More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4556 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4556  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 441 aa  870    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1544  putative amino acid permease  80.18 
 
 		 440 aa  695    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17740  amino acid ABC transporter permease  79.27 
 
 		 440 aa  691    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2587  amino acid permease-associated region  74.77 
 
 		 440 aa  642    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250393 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0060  amino acid permease-associated region  67.5 
 
 		 440 aa  589  1e-167  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7480  amino acid permease-associated region  59.45 
 
 		 454 aa  463  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2080  amino acid permease-associated region  50.9 
 
 		 447 aa  461  9.999999999999999e-129  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.88578  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3528  amino acid permease-associated region  57.21 
 
 		 446 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.802107 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4371  amino acid permease-associated region  57.21 
 
 		 446 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.670873  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3995  amino acid permease-associated region  57.21 
 
 		 446 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140691  normal  0.543798 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1639  amino acid permease-associated region  57.01 
 
 		 446 aa  448  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00236467  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2802  amino acid permease family protein  52.3 
 
 		 443 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35860  amino acid permease  51.95 
 
 		 434 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000332281  decreased coverage  9.326859999999999e-20 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2029  amino acid permease family protein  51.36 
 
 		 442 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1271  amino acid permease-associated region  45.91 
 
 		 449 aa  404  1e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.633139  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1550  amino acid permease-associated region  46.59 
 
 		 462 aa  392  1e-108  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.29371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3246  putative amino acid permease  46.28 
 
 		 456 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2069  amino acid permease-associated region  46.01 
 
 		 456 aa  385  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38130  putative amino acid permease  45.5 
 
 		 456 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1229  amino acid ABC transporter permease  45.75 
 
 		 450 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.674288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4189  amino acid permease-associated region  46 
 
 		 450 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.121323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1258  amino acid permease-associated region  45.75 
 
 		 450 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101609  normal  0.957729 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3983  amino acid permease-associated region  46 
 
 		 450 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1760  amino acid permease-associated region  44.04 
 
 		 456 aa  365  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01273  putrescine importer  43.55 
 
 		 461 aa  364  1e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1505  amino acid permease  43.55 
 
 		 461 aa  365  1e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1826  amino acid permease  43.78 
 
 		 461 aa  365  1e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0357  amino acid permease-associated region  45.27 
 
 		 449 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183416  normal  0.510995 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2329  amino acid permease-associated region  43.78 
 
 		 461 aa  365  1e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1411  amino acid permease  43.55 
 
 		 461 aa  364  1e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01284  hypothetical protein  43.55 
 
 		 461 aa  364  1e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1938  amino acid permease  43.55 
 
 		 461 aa  364  2e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.173953 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2033  amino acid permease-associated region  43.58 
 
 		 459 aa  363  2e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2350  amino acid permease-associated region  43.55 
 
 		 461 aa  362  1e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04210  putative transporter  44.7 
 
 		 464 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1532  amino acid permease  43.32 
 
 		 461 aa  358  9.999999999999999e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4455  amino acid permease-associated region  45.12 
 
 		 457 aa  356  5e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.103538  normal  0.0381095 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4368  amino acid permease-associated region  45.12 
 
 		 457 aa  356  5e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4749  amino acid permease-associated region  45.12 
 
 		 457 aa  356  5e-97  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3215  amino acid permease-associated region  42.92 
 
 		 455 aa  353  2.9999999999999997e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52961  normal  0.0246251 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0415  putative transporter  44.02 
 
 		 464 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.824759  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0587  amino acid permease-associated region  41.16 
 
 		 443 aa  350  3e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2212  amino acid permease-associated region  42.24 
 
 		 453 aa  350  4e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2628  amino acid permease-associated region  42.56 
 
 		 453 aa  349  5e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0615557  normal  0.778378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3252  amino acid permease-associated region  43.61 
 
 		 464 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.719385  normal  0.223004 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01917  predicted amino-acid transporter  42.33 
 
 		 452 aa  344  2e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1643  amino acid permease-associated region  42.33 
 
 		 452 aa  344  2e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.121061  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01903  hypothetical protein  42.33 
 
 		 452 aa  344  2e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1045  amino acid permease  42.33 
 
 		 452 aa  344  2e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0835245 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2947  amino acid permease  42.33 
 
 		 452 aa  344  2e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.685998  hitchhiker  0.000000000177755 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2152  amino acid permease  42.33 
 
 		 452 aa  344  2e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1218  amino acid permease  42.33 
 
 		 452 aa  344  2e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2305  amino acid permease  42.33 
 
 		 452 aa  344  2e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1626  amino acid permease-associated region  42.33 
 
 		 452 aa  344  2e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.287278 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2293  amino acid permease  42.33 
 
 		 452 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.05629 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2295  amino acid permease  42.33 
 
 		 452 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0751676 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2246  amino acid permease  42.33 
 
 		 452 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.282071 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2405  amino acid permease  42.33 
 
 		 452 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0506799 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2192  amino acid permease  42.33 
 
 		 452 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4081  amino acid permease  39.53 
 
 		 443 aa  343  4e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3458  amino acid permease-associated region  39.53 
 
 		 443 aa  343  4e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0492  amino acid permease-associated region  39.77 
 
 		 443 aa  343  4e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3634  amino acid permease-associated region  39.3 
 
 		 443 aa  343  4e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0535  amino acid permease-associated region  40.23 
 
 		 443 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3809  amino acid permease-associated region  40 
 
 		 443 aa  341  1e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0530  amino acid permease-associated region  40 
 
 		 443 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2314  amino acid permease-associated region  42.82 
 
 		 453 aa  339  5e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0509  amino acid permease-associated region  40 
 
 		 443 aa  338  8e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2586  amino acid ABC transporter permease  42.47 
 
 		 470 aa  336  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163018  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3130  amino acid permease-associated region  42.47 
 
 		 460 aa  336  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2573  amino acid permease-associated region  42.69 
 
 		 457 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2421  amino acid permease family protein  40.82 
 
 		 463 aa  330  2e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2517  amino acid permease-associated region  40.82 
 
 		 463 aa  331  2e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0624875  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6579  amino acid permease-associated region  40.64 
 
 		 462 aa  330  3e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0989749  decreased coverage  0.00384925 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5732  amino acid permease-associated region  40.64 
 
 		 462 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6096  amino acid permease-associated region  40.64 
 
 		 462 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3082  amino acid permease  40.59 
 
 		 463 aa  328  1.0000000000000001e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7548  amino acid transporter  40.5 
 
 		 463 aa  323  3e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.219639 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6094  amino acid permease-associated region  41.24 
 
 		 463 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5856  amino acid permease-associated region  40.73 
 
 		 463 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6016  amino acid permease-associated region  41.78 
 
 		 463 aa  317  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.838168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2164  amino acid permease-associated region  36.51 
 
 		 455 aa  293  5e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72710  putative transporter  37.81 
 
 		 449 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0413  amino acid permease-associated region  37.82 
 
 		 454 aa  273  6e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0116  amino acid transporter  36.82 
 
 		 443 aa  272  7e-72  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6311  putative transporter  37.13 
 
 		 449 aa  270  4e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0187  amino acid permease-associated region  34.63 
 
 		 466 aa  268  1e-70  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.20058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23470  amino acid transporter  33.78 
 
 		 465 aa  255  1.0000000000000001e-66  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00108461  hitchhiker  0.00000906997 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2055  amino acid permease-associated region  37.44 
 
 		 449 aa  251  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3016  amino acid transporter  33.33 
 
 		 462 aa  241  1e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0154714 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2324  putative transporter  35.59 
 
 		 468 aa  239  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1963  amino acid permease-associated region  32.43 
 
 		 468 aa  226  6e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.281005 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02208  amino acid transporter  34.57 
 
 		 460 aa  226  7e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.411846  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1476  amino acid transporter  33.64 
 
 		 447 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.161402 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1513  amino acid transporter  33.41 
 
 		 447 aa  216  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.490527  hitchhiker  0.0000000124915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1792  amino acid transporter  33.41 
 
 		 447 aa  215  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000593149  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1492  amino acid transporter  33.18 
 
 		 447 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.488484  hitchhiker  0.0000000000000168224 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1963  amino acid transporter  32.94 
 
 		 447 aa  210  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.041678  hitchhiker  0.00000000765672 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1529  amino acid permease-associated region  33.41 
 
 		 473 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.327796  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6300  amino acid permease-associated region  33.41 
 
 		 473 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819384 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>