More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0125 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  66.16 
 
 		 457 aa  647    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 458 aa  938    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  68.05 
 
 		 455 aa  646    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  63.68 
 
 		 461 aa  631  1e-180  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  65.36 
 
 		 457 aa  625  1e-178  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  65.58 
 
 		 453 aa  619  1e-176  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  65.43 
 
 		 453 aa  616  1e-175  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2129  DNA repair protein RadA  62.83 
 
 		 454 aa  600  1e-170  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124782  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1168  DNA repair protein RadA  59.3 
 
 		 463 aa  558  1e-158  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.215526 
 
 
-
 
NC_002950  PG0227  DNA repair protein RadA  54.92 
 
 		 461 aa  524  1e-147  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  52.28 
 
 		 457 aa  487  1e-136  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  50.79 
 
 		 453 aa  477  1e-133  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  49.01 
 
 		 457 aa  465  9.999999999999999e-131  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  48.04 
 
 		 458 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  48.26 
 
 		 458 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  48.26 
 
 		 458 aa  464  1e-129  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 484 aa  461  1e-129  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  49.67 
 
 		 457 aa  462  1e-129  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  48.04 
 
 		 458 aa  464  1e-129  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 		 449 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  48.13 
 
 		 454 aa  458  9.999999999999999e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  48.13 
 
 		 454 aa  458  9.999999999999999e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 459 aa  459  9.999999999999999e-129  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000102144 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  48.92 
 
 		 453 aa  457  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  50.55 
 
 		 454 aa  457  1e-127  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  48.04 
 
 		 450 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  48.04 
 
 		 448 aa  452  1.0000000000000001e-126  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  48.36 
 
 		 449 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  48.03 
 
 		 454 aa  450  1e-125  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  46.71 
 
 		 460 aa  449  1e-125  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  47.71 
 
 		 453 aa  450  1e-125  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  48.58 
 
 		 451 aa  447  1.0000000000000001e-124  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  47.28 
 
 		 452 aa  447  1.0000000000000001e-124  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  47.58 
 
 		 457 aa  443  1e-123  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  48.03 
 
 		 450 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  47.92 
 
 		 470 aa  440  9.999999999999999e-123  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  51.3 
 
 		 449 aa  437  1e-121  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  46.51 
 
 		 453 aa  435  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  47.26 
 
 		 448 aa  434  1e-120  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  47.89 
 
 		 489 aa  428  1e-119  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  46.98 
 
 		 457 aa  427  1e-118  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  45.93 
 
 		 452 aa  426  1e-118  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  44.29 
 
 		 514 aa  425  1e-117  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  44.29 
 
 		 514 aa  425  1e-117  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  48.92 
 
 		 445 aa  419  1e-116  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  46.3 
 
 		 453 aa  421  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1877  DNA repair protein RadA  43.56 
 
 		 507 aa  421  1e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.647793 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2065  DNA repair protein RadA  47.15 
 
 		 446 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0567358  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  46.53 
 
 		 465 aa  418  9.999999999999999e-116  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  45.67 
 
 		 462 aa  418  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  47.09 
 
 		 466 aa  417  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  45.97 
 
 		 455 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  45.41 
 
 		 467 aa  410  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  43.56 
 
 		 520 aa  411  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0956  DNA repair protein RadA  42.2 
 
 		 517 aa  409  1e-113  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0419823 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1803  DNA repair protein RadA  48.88 
 
 		 415 aa  409  1e-113  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  47.34 
 
 		 466 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  44.98 
 
 		 456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  45.79 
 
 		 457 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  45.75 
 
 		 455 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01471  DNA repair protein RadA  45.35 
 
 		 461 aa  407  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0398  DNA repair protein RadA  47.78 
 
 		 454 aa  406  1.0000000000000001e-112  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0090486 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  44.98 
 
 		 456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1806  DNA repair protein RadA  46.67 
 
 		 453 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.75981  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0584  DNA repair protein RadA  42.12 
 
 		 518 aa  407  1.0000000000000001e-112  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.50622  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  44.98 
 
 		 456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  45.53 
 
 		 477 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  44.61 
 
 		 453 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  45.3 
 
 		 452 aa  406  1.0000000000000001e-112  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  44.95 
 
 		 476 aa  405  1e-111  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  44.25 
 
 		 455 aa  403  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3606  DNA repair protein RadA  45.2 
 
 		 462 aa  402  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1452  DNA repair protein RadA  44.94 
 
 		 478 aa  402  1e-111  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00987951 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  44.61 
 
 		 453 aa  405  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  46.79 
 
 		 466 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  46.75 
 
 		 462 aa  403  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  45.55 
 
 		 453 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2274  DNA repair protein RadA  45.75 
 
 		 450 aa  399  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02051  DNA repair protein RadA  44.44 
 
 		 459 aa  399  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.169271  normal  0.619218 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1443  DNA repair protein RadA  46.41 
 
 		 454 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1332  DNA repair protein RadA  46.97 
 
 		 453 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.909582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2743  DNA repair protein RadA  44.25 
 
 		 453 aa  401  9.999999999999999e-111  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2430  DNA repair protein RadA  44.13 
 
 		 453 aa  399  9.999999999999999e-111  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2458  DNA repair protein RadA  44.4 
 
 		 450 aa  399  9.999999999999999e-111  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  43.14 
 
 		 451 aa  401  9.999999999999999e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0449  DNA repair protein RadA  43.87 
 
 		 467 aa  396  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165637  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1499  DNA repair protein RadA  44.68 
 
 		 459 aa  398  1e-109  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0562  DNA repair protein RadA  44.03 
 
 		 464 aa  395  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814745  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  43.06 
 
 		 482 aa  396  1e-109  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3485  DNA repair protein RadA  46.65 
 
 		 474 aa  395  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692018 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0455  DNA repair protein RadA  43.87 
 
 		 467 aa  396  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3538  DNA repair protein RadA  45.41 
 
 		 462 aa  395  1e-109  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  44.54 
 
 		 451 aa  395  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>