More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4918 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 
306 aa  623  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  88.45 
 
 
304 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  87.79 
 
 
304 aa  547  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  87.46 
 
 
317 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  86.18 
 
 
305 aa  545  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  87.13 
 
 
304 aa  544  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  85.53 
 
 
305 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  83.22 
 
 
306 aa  525  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  80.26 
 
 
316 aa  498  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  48.16 
 
 
308 aa  318  1e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  50.66 
 
 
304 aa  308  6.999999999999999e-83  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  52 
 
 
303 aa  308  1.0000000000000001e-82  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  50.33 
 
 
305 aa  305  6e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  50 
 
 
305 aa  305  8.000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  45.21 
 
 
304 aa  293  2e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  49.67 
 
 
304 aa  291  1e-77  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  45.21 
 
 
307 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  44.82 
 
 
300 aa  286  4e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  50 
 
 
305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  44.82 
 
 
300 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  48.01 
 
 
305 aa  282  4.0000000000000003e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  44.67 
 
 
305 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  44.48 
 
 
304 aa  278  1e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  44.15 
 
 
300 aa  275  8e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  43.48 
 
 
302 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  43.48 
 
 
302 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  48.99 
 
 
305 aa  273  2.0000000000000002e-72  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  43.48 
 
 
302 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  43.14 
 
 
302 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  48.31 
 
 
316 aa  269  5e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  42.57 
 
 
307 aa  266  2.9999999999999995e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  48.16 
 
 
305 aa  265  5e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  43.33 
 
 
305 aa  265  5e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  43.79 
 
 
300 aa  263  3e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  41.45 
 
 
307 aa  256  3e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  47.4 
 
 
306 aa  256  5e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  43.14 
 
 
300 aa  255  6e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  43 
 
 
306 aa  251  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  43 
 
 
306 aa  250  2e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  43.69 
 
 
298 aa  249  6e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  45.1 
 
 
323 aa  246  3e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  44.48 
 
 
294 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  43.56 
 
 
324 aa  241  9e-63  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  44.37 
 
 
297 aa  238  9e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  44.37 
 
 
308 aa  238  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  40.69 
 
 
300 aa  238  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  42.03 
 
 
299 aa  231  1e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  45.73 
 
 
298 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  42.01 
 
 
301 aa  229  3e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  44.79 
 
 
315 aa  229  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  45.39 
 
 
305 aa  228  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  40.33 
 
 
300 aa  226  3e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  40.48 
 
 
299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  45.07 
 
 
324 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  41.52 
 
 
299 aa  225  6e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  40.14 
 
 
299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  38.26 
 
 
299 aa  216  5e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  40.78 
 
 
298 aa  215  5.9999999999999996e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  41.43 
 
 
311 aa  215  8e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  43.26 
 
 
323 aa  215  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  40.58 
 
 
299 aa  211  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  39.47 
 
 
299 aa  210  3e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  42.81 
 
 
311 aa  209  4e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  37.79 
 
 
302 aa  209  4e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  39.78 
 
 
297 aa  206  3e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  35.91 
 
 
305 aa  206  5e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  42.91 
 
 
306 aa  206  5e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  40.28 
 
 
318 aa  205  8e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  45.95 
 
 
224 aa  205  9e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  35.91 
 
 
300 aa  204  1e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  41.49 
 
 
335 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  41.49 
 
 
334 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  38.57 
 
 
298 aa  202  7e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  40.77 
 
 
323 aa  202  8e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  33.23 
 
 
357 aa  198  9e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  40.69 
 
 
337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  37.85 
 
 
299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  38.7 
 
 
333 aa  189  7e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  35.38 
 
 
300 aa  187  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  33.23 
 
 
350 aa  183  3e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  34.69 
 
 
294 aa  182  6e-45  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  39.78 
 
 
296 aa  181  1e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1212  histone deacetylase superfamily  29.76 
 
 
306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1558  histone deacetylase superfamily protein  29.68 
 
 
314 aa  109  7.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.643913  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1012  Histone deacetylase  32 
 
 
351 aa  108  1e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3565  Histone deacetylase  31.3 
 
 
393 aa  107  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1860  Histone deacetylase  34.91 
 
 
341 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0555119  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1825  histone deacetylase superfamily protein  30.08 
 
 
389 aa  106  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197961  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1790  histone deacetylase superfamily protein  30.08 
 
 
389 aa  106  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.252673  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0708  Histone deacetylase  29.04 
 
 
389 aa  106  6e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27490  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  30.58 
 
 
393 aa  103  3e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0417  Histone deacetylase  29.01 
 
 
340 aa  103  3e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2206  Histone deacetylase  29.83 
 
 
344 aa  103  5e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0533  histone deacetylase superfamily protein  30 
 
 
348 aa  102  7e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.072372 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2297  histone deacetylase superfamily protein  29.1 
 
 
385 aa  101  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3143  histone deacetylase superfamily  32.2 
 
 
403 aa  101  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.170732 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119545  histone deacetylase  28.06 
 
 
487 aa  100  2e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3268  histone deacetylase superfamily  33.33 
 
 
411 aa  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0684517  normal  0.0460373 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18020  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  32.58 
 
 
417 aa  101  2e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.738077  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0570  histone deacetylase superfamily protein  31.1 
 
 
360 aa  100  4e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>