105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4004 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4004  hypothetical protein  100 
 
 		 167 aa  334  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.209434  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1927  UspA domain-containing protein  75.61 
 
 		 165 aa  249  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000483446  hitchhiker  0.0000000000012349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2326  universal stress protein  73.78 
 
 		 165 aa  244  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.341198  hitchhiker  0.0000387778 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3444  UspA domain-containing protein  73.78 
 
 		 165 aa  244  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150899  hitchhiker  0.00194101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1767  UspA domain-containing protein  71.95 
 
 		 165 aa  239  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000240026 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2547  UspA domain-containing protein  71.95 
 
 		 166 aa  237  5e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.903802  hitchhiker  0.00000022804 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41880  universal stress protein  63.03 
 
 		 165 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3555  universal stress protein family protein  62.42 
 
 		 165 aa  218  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2076  hypothetical protein  64.02 
 
 		 164 aa  216  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.969502  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2278  universal stress protein family  65.22 
 
 		 167 aa  213  9e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000472572  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1348  UspA domain protein  34.81 
 
 		 157 aa  85.5  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1831  putative universal stress protein  33.33 
 
 		 167 aa  85.1  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322893  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1407  universal stress protein  28.03 
 
 		 161 aa  83.2  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.192272  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0818  UspA domain-containing protein  29.19 
 
 		 151 aa  68.6  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.128659 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3274  UspA domain-containing protein  24.84 
 
 		 160 aa  68.6  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0533854 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2660  hypothetical protein  32.26 
 
 		 288 aa  61.6  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.82122  normal  0.708398 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1199  Bile acid:sodium symporter  26.54 
 
 		 515 aa  60.8  0.000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4069  UspA domain-containing protein  27.92 
 
 		 162 aa  58.2  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0307561  normal  0.903316 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0384  UspA domain protein  28.48 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000150335  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3081  UspA domain-containing protein  23.53 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000110686  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0337  UspA domain protein  25.48 
 
 		 283 aa  54.7  0.0000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175107  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3185  UspA domain-containing protein  26.25 
 
 		 170 aa  53.9  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1589  UspA domain-containing protein  26.28 
 
 		 140 aa  53.1  0.000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.000251397  normal  0.0131871 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3344  UspA domain protein  25.48 
 
 		 141 aa  52  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.225845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1466  UspA domain-containing protein  27.16 
 
 		 144 aa  51.2  0.000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.838968  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0913  UspA domain-containing protein  26.11 
 
 		 138 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0346302 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3822  UspA domain protein  29.81 
 
 		 159 aa  50.4  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1760  hypothetical protein  29.34 
 
 		 148 aa  49.7  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1851  UspA domain-containing protein  24.84 
 
 		 142 aa  50.1  0.00002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1706  UspA domain protein  25.79 
 
 		 290 aa  49.7  0.00002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.873691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1050  hypothetical protein  31.52 
 
 		 141 aa  48.5  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  25.48 
 
 		 149 aa  48.1  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1774  universal stress protein  24.05 
 
 		 142 aa  48.1  0.00006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1529  hypothetical protein  26.14 
 
 		 136 aa  47  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2309  hypothetical protein  25 
 
 		 295 aa  46.6  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3602  UspA domain protein  25.81 
 
 		 151 aa  46.6  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1082  UspA domain protein  30 
 
 		 158 aa  46.2  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.731229  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2084  UspA domain protein  25.47 
 
 		 140 aa  46.2  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3733  UspA domain protein  25 
 
 		 151 aa  46.6  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.217159  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3498  hypothetical protein  22.42 
 
 		 153 aa  45.8  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1142  UspA domain-containing protein  29.14 
 
 		 143 aa  45.8  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.925681  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3775  UspA domain-containing protein  24.2 
 
 		 138 aa  45.8  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.309835  normal  0.427023 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2355  UspA domain protein  27.22 
 
 		 159 aa  45.4  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0554  UspA domain-containing protein  30.38 
 
 		 265 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000788361 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0912  UspA domain-containing protein  25.36 
 
 		 317 aa  45.4  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363039 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3776  UspA domain-containing protein  30.13 
 
 		 297 aa  45.4  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.226753  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3405  UspA domain protein  25 
 
 		 150 aa  45.4  0.0004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1497  hypothetical protein  30.41 
 
 		 140 aa  45.1  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1486  hypothetical protein  30.41 
 
 		 140 aa  45.1  0.0005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5241  UspA domain protein  24.07 
 
 		 154 aa  45.1  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.639442 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2620  UspA domain protein  19.88 
 
 		 143 aa  44.3  0.0007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0825  universal stress protein  22.73 
 
 		 164 aa  44.3  0.0007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2102  UspA domain protein  26.99 
 
 		 289 aa  44.3  0.0007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2643  universal stress protein UspA-like protein  24.29 
 
 		 168 aa  44.3  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795343  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1165  UspA domain protein  22.98 
 
 		 152 aa  44.3  0.0008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000867886  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0589  universal stress protein  25.32 
 
 		 140 aa  44.3  0.0009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.558284  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0602  UspA domain-containing protein  27.85 
 
 		 147 aa  43.9  0.001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.491088  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0352  UspA domain-containing protein  22.36 
 
 		 159 aa  43.5  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.818544 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0436  UspA domain-containing protein  27.15 
 
 		 151 aa  43.5  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0405998  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4087  UspA domain-containing protein  26.75 
 
 		 145 aa  43.9  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305818  normal  0.183761 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0866  UspA domain protein  24.1 
 
 		 153 aa  43.9  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.682094  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2379  UspA domain protein  28.74 
 
 		 163 aa  43.5  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.54331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0873  UspA domain protein  24.52 
 
 		 150 aa  43.9  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00734386  normal  0.0430196 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0914  UspA domain protein  26.45 
 
 		 154 aa  43.9  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.446701 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4114  UspA domain protein  21.12 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0071  hypothetical protein  25.97 
 
 		 308 aa  42.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.677177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3774  UspA domain-containing protein  27.94 
 
 		 317 aa  42.7  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.143188  normal  0.471237 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0913  UspA domain-containing protein  28.85 
 
 		 138 aa  43.1  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.455185 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3681  UspA domain protein  35.29 
 
 		 301 aa  42.7  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.429907  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3565  universal stress protein  24.84 
 
 		 156 aa  42.4  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0986618 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0015  UspA domain-containing protein  25 
 
 		 143 aa  42.4  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.246066  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0973  UspA domain protein  25.88 
 
 		 155 aa  42.4  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4252  UspA domain protein  40.38 
 
 		 295 aa  42.4  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1448  universal stress protein UspA  28.95 
 
 		 164 aa  42  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0803  UspA domain protein  25.81 
 
 		 212 aa  42  0.004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1198  UspA domain protein  25 
 
 		 155 aa  42  0.004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.473556  normal  0.580664 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1893  UspA domain protein  24.36 
 
 		 136 aa  42  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.125519  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1007  hypothetical protein  35.48 
 
 		 125 aa  42  0.004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.794222 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6968  UspA domain protein  24.68 
 
 		 147 aa  42  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.483791  normal  0.0402006 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2668  UspA domain protein  24.71 
 
 		 159 aa  41.6  0.004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2727  universal stress protein  23.42 
 
 		 140 aa  41.6  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.671125  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1974  hypothetical protein  27.67 
 
 		 166 aa  41.6  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27981  universal stress protein  38.89 
 
 		 127 aa  41.6  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0415  UspA domain protein  26.28 
 
 		 296 aa  41.6  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.189257 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5077  UspA domain protein  38.89 
 
 		 156 aa  41.6  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.903375 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2325  UspA domain protein  26.03 
 
 		 316 aa  41.2  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0155  hypothetical protein  36.92 
 
 		 177 aa  41.6  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0542  hypothetical protein  33.71 
 
 		 147 aa  41.2  0.007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.320662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2181  UspA domain protein  26.61 
 
 		 150 aa  41.2  0.007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.313206  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4083  UspA domain-containing protein  31.25 
 
 		 172 aa  40.8  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.391845  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2411  UspA domain protein  38.46 
 
 		 146 aa  40.8  0.008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000128611  normal  0.369799 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4484  UspA domain protein  21.21 
 
 		 145 aa  40.8  0.008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4348  UspA domain protein  25.48 
 
 		 149 aa  40.8  0.008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0947911  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1118  universal stress protein  22.15 
 
 		 149 aa  40.8  0.009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2036  universal stress protein (Usp)  28.05 
 
 		 155 aa  40.8  0.009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2474  hypothetical protein  26.88 
 
 		 141 aa  40.8  0.009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1269  UspA domain protein  21.02 
 
 		 275 aa  40.8  0.009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2016  universal stress protein UspA-like protein  25.32 
 
 		 148 aa  40.8  0.01  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1162  UspA domain-containing protein  25 
 
 		 153 aa  40.8  0.01  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0534961  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4035  universal stress protein A  18.9 
 
 		 148 aa  40.8  0.01  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>