59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3854 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3854  uncharacterized copper-binding protein  100 
 
 		 177 aa  369  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27840  hypothetical protein  69.23 
 
 		 205 aa  249  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2350  hypothetical protein  66.48 
 
 		 182 aa  244  4e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1676  blue (type1) copper domain-containing protein  55.81 
 
 		 167 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.549233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2231  blue (type1) copper domain-containing protein  64.1 
 
 		 177 aa  195  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.503031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1700  blue (type1) copper domain-containing protein  54.19 
 
 		 175 aa  184  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3583  hypothetical protein  53.07 
 
 		 175 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2159  plastocyanin/azurin family copper binding protein  52.51 
 
 		 175 aa  179  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0076427  normal  0.727347 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0125  copper-binding protein  51.03 
 
 		 177 aa  162  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2232  hypothetical protein  46.63 
 
 		 185 aa  157  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.53865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0348  blue (type1) copper domain-containing protein  40.79 
 
 		 189 aa  114  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471869 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1635  oxidoreductase  39.6 
 
 		 181 aa  108  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.400621  normal  0.0387336 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5685  blue (type 1) copper domain protein  41.22 
 
 		 168 aa  105  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2197  blue (type 1) copper domain protein  36.24 
 
 		 164 aa  104  8e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2721  blue (type1) copper domain-containing protein  35.57 
 
 		 166 aa  103  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0479159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2668  blue (type1) copper domain-containing protein  34.22 
 
 		 163 aa  102  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.975423  normal  0.234604 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6116  putative oxido-reductase protein CopI  37.84 
 
 		 158 aa  102  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3425  putative copper tolerance protein  35.57 
 
 		 151 aa  102  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.792125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7873  blue (type 1) copper domain protein  34.27 
 
 		 156 aa  100  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1260  blue (type1) copper domain-containing protein  38.96 
 
 		 272 aa  99.4  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0922125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2655  blue (type1) copper domain-containing protein  36.05 
 
 		 164 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.366193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2909  blue (type1) copper domain-containing protein  38.26 
 
 		 163 aa  99  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.272302  normal  0.0133564 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4824  blue (type1) copper domain-containing protein  33.16 
 
 		 160 aa  99  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.904248  normal  0.294152 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1267  blue (type1) copper domain-containing protein  36.67 
 
 		 171 aa  99  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034808 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4902  blue (type1) copper domain-containing protein  35.1 
 
 		 156 aa  96.7  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4603  blue (type1) copper domain-containing protein  35.76 
 
 		 160 aa  95.9  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.258245 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0969  hypothetical protein  35.81 
 
 		 169 aa  95.5  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6520  putative copper tolerance protein (cupredoxin)  34.87 
 
 		 153 aa  95.5  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264526  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5106  blue (type 1) copper domain protein  38.36 
 
 		 160 aa  95.1  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00549955 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4027  blue (type 1) copper domain protein  32.58 
 
 		 162 aa  93.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0457304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4551  blue (type1) copper domain-containing protein  36.91 
 
 		 171 aa  94  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3913  blue (type 1) copper domain protein  32.58 
 
 		 162 aa  93.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4269  blue (type1) copper domain-containing protein  35.53 
 
 		 161 aa  92.8  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0713  hypothetical protein  33.56 
 
 		 190 aa  92.4  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3487  blue (type1) copper domain-containing protein  34.09 
 
 		 170 aa  91.7  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5030  blue (type1) copper domain-containing protein  30.68 
 
 		 159 aa  91.7  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4583  normal  0.77741 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3980  blue (type 1) copper domain protein  32.47 
 
 		 166 aa  91.7  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1833  blue (type 1) copper domain protein  35.37 
 
 		 159 aa  91.7  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00584393 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0734  blue (type 1) copper domain protein  36.49 
 
 		 159 aa  90.5  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.227893  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1092  blue (type 1) copper domain protein  29.19 
 
 		 165 aa  89.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0575  blue (type1) copper domain-containing protein  32.2 
 
 		 154 aa  89.7  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0159129  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9844  copper tolerance protein  34.21 
 
 		 159 aa  88.6  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001394  hypothetical protein  37.67 
 
 		 188 aa  88.2  6e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000508588  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4053  transposase Tn3 family protein  31.82 
 
 		 166 aa  87.4  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06367  hypothetical protein  35.81 
 
 		 188 aa  86.7  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9849  copper tolerance protein  30.68 
 
 		 159 aa  86.3  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3995  blue (type1) copper domain-containing protein  32.45 
 
 		 180 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.704782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5863  blue (type 1) copper domain protein  31.13 
 
 		 159 aa  81.3  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1667  blue (type1) copper domain-containing protein  34.56 
 
 		 164 aa  81.3  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2601  blue (type1) copper domain-containing protein  32.21 
 
 		 160 aa  77  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.377321  normal  0.709674 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1207  blue (type 1) copper domain protein  32.21 
 
 		 160 aa  76.6  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0922177  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3263  putative copper binding protein  32.81 
 
 		 176 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2149  nitrite reductase, copper-containing  26.49 
 
 		 534 aa  56.6  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2073  blue (type1) copper domain-containing protein  29.58 
 
 		 161 aa  49.7  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.256815  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2921  blue (type 1) copper domain protein  38.46 
 
 		 125 aa  43.5  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0439603  normal  0.638215 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2634  blue (type 1) copper domain protein  25.35 
 
 		 140 aa  43.1  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1012  hypothetical protein  27.84 
 
 		 129 aa  42.4  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1660  blue (type 1) copper domain protein  23.13 
 
 		 314 aa  42  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2238  multicopper oxidase type 3  23.08 
 
 		 505 aa  41.6  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.468125  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>