More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4409 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4409  Holliday junction resolvase  100 
 
 
175 aa  352  2e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.049138  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1408  Holliday junction resolvase  90.86 
 
 
174 aa  325  3e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0741674  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3979  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  90.4 
 
 
176 aa  322  1e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175883  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1270  Holliday junction resolvase  81.71 
 
 
174 aa  290  8e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460583  normal  0.748169 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4543  Holliday junction resolvase  78.88 
 
 
174 aa  267  5e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1244  Holliday junction resolvase  84.94 
 
 
174 aa  264  4e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61539  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4203  Holliday junction resolvase  84.94 
 
 
174 aa  264  5e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0438295  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51800  Holliday junction resolvase  77.64 
 
 
174 aa  263  8e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  4.86306e-05 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1215  Holliday junction resolvase  84.94 
 
 
174 aa  263  8e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0458654  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4000  Holliday junction resolvase  83.73 
 
 
174 aa  261  5e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36710  Holliday junction resolvase  80.12 
 
 
174 aa  243  1e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0716  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  56.9 
 
 
173 aa  206  1e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.075927  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2182  Holliday junction resolvase  61.54 
 
 
173 aa  199  2e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.64085  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1438  Holliday junction resolvase  59.2 
 
 
173 aa  199  2e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.86785e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003924  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  58.62 
 
 
173 aa  197  7e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00124897  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01598  Holliday junction resolvase  58.62 
 
 
173 aa  197  7e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1887  Holliday junction resolvase  56.9 
 
 
173 aa  191  5e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2364  Holliday junction resolvase  61.01 
 
 
173 aa  188  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00103097  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1937  Holliday junction resolvase  59.65 
 
 
173 aa  184  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00155576  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2573  Holliday junction resolvase  59.43 
 
 
173 aa  181  4e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00104649  hitchhiker  0.00130455 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2032  Holliday junction resolvase  59.43 
 
 
173 aa  180  9e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00302461  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2077  Holliday junction resolvase  56.9 
 
 
173 aa  180  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.414118  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2421  Holliday junction resolvase  59.06 
 
 
173 aa  179  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  5.04743e-05  normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2040  Holliday junction resolvase  59.06 
 
 
173 aa  179  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  8.85772e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2305  Holliday junction resolvase  59.06 
 
 
173 aa  179  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00234267  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2042  Holliday junction resolvase  59.06 
 
 
173 aa  179  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000214475  hitchhiker  5.71856e-08 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1885  Holliday junction resolvase  58.86 
 
 
173 aa  178  3e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.94551  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1818  Holliday junction resolvase  58.62 
 
 
173 aa  178  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.311556  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2778  Holliday junction resolvase  58.62 
 
 
173 aa  177  5e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0426005  normal  0.0283844 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2102  Holliday junction resolvase  58.62 
 
 
173 aa  177  7e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2078  Holliday junction resolvase  57.31 
 
 
173 aa  177  9e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000308371  hitchhiker  0.00162508 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1900  Holliday junction resolvase  57.31 
 
 
173 aa  177  9e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.00533e-05  hitchhiker  0.000114763 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1955  Holliday junction resolvase  57.31 
 
 
173 aa  176  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0326541  normal  0.873797 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2431  Holliday junction resolvase  56.73 
 
 
173 aa  176  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2259  Holliday junction resolvase  62.03 
 
 
173 aa  173  9e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1841  Holliday junction resolvase  58.62 
 
 
173 aa  172  2e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.291427 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2946  Holliday junction resolvase  55.17 
 
 
173 aa  172  3e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.185202  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0671  Holliday junction resolvase  53.23 
 
 
194 aa  171  5e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.674635  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0699  Holliday junction resolvase  53.23 
 
 
194 aa  171  6e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.207762  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2157  Holliday junction resolvase  58.62 
 
 
173 aa  171  6e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1706  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  56.32 
 
 
175 aa  170  9e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0826466  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2431  Holliday junction resolvase  61.01 
 
 
173 aa  169  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0114674  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2145  Holliday junction resolvase  56.32 
 
 
173 aa  169  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.25841  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2423  Holliday junction resolvase  56.32 
 
 
173 aa  169  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0385722  normal  0.655907 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2093  Holliday junction resolvase  56.32 
 
 
173 aa  169  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00029798  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2057  Holliday junction resolvase  56.32 
 
 
173 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0681914 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2052  Holliday junction resolvase  56.32 
 
 
173 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2032  Holliday junction resolvase  56.32 
 
 
173 aa  169  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000234301  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1225  Holliday junction resolvase  56.32 
 
 
173 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.177509  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2112  Holliday junction resolvase  56.32 
 
 
173 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0214105 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1349  Holliday junction resolvase  55.75 
 
 
173 aa  168  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00353939 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1221  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  53.8 
 
 
165 aa  168  3e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.69785  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1956  Holliday junction resolvase  55.75 
 
 
173 aa  167  7e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.396234  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01822  hypothetical protein  55.75 
 
 
173 aa  167  7e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.621329  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1769  Holliday junction resolvase  55.75 
 
 
173 aa  167  7e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0125353  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1109  Holliday junction resolvase  55.75 
 
 
173 aa  167  7e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1777  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  55.75 
 
 
173 aa  167  7e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00202932  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1323  Holliday junction resolvase  55.75 
 
 
173 aa  167  7e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2599  Holliday junction resolvase  55.75 
 
 
173 aa  167  7e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.109079  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01834  Holliday junction resolvase  55.75 
 
 
173 aa  167  7e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.837934  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3856  Holliday junction resolvase  56.32 
 
 
183 aa  167  9e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2188  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  57.56 
 
 
185 aa  166  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000240809  normal  0.361233 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1433  Holliday junction resolvase  49.73 
 
 
194 aa  165  3e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3314  Holliday junction resolvase  58.17 
 
 
164 aa  164  5e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0932  Holliday junction resolvase  58.17 
 
 
164 aa  164  5e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.74044e-15 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1075  Holliday junction resolvase  56.58 
 
 
164 aa  164  8e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.228203  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0509  Holliday junction resolvase  57.79 
 
 
189 aa  162  2e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0744  Holliday junction resolvase  56.58 
 
 
164 aa  161  4e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000123972  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1415  Holliday junction resolvase  55.92 
 
 
171 aa  161  5e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  5.23238e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2672  Holliday junction resolvase  51.16 
 
 
176 aa  159  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2535  Holliday junction resolvase  54.6 
 
 
173 aa  155  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.278528 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1846  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  59.01 
 
 
186 aa  155  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.018832  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2336  Holliday junction resolvase  55.26 
 
 
161 aa  154  5e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0868617  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1250  Holliday junction resolvase  51.74 
 
 
174 aa  154  7e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2115  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  55.35 
 
 
175 aa  153  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1250  Holliday junction resolvase  51.74 
 
 
174 aa  152  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0379  Holliday junction resolvase  53.21 
 
 
181 aa  152  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0061  Holliday junction resolvase  55.62 
 
 
185 aa  152  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0317029  normal  0.843846 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0060  Holliday junction resolvase  55.62 
 
 
166 aa  152  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0394  Holliday junction resolvase  52.56 
 
 
181 aa  151  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.638558 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0426  Holliday junction resolvase  53.21 
 
 
181 aa  151  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.633574  normal  0.046933 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2354  Holliday junction resolvase  50.57 
 
 
180 aa  151  5e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.542113 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0503  Holliday junction resolvase  51.92 
 
 
181 aa  150  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.46163 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1878  Holliday junction resolvase  51.22 
 
 
172 aa  149  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00784729  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0609  Holliday junction resolvase  50.97 
 
 
183 aa  148  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.385188  normal  0.439523 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0583  Holliday junction resolvase  50.97 
 
 
183 aa  148  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0138  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  56.86 
 
 
174 aa  148  4e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3364  Holliday junction resolvase  51.61 
 
 
180 aa  148  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2355  Holliday junction resolvase  51.61 
 
 
180 aa  148  5e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3399  Holliday junction resolvase  51.61 
 
 
180 aa  148  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2534  Holliday junction resolvase  51.61 
 
 
180 aa  148  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3343  Holliday junction resolvase  49.68 
 
 
180 aa  148  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00888007 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3405  Holliday junction resolvase  51.61 
 
 
180 aa  148  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0268  Holliday junction resolvase  51.61 
 
 
284 aa  147  6e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1130  Holliday junction resolvase  51.61 
 
 
275 aa  147  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0617  Holliday junction resolvase  49.68 
 
 
180 aa  147  1e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.481352 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3776  Holliday junction resolvase  51.61 
 
 
180 aa  146  1e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.518042  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0486  Holliday junction resolvase  50.64 
 
 
181 aa  145  2e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01729  Holliday junction resolvase  52.74 
 
 
146 aa  145  2e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.2224e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1249  Holliday junction resolvase  51.61 
 
 
180 aa  146  2e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>