More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4697 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  100 
 
 
331 aa  691  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  87.8 
 
 
336 aa  615  1e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  86.89 
 
 
334 aa  612  1e-174  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  86.1 
 
 
334 aa  607  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  85.8 
 
 
334 aa  606  1e-172  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  86.4 
 
 
334 aa  605  1e-172  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  86.93 
 
 
306 aa  572  1e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  82.46 
 
 
335 aa  566  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  78.12 
 
 
332 aa  539  1e-152  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  79.05 
 
 
299 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 
328 aa  254  2e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 
324 aa  217  3e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  37.15 
 
 
322 aa  216  3e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  37.08 
 
 
330 aa  215  9e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  34.16 
 
 
325 aa  214  2e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  37.15 
 
 
330 aa  214  2e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  37.08 
 
 
331 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 
329 aa  205  7e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 
332 aa  198  1e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  2.78765e-05 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  33.13 
 
 
329 aa  197  2e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  30.51 
 
 
321 aa  193  3e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  36.09 
 
 
330 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 
344 aa  186  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  29.12 
 
 
348 aa  182  5e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  34.44 
 
 
361 aa  182  8e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  34.24 
 
 
340 aa  181  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  31.93 
 
 
336 aa  181  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  36.52 
 
 
332 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  35.18 
 
 
324 aa  176  4e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  33.57 
 
 
324 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  9.34033e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  32.75 
 
 
326 aa  175  9e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  37.4 
 
 
343 aa  173  3e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.18 
 
 
327 aa  172  5e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  30.37 
 
 
326 aa  172  8e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  38.5 
 
 
331 aa  172  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.53 
 
 
327 aa  171  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 
337 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  32.93 
 
 
347 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
320 aa  167  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.26 
 
 
325 aa  167  3e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  35.02 
 
 
360 aa  166  5e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 
335 aa  166  7e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.59 
 
 
326 aa  165  8e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 
285 aa  165  1e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  32.86 
 
 
339 aa  163  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  36.68 
 
 
345 aa  163  3e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  38.53 
 
 
341 aa  162  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  29.7 
 
 
347 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  30 
 
 
347 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  32 
 
 
337 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
320 aa  160  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  32.01 
 
 
332 aa  159  4e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.67 
 
 
293 aa  159  5e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  29.39 
 
 
347 aa  159  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.58985e-06 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 
351 aa  159  7e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  29.94 
 
 
326 aa  159  8e-38  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  35.93 
 
 
330 aa  159  9e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 
333 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  35.38 
 
 
319 aa  155  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 
327 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 
326 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 
330 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 
326 aa  153  5e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.6714e-05 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 
338 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  36.52 
 
 
344 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  32.72 
 
 
322 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  32.69 
 
 
336 aa  152  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 
324 aa  150  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 
335 aa  148  1e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 
320 aa  147  2e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  30.09 
 
 
329 aa  146  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.48 
 
 
323 aa  146  5e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2327  transcriptional regulator  32.51 
 
 
316 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.223293  normal  0.02817 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7121  transcriptional activator FtrA  31.01 
 
 
328 aa  143  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  35.32 
 
 
323 aa  142  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  28.77 
 
 
354 aa  141  1e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2875  ThiJ/PfpI domain-containing protein  30.09 
 
 
330 aa  141  2e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.276432  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  32.27 
 
 
320 aa  140  2e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1985  transcriptional activator FtrA  29.97 
 
 
333 aa  139  5e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0670847 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  30.34 
 
 
322 aa  139  9e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  33.48 
 
 
314 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0385  transcriptional regulator  30.18 
 
 
334 aa  138  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 
333 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 
342 aa  137  3e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4599  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 
332 aa  137  3e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0954  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 
346 aa  137  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.856165  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2723  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 
331 aa  136  5e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6981  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 
345 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0671274  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1506  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 
345 aa  136  6e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.570084  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6323  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 
345 aa  136  6e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879961  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0282  AraC family transcriptional regulator  31.14 
 
 
342 aa  134  1e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4495  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 
340 aa  135  1e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  26.51 
 
 
345 aa  134  2e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 
334 aa  134  2e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 
344 aa  132  7e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 
344 aa  132  7e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 
344 aa  132  7e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 
344 aa  132  7e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 
344 aa  132  8e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 
344 aa  132  8e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>