83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3806 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3806  PAAR  100 
 
 
165 aa  332  1e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.159045 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4128  PAAR  81.1 
 
 
164 aa  244  4e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5430  hypothetical protein  53.01 
 
 
174 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53640  hypothetical protein  52.98 
 
 
172 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0232155  hitchhiker  0.000303708 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3189  PAAR  52.67 
 
 
179 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000563624  normal  0.0101045 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5592  PAAR  70 
 
 
469 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4633  hypothetical protein  47.85 
 
 
177 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.53967  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0093  hypothetical protein  60.38 
 
 
481 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4551  PAAR repeat-containing protein  61.32 
 
 
185 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3817  PAAR  66.29 
 
 
181 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153298  normal  0.545183 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13390  hypothetical protein  57.28 
 
 
131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.694836  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4258  PAAR repeat-containing protein  40.76 
 
 
169 aa  85.1  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1358  hypothetical protein  33.54 
 
 
177 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.290649  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0685  PAAR  44.9 
 
 
379 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3756  hypothetical protein  44.9 
 
 
386 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.136459  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0119  hypothetical protein  35.1 
 
 
175 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.435332  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2000  hypothetical protein  33.12 
 
 
175 aa  67.8  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0577978  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0644  bacteriophage GP29 protein  31.29 
 
 
173 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0699  PAAR repeat-containing protein  45.05 
 
 
113 aa  58.5  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0213  bacteriophage GP29 protein  30.06 
 
 
178 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.225853  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2662  PAAR repeat-containing protein  45.05 
 
 
323 aa  57  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1878  hypothetical protein  47.46 
 
 
87 aa  56.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0199793  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3827  PAAR repeat-containing protein  47.46 
 
 
87 aa  56.2  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.86819  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0943  hypothetical protein  47.46 
 
 
87 aa  56.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00127142  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3671  hypothetical protein  33.11 
 
 
176 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2560  PAAR repeat-containing protein  33.56 
 
 
174 aa  51.6  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.801514  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000030  hypothetical protein  42.71 
 
 
96 aa  52  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0023  type VI secretion system Vgr family protein  45.45 
 
 
885 aa  51.6  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2301  PAAR repeat-containing protein  47.17 
 
 
87 aa  50.1  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360683  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01943  hypothetical protein  52.94 
 
 
89 aa  50.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4801  hypothetical protein  46 
 
 
88 aa  50.1  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0636786  normal  0.750355 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2512  PAAR repeat-containing protein  35.88 
 
 
461 aa  48.1  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3237  PAAR repeat-containing protein  39.09 
 
 
456 aa  47.8  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1081  hypothetical protein  40.4 
 
 
102 aa  47.4  0.00008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.738335 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4114  PAAR repeat-containing protein  41.94 
 
 
96 aa  47.4  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.916002  hitchhiker  0.00152888 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1907  PAAR repeat-containing protein  47.06 
 
 
93 aa  47.4  0.00009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0142709  hitchhiker  0.000734481 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2824  PAAR repeat-containing protein  39.81 
 
 
456 aa  47  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05511  paar motif family  44.23 
 
 
86 aa  47  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0211513  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2358  PAAR repeat-containing protein  43.75 
 
 
96 aa  47.4  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2190  PAAR  50 
 
 
88 aa  47  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5509  hypothetical protein  40.35 
 
 
87 aa  47  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1680  PAAR repeat-containing protein  43.18 
 
 
89 aa  46.2  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2551  PAAR repeat-containing protein  44.32 
 
 
89 aa  46.2  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0335  phosphomethylpyrimidine kinase  36.07 
 
 
466 aa  46.2  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2373  PAAR repeat-containing protein  40.43 
 
 
96 aa  45.8  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0352022 
 
 
-
 
NC_003296  RS00397  putative VGR-related protein  34.07 
 
 
908 aa  45.4  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.873856 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3156  PAAR repeat-containing protein  38.95 
 
 
96 aa  45.1  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3775  helix-turn-helix, AraC type  42.39 
 
 
540 aa  45.1  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2854  hypothetical protein  32.94 
 
 
85 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.561027  normal  0.0963885 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3928  PAAR repeat-containing protein  40.4 
 
 
100 aa  44.7  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00719724  normal  0.0225395 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2816  PAAR repeat-containing protein  40 
 
 
96 aa  44.7  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3002  PAAR  38.14 
 
 
99 aa  44.7  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3533  type VI secretion system Vgr family protein  28.43 
 
 
725 aa  44.3  0.0007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2182  Rhs element Vgr protein  30 
 
 
911 aa  44.3  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.368954  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  42.11 
 
 
1381 aa  44.3  0.0007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2461  hypothetical protein  37.5 
 
 
99 aa  43.9  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  42.11 
 
 
1541 aa  43.9  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0675  PAAR repeat-containing protein  41.24 
 
 
99 aa  43.5  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  39.33 
 
 
592 aa  43.5  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  42.11 
 
 
1541 aa  43.9  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  42.11 
 
 
1541 aa  43.9  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  42.11 
 
 
1541 aa  43.9  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  42.11 
 
 
1541 aa  43.9  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3115  PAAR repeat-containing protein  37.21 
 
 
85 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  42.11 
 
 
1541 aa  43.9  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  40.62 
 
 
855 aa  43.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0056  PAAR repeat-containing protein  39.34 
 
 
88 aa  43.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0945  hypothetical protein  37.4 
 
 
176 aa  43.1  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120455  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  38.24 
 
 
1423 aa  43.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2255  hypothetical protein  43.4 
 
 
89 aa  43.1  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0961  hypothetical protein  34.48 
 
 
88 aa  42  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.915695 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  39.06 
 
 
1386 aa  42.4  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  42.42 
 
 
1410 aa  42.4  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  35.21 
 
 
1422 aa  42  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  41.07 
 
 
1517 aa  41.6  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2209  type VI secretion system Vgr family protein  33.33 
 
 
895 aa  41.2  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  39.06 
 
 
1229 aa  41.2  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_003296  RS05224  hypothetical protein  36.21 
 
 
88 aa  41.2  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  41.38 
 
 
1475 aa  40.8  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3019  hypothetical protein  35 
 
 
84 aa  40.8  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.746993 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2610  hypothetical protein  36.05 
 
 
85 aa  40.8  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.408788  normal  0.0150385 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  41.38 
 
 
1457 aa  40.8  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3923  methyl-accepting chemotaxis protein  34.52 
 
 
843 aa  40.4  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>