More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3719 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
237 aa  480  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  68.67 
 
 
237 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  68.67 
 
 
237 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  68.75 
 
 
232 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  69.33 
 
 
233 aa  294  7e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  69.33 
 
 
233 aa  294  9e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  68.89 
 
 
259 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  54.35 
 
 
273 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  53.51 
 
 
249 aa  228  5e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  53.51 
 
 
249 aa  228  7e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  52.63 
 
 
251 aa  225  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  52.1 
 
 
274 aa  223  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  53.28 
 
 
270 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  49.57 
 
 
249 aa  214  7e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  50 
 
 
249 aa  214  8e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  49.57 
 
 
254 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  49.14 
 
 
253 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  49.57 
 
 
249 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  49.14 
 
 
249 aa  210  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  49.14 
 
 
249 aa  210  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  49.14 
 
 
249 aa  210  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  49.14 
 
 
253 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  48.28 
 
 
253 aa  207  8e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  48.28 
 
 
253 aa  207  9e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  50.85 
 
 
247 aa  206  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 
272 aa  205  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  50 
 
 
272 aa  204  9e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  47.83 
 
 
268 aa  203  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  49.57 
 
 
268 aa  203  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  47.64 
 
 
273 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  51.98 
 
 
252 aa  199  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  48.91 
 
 
247 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  48.91 
 
 
247 aa  197  9e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  47.46 
 
 
262 aa  194  7e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  45.98 
 
 
255 aa  194  9e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  47.19 
 
 
248 aa  192  4e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  46.49 
 
 
253 aa  189  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  43.64 
 
 
244 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32950  transcriptional regulator, GntR family  68.61 
 
 
143 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.982848  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  44.49 
 
 
248 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  43.97 
 
 
251 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  43.3 
 
 
251 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  51.53 
 
 
244 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  45.33 
 
 
236 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  43.25 
 
 
260 aa  152  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  45.29 
 
 
242 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  41.3 
 
 
299 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  38.5 
 
 
238 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  39.74 
 
 
242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  37.83 
 
 
246 aa  138  6e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  37.22 
 
 
250 aa  138  7.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  39.66 
 
 
284 aa  138  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  38.7 
 
 
242 aa  135  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  36.28 
 
 
246 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  37.71 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  39.29 
 
 
240 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  41.92 
 
 
234 aa  132  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  38.53 
 
 
255 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
230 aa  131  9e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  41.41 
 
 
288 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  35.81 
 
 
248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  37.71 
 
 
234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  39.83 
 
 
245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  40.08 
 
 
247 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  35.34 
 
 
243 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  36.44 
 
 
235 aa  124  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  38.3 
 
 
240 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  38.77 
 
 
251 aa  122  5e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
252 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  34.2 
 
 
266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  33.02 
 
 
244 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  33.02 
 
 
244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  36.84 
 
 
264 aa  110  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  39.11 
 
 
274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  32.75 
 
 
243 aa  109  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  34.51 
 
 
241 aa  108  5e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  30.28 
 
 
244 aa  109  5e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  37.5 
 
 
236 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  37.05 
 
 
236 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  39.21 
 
 
233 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  37.12 
 
 
253 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  37.12 
 
 
238 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  34.91 
 
 
253 aa  107  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  33.19 
 
 
250 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  38.77 
 
 
249 aa  106  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  37.56 
 
 
234 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 
233 aa  105  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  34.05 
 
 
240 aa  105  6e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  35.45 
 
 
239 aa  105  7e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 
255 aa  105  8e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  32.9 
 
 
240 aa  104  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  36.09 
 
 
255 aa  104  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  31.36 
 
 
255 aa  104  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
249 aa  103  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0739  GntR domain protein  31.42 
 
 
255 aa  103  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11478  transcriptional regulator, GntR family protein  33.03 
 
 
233 aa  103  3e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  31.78 
 
 
255 aa  102  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>