298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_R89 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258457  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  98.82 
 
 		 85 bp  161  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  98.82 
 
 		 85 bp  161  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0069  tRNA-Tyr  96.47 
 
 		 85 bp  145  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.914593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60020  tRNA-Tyr  96.34 
 
 		 82 bp  139  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0094  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000412805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0071  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719638  normal  0.0567471 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0113  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.532695  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0056  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.229214  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0115  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.542258  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0014  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000873726  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0014  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000039467  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0054  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.329016  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0072  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.554165  normal  0.0570473 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0155  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000720201  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0072  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.926918 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0117  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.439512  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0126  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000986876  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0070  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.531794  normal  0.0573662 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0005  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0074  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.700319  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0075  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0076  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0069  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.548705  normal  0.0555108 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0068  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112006  normal  0.55842 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0056  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.153406  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0067  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.439921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0068  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0819  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 87 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.184478  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0071  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.676805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0007  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171771  normal  0.0302346 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0067  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11453  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0058  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.17611  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000467845  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0132  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000516023  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0055  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.337665  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0073  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.92183 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t077  tRNA-Tyr  94.05 
 
 		 85 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00521394  normal  0.158484 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t074  tRNA-Tyr  94.05 
 
 		 85 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00586158  normal  0.155604 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0013  tRNA-Tyr  95 
 
 		 85 bp  127  4.0000000000000003e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t006  tRNA-Tyr  94.05 
 
 		 85 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000887423  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t076  tRNA-Tyr  94.05 
 
 		 85 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00524716  normal  0.153954 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08650  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 82 bp  123  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000227775  hitchhiker  0.000532666 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00106012  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt04  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt04  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0075  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.510535  normal  0.249833 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0077  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.359872  normal  0.250777 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0018  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0076  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.522662  normal  0.249833 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0151  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000678827  hitchhiker  0.00000000141998 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0078  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.354946  normal  0.251639 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0049  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00226201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1911  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 87 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0172015  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0056  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133037 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1910  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 87 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178107  normal  0.179459 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  0.000058152 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5031  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0188651  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4232  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 87 bp  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011561  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4288  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4231  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 87 bp  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011802  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4666  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 87 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000338441  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4665  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 87 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00193221  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0058  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5032  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0306816  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>