More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_R36 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_R25  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112378  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R27  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000323391  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R36  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21800  tRNA-Val  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000344548  normal  0.0953285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24110  tRNA-Val  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000487057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0020  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0102813 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0069  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0543632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0086  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.211919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0038  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0036  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  95.83 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  95.83 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0084  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.150766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  95.83 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0018  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0179494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0053  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0035  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.309036  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t26  tRNA-Val  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t28  tRNA-Val  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.199855 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t43  tRNA-Val  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0556993  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t48  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t50  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA26  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.241705  normal  0.163758 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA28  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000265839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0072  tRNA-Val  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0577987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0031  tRNA-Val  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  5.03601e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0011  tRNA-Val  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560887  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0046  tRNA-Val  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498396  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0052  tRNA-Val  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.599035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0078  tRNA-Val  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60430  tRNA-Val  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00016  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000202389  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00018  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000172255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00041  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000120834  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00042  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000123332  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00043  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000135072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0032  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121865  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0033  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0034  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000138641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0057  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0059  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  6.36722e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2674  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00824453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3635  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5049  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000603353  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4658  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.127679999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0847  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000806074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0879  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000126601  normal  0.645347 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2675  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000585827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2652  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000608087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2561  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000777875  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2559  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000360113  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5021  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5050  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2556  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000389314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2966  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0665  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000217876  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2609  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000718351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2608  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000643017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5051  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000673895  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2650  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000507401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0911  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000875601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0788  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000010379  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2651  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000523066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2560  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000861237  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2780  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000064612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3636  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0849  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000146237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0039  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000567069  hitchhiker  0.00359795 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0072  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560906  normal  0.267671 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0070  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000583072  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0769  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000076951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4683  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.66609e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2610  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000740519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4656  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.90971e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2555  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000393303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2554  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0584  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.67929e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2967  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.52961e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2837  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.88964e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0815  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000696983  normal  0.877811 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0767  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000989037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4681  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.95676e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4682  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.8092300000000003e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2781  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000634028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2676  tRNA-Val  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00067711  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>