More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4399 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4399  radical SAM family protein  100 
 
 
215 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.102594  normal  0.8927 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3969  radical SAM domain protein  89.77 
 
 
215 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0978763  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1418  radical SAM family protein  89.77 
 
 
215 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1225  radical SAM domain protein  88.84 
 
 
215 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.879338 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1254  radical SAM domain-containing protein  88.84 
 
 
215 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.04187  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4193  radical SAM domain-containing protein  88.37 
 
 
215 aa  400  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3990  radical SAM domain-containing protein  87.91 
 
 
215 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1280  radical SAM domain-containing protein  85.12 
 
 
226 aa  383  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.281332  normal  0.805859 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4533  radical activating enzyme  82.71 
 
 
215 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51680  radical activating enzyme  82.24 
 
 
264 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000920323  hitchhiker  0.00150868 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36610  Radical SAM protein  76.68 
 
 
193 aa  309  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506067  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2024  hypothetical protein  65.12 
 
 
217 aa  301  4.0000000000000003e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3116  Radical SAM domain protein  68.72 
 
 
233 aa  299  2e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2019  hypothetical protein  64.65 
 
 
217 aa  296  1e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0178  radical SAM domain-containing protein  66.2 
 
 
213 aa  293  2e-78  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.866793  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2016  queuosine biosynthesis protein  66.2 
 
 
213 aa  293  2e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.708443  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01567  radical activating enzyme  66.35 
 
 
213 aa  291  7e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0952  radical SAM domain-containing protein  64.93 
 
 
217 aa  290  1e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0717091  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1071  radical activating enzyme  64.45 
 
 
217 aa  288  4e-77  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0749004  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2526  putative radical activating enzyme  66.67 
 
 
216 aa  286  1e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292086  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2226  putative radical activating enzyme  65.26 
 
 
227 aa  281  7.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0069  radical SAM domain protein  62.15 
 
 
214 aa  277  8e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0070  Radical SAM domain protein  62.15 
 
 
214 aa  277  8e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.457092  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0148  radical SAM domain-containing protein  64.45 
 
 
213 aa  275  5e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0779  Radical SAM domain protein  63.51 
 
 
223 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.141038  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2203  radical activating enzyme  61.79 
 
 
216 aa  271  4.0000000000000004e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000727675 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0736  radical activating enzyme  56 
 
 
244 aa  266  2.9999999999999995e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.114676  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2336  radical SAM family protein  58.02 
 
 
212 aa  263  1e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650219  normal  0.0607632 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0724  radical SAM family protein  56 
 
 
244 aa  262  3e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4050  radical SAM family protein  58.02 
 
 
212 aa  261  4.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0896  radical SAM domain-containing protein  55.11 
 
 
245 aa  260  8e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.116029 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1232  radical activating enzyme family protein  65.58 
 
 
215 aa  259  2e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248382  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0538  Radical SAM domain protein  59.72 
 
 
227 aa  259  2e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0128544  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0569  Radical SAM domain protein  59.72 
 
 
232 aa  249  3e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.241409  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2711  radical SAM family protein  57.55 
 
 
234 aa  248  4e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2467  radical SAM domain-containing protein  47.09 
 
 
210 aa  192  4e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0497  radical SAM domain-containing protein  47.17 
 
 
212 aa  187  8e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1985  radical SAM domain-containing protein  47.62 
 
 
215 aa  187  9e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4643  radical SAM family Fe-S protein  44.14 
 
 
226 aa  187  1e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.726839  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1979  radical SAM domain-containing protein  44.81 
 
 
223 aa  186  2e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0505  radical activating enzyme, putative  43.64 
 
 
226 aa  185  4e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.759738  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1702  Radical SAM domain protein  44.44 
 
 
222 aa  184  7e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.86531  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1879  Radical SAM domain protein  45.16 
 
 
223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00268762 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1298  radical SAM family protein  45.15 
 
 
210 aa  182  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2658  Radical SAM domain protein  45.63 
 
 
210 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0802797  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3107  radical SAM family protein  42.31 
 
 
210 aa  181  9.000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2562  Radical SAM domain protein  45.15 
 
 
210 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00464069  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1766  Radical SAM domain protein  41.67 
 
 
220 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.988544  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2280  Radical SAM domain protein  41.12 
 
 
223 aa  169  2e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.28532  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3632  Radical SAM domain protein  44.81 
 
 
211 aa  168  6e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.597891 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0430  radical activating enzyme, putative  41.51 
 
 
223 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1450  Radical SAM domain protein  38.21 
 
 
209 aa  156  2e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0267  radical SAM domain-containing protein  40.98 
 
 
202 aa  151  8e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.953431  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2209  radical SAM domain-containing protein  40.39 
 
 
202 aa  145  3e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1617  hypothetical protein  40.49 
 
 
202 aa  144  1e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2832  radical SAM family protein  36.54 
 
 
234 aa  140  9.999999999999999e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.641503  normal  0.195448 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0196  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
225 aa  118  7.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00186135  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0283  Radical SAM domain protein  36.59 
 
 
202 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.173391  normal  0.103255 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1950  Radical SAM domain protein  34.36 
 
 
253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0591  Radical SAM domain protein  33.2 
 
 
258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3058  Radical SAM domain protein  33.75 
 
 
258 aa  107  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0569  Radical SAM domain protein  40.95 
 
 
220 aa  101  7e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0635  radical SAM domain-containing protein  30.24 
 
 
195 aa  94.7  8e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1687  Radical SAM domain protein  28.99 
 
 
208 aa  94  1e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1392  Radical SAM domain protein  39.52 
 
 
274 aa  92  6e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2341  Radical SAM domain protein  40 
 
 
280 aa  90.9  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1943  Radical SAM domain protein  34.27 
 
 
260 aa  90.5  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.228441  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1091  radical SAM domain-containing protein  31.36 
 
 
216 aa  90.5  2e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.598204 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0034  radical SAM domain-containing protein  32.77 
 
 
216 aa  90.1  2e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0949  radical SAM domain-containing protein  30.87 
 
 
216 aa  85.1  7e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00254529  hitchhiker  0.000124279 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0318  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
210 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0080  hypothetical protein  31.58 
 
 
207 aa  82.8  0.000000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.557073  normal  0.147757 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1974  radical SAM domain-containing protein  30.33 
 
 
210 aa  81.6  0.000000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4406  hypothetical protein  27.71 
 
 
210 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.798286 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0044  radical SAM domain-containing protein  26.84 
 
 
210 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1116  hypothetical protein  30.43 
 
 
205 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6469  organic radical activating-like protein  27.27 
 
 
210 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1145  radical activating enzyme  30.43 
 
 
205 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.723359 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3056  organic radical activating enzyme-like protein  27.27 
 
 
210 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133958  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3173  organic radical activating enzyme-like protein  27.27 
 
 
210 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.655462  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4124  radical SAM domain-containing protein  31.84 
 
 
230 aa  80.1  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2504  organic radical activating enzymes-like  27.27 
 
 
210 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160261  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3134  organic radical activating enzyme-like protein  27.27 
 
 
210 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.260686 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3118  organic radical activating enzymes-like protein  27.27 
 
 
210 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.174394  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2061  radical SAM domain-containing protein  28 
 
 
222 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3115  organic radical activating enzyme-like protein  27.27 
 
 
210 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.369286  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1878  Radical SAM domain protein  29.19 
 
 
192 aa  79.3  0.00000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.315788  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1571  hypothetical protein  28.94 
 
 
211 aa  79  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.794785 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2947  hypothetical protein  25.63 
 
 
226 aa  78.6  0.00000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.500667  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0634  radical SAM domain-containing protein  30.37 
 
 
204 aa  78.6  0.00000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0862  radical SAM domain-containing protein  31.18 
 
 
231 aa  78.6  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2614  organic radical activating-like protein  37.1 
 
 
211 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2599  organic radical activating protein  31.82 
 
 
205 aa  76.3  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.836809  normal  0.140596 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1959  radical SAM family protein  38.06 
 
 
235 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02724  radical activating enzyme  28.82 
 
 
224 aa  75.5  0.0000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3790  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  30.54 
 
 
242 aa  75.5  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2883  radical SAM domain-containing protein  26.43 
 
 
222 aa  75.1  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.470396  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2268  radical activating enzyme  28.76 
 
 
222 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00320351  normal  0.189151 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0642  radical SAM domain-containing protein  29.33 
 
 
216 aa  75.1  0.0000000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0088  hypothetical protein  28.78 
 
 
193 aa  74.7  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>