 
512 aa  94.4  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000367153  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  35.22 
 
 
524 aa  94  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1461  lytic transglycosylase, catalytic  36 
 
 
509 aa  93.6  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0063107  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0748  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  38.03 
 
 
372 aa  93.2  4e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0798  lytic transglycosylase catalytic  35.57 
 
 
351 aa  93.2  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.44501  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0673  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  38.03 
 
 
372 aa  92.8  5e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.04 
 
 
499 aa  92.8  5e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.56 
 
 
530 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  37.04 
 
 
487 aa  92.4  6e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  35.22 
 
 
515 aa  92.4  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3030  peptidoglycan lytic transglycosylase-related protein  35.4 
 
 
583 aa  92.4  7e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  35.21 
 
 
415 aa  92  8e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>