229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5219 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05823  hypothetical protein  72.56 
 
 		 1150 aa  1762    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.483181 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 1150 aa  2402    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.44 
 
 		 1152 aa  1023    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000971365  normal  0.0494922 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1816  hypothetical protein  47.36 
 
 		 1152 aa  1033    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649165 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5113  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.91 
 
 		 1132 aa  1050    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302627  hitchhiker  0.00736765 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05037  conserved hypothetical protein  27.62 
 
 		 1146 aa  370  1e-100  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0214915 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.77 
 
 		 786 aa  308  6e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521503  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5037  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.27 
 
 		 572 aa  228  7e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3191  cholesterol oxidase  31.23 
 
 		 533 aa  210  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000455037 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1255  FAD dependent oxidoreductase  30.76 
 
 		 889 aa  194  1e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4475  GMC oxidoreductase  28.82 
 
 		 554 aa  193  2e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00299763 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3188  hypothetical protein  33.04 
 
 		 342 aa  170  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00153473 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13500  choline dehydrogenase-like flavoprotein  28 
 
 		 569 aa  156  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1253  esterase/lipase  29.11 
 
 		 354 aa  142  4.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.406302  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13443  cholesterol oxidase precursor choD  27.67 
 
 		 578 aa  137  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0394432  normal  0.107199 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2309  iron-sulfur cluster-binding domain-containing protein  26.51 
 
 		 696 aa  135  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1170  FAD dependent oxidoreductase  27.16 
 
 		 591 aa  135  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1187  FAD dependent oxidoreductase  27.16 
 
 		 591 aa  135  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1197  FAD dependent oxidoreductase  27.16 
 
 		 591 aa  135  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.030101 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  26.25 
 
 		 551 aa  135  5e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1417  GMC oxidoreductase family protein  26.22 
 
 		 632 aa  133  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1514  FAD dependent oxidoreductase  27.27 
 
 		 578 aa  133  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.384114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3202  GMC oxidoreductase  26.22 
 
 		 632 aa  133  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3075  GMC oxidoreductase  26.22 
 
 		 632 aa  133  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2022  putative cholesterol oxidase  26.05 
 
 		 552 aa  132  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1997  AB-hydrolase associated lipase region  27.58 
 
 		 364 aa  131  9.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0140936  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1045  GMC oxidoreductase  26.05 
 
 		 653 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.640476  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1332  putative cholesterol oxidase  26.05 
 
 		 632 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2312  GMC oxidoreductase  26.05 
 
 		 632 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943263  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0908  FAD dependent oxidoreductase  27.83 
 
 		 577 aa  129  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294321  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4906  FAD dependent oxidoreductase  26.49 
 
 		 578 aa  130  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.238026  normal  0.475167 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.72 
 
 		 535 aa  128  6e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.59 
 
 		 552 aa  127  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.84 
 
 		 565 aa  127  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4478  hypothetical protein  27.86 
 
 		 367 aa  125  6e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.637104  hitchhiker  0.00262511 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.83 
 
 		 582 aa  124  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.38855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4774  Cholesterol oxidase  25.95 
 
 		 530 aa  123  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.57937  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.01 
 
 		 543 aa  123  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.550088  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3274  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.48 
 
 		 543 aa  122  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0584608  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3081  FAD dependent oxidoreductase  31.35 
 
 		 547 aa  120  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.590232  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0464  FAD dependent oxidoreductase  30.43 
 
 		 657 aa  118  5e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.558205  normal  0.214983 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3834  FAD dependent oxidoreductase  32.87 
 
 		 563 aa  118  6e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.551048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4224  FAD dependent oxidoreductase  30.77 
 
 		 564 aa  117  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3746  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.23 
 
 		 557 aa  114  9e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0121  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.35 
 
 		 623 aa  113  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.412208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1728  FAD dependent oxidoreductase  30.23 
 
 		 587 aa  111  8.000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.916893  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3076  FAD dependent oxidoreductase  31.07 
 
 		 540 aa  110  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00183108  normal  0.66494 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2332  putative cholesterol oxidase  30.28 
 
 		 622 aa  110  2e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3546  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  33.88 
 
 		 567 aa  109  3e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0166931 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0318  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.91 
 
 		 537 aa  107  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2704  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.05 
 
 		 550 aa  107  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.051308  normal  0.893433 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1204  FAD dependent oxidoreductase  31.46 
 
 		 581 aa  105  4e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0651029  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4248  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.18 
 
 		 586 aa  100  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4446  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.8 
 
 		 583 aa  99.4  3e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1176  hypothetical protein  31.06 
 
 		 563 aa  99.4  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.44 
 
 		 570 aa  99.4  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0628  FAD dependent oxidoreductase  27.62 
 
 		 556 aa  98.6  7e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0069  cholesterol oxidase  23.52 
 
 		 534 aa  98.2  8e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.21 
 
 		 593 aa  97.4  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.394863  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0361  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.22 
 
 		 556 aa  96.7  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.252753 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2199  FAD dependent oxidoreductase  30.82 
 
 		 567 aa  95.5  5e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4226  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.41 
 
 		 546 aa  94.4  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.130746  normal  0.16895 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2398  Cholesterol oxidase  24.66 
 
 		 538 aa  93.2  3e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0159697  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3356  cholesterol oxidase  24.69 
 
 		 544 aa  88.2  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3901  cholesterol oxidase  24.56 
 
 		 541 aa  86.3  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0511249 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2922  FAD dependent oxidoreductase  31.37 
 
 		 577 aa  85.5  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000517221  hitchhiker  0.0000805295 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2425  Cholesterol oxidase  23.34 
 
 		 543 aa  80.9  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.939121  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.22 
 
 		 520 aa  79.3  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.04 
 
 		 511 aa  79  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  28.19 
 
 		 562 aa  75.9  0.000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.633158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2399  Cholesterol oxidase  26.38 
 
 		 513 aa  75.1  0.000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.220854  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2611  cholesterol oxidase  25.47 
 
 		 543 aa  74.3  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3189  hypothetical protein  27.91 
 
 		 210 aa  73.2  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00130632 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.52 
 
 		 553 aa  72  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  24.1 
 
 		 547 aa  71.6  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  23.96 
 
 		 563 aa  70.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6532  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.47 
 
 		 562 aa  70.9  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243842  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  23.96 
 
 		 563 aa  70.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  23.96 
 
 		 563 aa  70.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.6 
 
 		 518 aa  69.3  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  27.61 
 
 		 629 aa  68.9  0.0000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1871  patatin  27.85 
 
 		 499 aa  68.6  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0785452 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.62 
 
 		 505 aa  68.6  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.1 
 
 		 566 aa  68.6  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.48 
 
 		 527 aa  68.2  0.0000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2937  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.85 
 
 		 711 aa  68.2  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0446461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.29 
 
 		 561 aa  67.8  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5961  Cholesterol oxidase  26.11 
 
 		 546 aa  68.2  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00623  long chain fatty alcohol oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17110)  21.84 
 
 		 745 aa  66.6  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345433  normal  0.817488 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  25.5 
 
 		 539 aa  67.4  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.42 
 
 		 547 aa  67.4  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  27.01 
 
 		 528 aa  65.9  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30650  choline dehydrogenase-like flavoprotein  26.76 
 
 		 534 aa  65.9  0.000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.104777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.86 
 
 		 522 aa  65.1  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.86 
 
 		 522 aa  65.1  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4222  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.84 
 
 		 541 aa  63.9  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.13 
 
 		 556 aa  64.3  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.29 
 
 		 562 aa  64.3  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.03 
 
 		 526 aa  63.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.68 
 
 		 556 aa  62.8  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>