More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4663 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4663  two component heavy metal response transcriptional regulator  100 
 
 
225 aa  446  1e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  90.58 
 
 
224 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1307  DNA-binding heavy metal response regulator  90.09 
 
 
225 aa  406  1e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150056  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1127  heavy metal response regulator  89.19 
 
 
225 aa  404  1e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294376  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  90.09 
 
 
224 aa  405  1e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3892  putative two-component response regulator  77.78 
 
 
229 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45880  putative two-component response regulator  78.22 
 
 
229 aa  352  3e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0344  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.66 
 
 
231 aa  337  1e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5873  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  72.97 
 
 
228 aa  325  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.247228  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2069  two component heavy metal response transcriptional regulator  72.97 
 
 
228 aa  325  3e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102482  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6519  two component heavy metal response transcriptional regulator  71.62 
 
 
228 aa  317  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4315  two component heavy metal response transcriptional regulator  74.32 
 
 
232 aa  310  1e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.767231  normal  0.644171 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3708  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.87 
 
 
231 aa  309  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4186  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.87 
 
 
231 aa  309  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.24384  normal  0.790942 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1729  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.42 
 
 
231 aa  308  5e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4076  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.42 
 
 
231 aa  308  6e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105833  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3227  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.42 
 
 
231 aa  308  6e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.303749  normal  0.0627816 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4290  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.42 
 
 
231 aa  308  6e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2192  two component heavy metal response transcriptional regulator  67.86 
 
 
230 aa  305  4e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2084  DNA-binding heavy metal response regulator  67.86 
 
 
230 aa  305  4e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000771382  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2480  DNA-binding heavy metal response regulator  67.41 
 
 
230 aa  302  2e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.87636e-06  normal  0.518539 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  65.79 
 
 
232 aa  296  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  64.57 
 
 
225 aa  294  8e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  62.83 
 
 
228 aa  292  3e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2215  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  63 
 
 
228 aa  283  1e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  60.81 
 
 
226 aa  282  4e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  59.46 
 
 
226 aa  275  4e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.82 
 
 
225 aa  274  6e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.09 
 
 
223 aa  274  8e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0489  response regulator for cobalt zinc cadmium resistance transcription regulator protein  60.63 
 
 
224 aa  274  9e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  61.82 
 
 
225 aa  274  1e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.64 
 
 
223 aa  272  2e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.64 
 
 
223 aa  272  2e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.81 
 
 
225 aa  271  6e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.67 
 
 
226 aa  271  9e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2101  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  60.62 
 
 
228 aa  270  1e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2388  heavy metal response regulator  60.62 
 
 
228 aa  270  1e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000142984  normal  0.119734 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.74 
 
 
223 aa  270  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.36 
 
 
225 aa  270  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.3 
 
 
223 aa  269  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1760  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  56.82 
 
 
225 aa  270  2e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133831  normal  0.402692 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1748a  hypothetical protein  61.19 
 
 
223 aa  268  5e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0697031  normal  0.305387 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.36 
 
 
225 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.36 
 
 
225 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.36 
 
 
225 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5978  regulatory protein CzcR  56.82 
 
 
225 aa  267  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  2.69255e-05  normal  0.0723212 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.01 
 
 
224 aa  266  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  59.09 
 
 
229 aa  266  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4933  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  60.73 
 
 
223 aa  265  3e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461594  normal  0.344735 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6295  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.3 
 
 
223 aa  265  4e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.803537  normal  0.219108 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2474  heavy metal response regulator  58.74 
 
 
223 aa  265  4e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3379  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.66 
 
 
223 aa  264  8e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.4 
 
 
230 aa  264  8e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0102  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.64 
 
 
223 aa  263  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.753235  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2768  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.3 
 
 
223 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.47 
 
 
227 aa  263  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.4 
 
 
227 aa  262  4e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.19 
 
 
225 aa  262  4e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.55 
 
 
225 aa  261  5e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1751  two component heavy metal response transcriptional regulator  55.86 
 
 
224 aa  260  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0784096 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  56.95 
 
 
224 aa  260  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3722  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  58.3 
 
 
223 aa  259  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  59.46 
 
 
226 aa  259  3e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1236  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.99 
 
 
219 aa  258  4e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2430  two component heavy metal response transcriptional regulator  56.95 
 
 
227 aa  257  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1497  heavy metal response regulator  57.33 
 
 
228 aa  256  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4369  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.85 
 
 
224 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0732935 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2716  DNA-binding heavy metal response regulator  56.5 
 
 
230 aa  255  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.558922  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2869  transcriptional activator protein IrlR  56.5 
 
 
230 aa  255  3e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.354021  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.4 
 
 
223 aa  256  3e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1103  DNA-binding response regulator IrlR  56.5 
 
 
230 aa  255  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0630149  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1510  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  57.4 
 
 
227 aa  255  3e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4683  two component heavy metal response transcriptional regulator  56.5 
 
 
228 aa  254  5e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.222547  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3680  two component heavy metal response transcriptional regulator  56.5 
 
 
228 aa  254  5e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224842  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  54.22 
 
 
230 aa  254  5e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3842  two component heavy metal response transcriptional regulator  56.5 
 
 
227 aa  255  5e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.67414 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  57.4 
 
 
224 aa  254  6e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  58.04 
 
 
228 aa  254  6e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4283  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.4 
 
 
224 aa  254  6e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0230752  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2960  two component heavy metal response transcriptional regulator  56.76 
 
 
227 aa  254  6e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0422  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.85 
 
 
227 aa  254  8e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0376  DNA-binding response regulator IrlR  55.61 
 
 
230 aa  254  8e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.083776  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6173  two component heavy metal response transcriptional regulator  56.5 
 
 
228 aa  253  1e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.400074 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  56.64 
 
 
226 aa  254  1e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31960  putative two-component response regulator  56.25 
 
 
224 aa  253  1e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.029957  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1699  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.41 
 
 
226 aa  254  1e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00419772 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0019  two component heavy metal response transcriptional regulator  56.76 
 
 
225 aa  253  1e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593373  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0708  two component heavy metal response transcriptional regulator  56.76 
 
 
226 aa  254  1e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328024  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  56.76 
 
 
225 aa  253  1e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2714  putative two-component response regulator  56.25 
 
 
224 aa  253  1e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.681326  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  56.76 
 
 
225 aa  253  1e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0468746 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5607  two-component response regulator  58.11 
 
 
229 aa  253  2e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5099  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  56.25 
 
 
228 aa  253  2e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3584  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.15 
 
 
226 aa  253  2e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2158  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.41 
 
 
226 aa  253  2e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144347  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  57.08 
 
 
228 aa  253  2e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1376  DNA-binding response regulator IrlR  57.66 
 
 
229 aa  252  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498923  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64570  two-component response regulator  58.11 
 
 
229 aa  252  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.04 
 
 
225 aa  252  4e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1841  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  54.95 
 
 
228 aa  252  4e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.99331  hitchhiker  2.22676e-06 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>