92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5200 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5200  hypothetical protein  100 
 
 		 258 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131551 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1695  hypothetical protein  30.11 
 
 		 238 aa  82.4  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4360  hypothetical protein  50.62 
 
 		 243 aa  75.9  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4493  hypothetical protein  50.62 
 
 		 243 aa  75.9  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129044 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0461  hypothetical protein  33.95 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6587  hypothetical protein  55.56 
 
 		 244 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0308609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0696  transmembrane protein  36.98 
 
 		 240 aa  72  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.220237  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1085  putative transmembrane protein  33.46 
 
 		 260 aa  69.3  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0888  hypothetical protein  42.06 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4573  hypothetical protein  41.12 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2362  hypothetical protein  44.34 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170965 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0073  hypothetical protein  43.82 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0271234 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2576  putative transmembrane protein  43.4 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.245443 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2172  hypothetical protein  43.4 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0088  hypothetical protein  32.37 
 
 		 239 aa  62  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5507  uncharacterized protein-like protein  41.28 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5289  putative transmembrane protein  54.93 
 
 		 275 aa  60.8  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3548  hypothetical protein  43.37 
 
 		 230 aa  60.1  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3590  hypothetical protein  38.89 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.080762  normal  0.394996 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4013  uncharacterized protein-like protein  39.2 
 
 		 234 aa  58.9  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2575  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.85 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.239395 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0076  hypothetical protein  32.8 
 
 		 236 aa  58.5  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.499992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2171  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.57 
 
 		 271 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.190223 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0400  uncharacterized protein-like protein  43.75 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1647  hypothetical protein  35.75 
 
 		 242 aa  57.4  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.042207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3783  hypothetical protein  33.52 
 
 		 228 aa  54.7  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.619325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01570  hypothetical protein  28.81 
 
 		 244 aa  55.1  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3920  uncharacterized protein-like protein  37.04 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00106031  normal  0.125751 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0649  hypothetical protein  51.35 
 
 		 227 aa  53.1  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0697  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  45.76 
 
 		 227 aa  52.8  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40387  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6529  hypothetical protein  38.18 
 
 		 328 aa  52.4  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.270942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2611  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.64 
 
 		 184 aa  52.4  0.000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1294  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.84 
 
 		 178 aa  52  0.000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.761686  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3536  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.37 
 
 		 204 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.595735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.67 
 
 		 214 aa  51.2  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3668  hypothetical protein  38.05 
 
 		 299 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3889  uncharacterized protein-like protein  38.68 
 
 		 259 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.725868  normal  0.210735 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4257  uncharacterized protein-like protein  38.68 
 
 		 259 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.683033 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01782  RNA polymerase sigma factor  49.09 
 
 		 187 aa  50.4  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.126862  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3908  hypothetical protein  40.54 
 
 		 302 aa  50.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0132845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3909  sigma-24 (FecI-like)  47.17 
 
 		 182 aa  50.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0477634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3669  sigma-70 region 2  48.98 
 
 		 182 aa  50.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1718  hypothetical protein  35.19 
 
 		 242 aa  49.7  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.202927 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2361  RNA polymerase sigma-E factor sigma-24 homolog transcription regulator protein  44.07 
 
 		 213 aa  49.3  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.168688 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1097  hypothetical protein  36.94 
 
 		 254 aa  48.9  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1295  hypothetical protein  27.75 
 
 		 237 aa  48.9  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.785718  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4228  sigma-24 (FecI-like)  49.06 
 
 		 182 aa  48.9  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1332  hypothetical protein  31.37 
 
 		 234 aa  48.5  0.00009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1648  FecI-like sigma-24  42.86 
 
 		 199 aa  48.9  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6530  RNA polymerase ECF-type sigma factor  51.02 
 
 		 182 aa  48.5  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1269  hypothetical protein  36.73 
 
 		 249 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000174467 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2488  hypothetical protein  37.11 
 
 		 237 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.101842 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3537  hypothetical protein  31.58 
 
 		 234 aa  47.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.440642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0087  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.59 
 
 		 179 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0636  putative transmembrane protein  33.03 
 
 		 171 aa  47.4  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01781  hypothetical protein  26.79 
 
 		 277 aa  47  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.270891  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5177  hypothetical protein  31.55 
 
 		 235 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1826  hypothetical protein  38.05 
 
 		 315 aa  47  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0616664  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4227  hypothetical protein  36.28 
 
 		 294 aa  46.6  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3808  RNA polymerase sigma-70 family protein  34.26 
 
 		 248 aa  46.6  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178048  normal  0.362907 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0162  hypothetical protein  34.53 
 
 		 245 aa  46.2  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.88805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0288  Anti-sigma-K factor RskA  28.4 
 
 		 224 aa  46.2  0.0005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4535  RNA polymerase sigma factor SigK  46.94 
 
 		 200 aa  45.8  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.394166  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 		 177 aa  45.8  0.0007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.105349  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3175  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 		 177 aa  45.8  0.0007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.138062  normal  0.376023 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01571  putative RNA polymerase sigma factor (ECF family) protein  27.82 
 
 		 177 aa  45.4  0.0008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.26 
 
 		 177 aa  45.4  0.0009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.21 
 
 		 189 aa  45.4  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.206196 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0971  sigma-70 region 2  39.66 
 
 		 192 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.259362  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3432  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.4 
 
 		 188 aa  44.7  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3056  hypothetical protein  35.71 
 
 		 243 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0072  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.74 
 
 		 179 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.44538  normal  0.0452866 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3504  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.67 
 
 		 178 aa  44.3  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.674395  normal  0.884128 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1694  RNA polymerase sigma factor  35.85 
 
 		 181 aa  43.5  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5901  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.23 
 
 		 206 aa  43.9  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.603625 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0795  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.28 
 
 		 177 aa  43.9  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.782142  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3982  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.22 
 
 		 172 aa  43.5  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.796853 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0551  RNA polymerase sigma factor RpoE  51.22 
 
 		 195 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23743  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3784  RNA polymerase sigma factor  34.25 
 
 		 184 aa  43.1  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.119115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1109  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  42 
 
 		 189 aa  43.5  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.98877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3171  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.09 
 
 		 181 aa  42.7  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3490  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.82 
 
 		 189 aa  42.7  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0869216  normal  0.269956 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1137  hypothetical protein  30.28 
 
 		 254 aa  42.7  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4499  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.18 
 
 		 196 aa  43.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.878271  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3727  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.97 
 
 		 178 aa  42.7  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6216  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.69 
 
 		 188 aa  42.7  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3552  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.25 
 
 		 177 aa  42.4  0.007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492938 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3743  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.88 
 
 		 177 aa  42.4  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0763  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.53 
 
 		 177 aa  42.4  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.061264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1825  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.62 
 
 		 182 aa  42.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0355081  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5983  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.08 
 
 		 200 aa  42  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0142297  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3620  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.88 
 
 		 177 aa  42  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>