More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3682 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  568  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  83.8 
 
 		 287 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  83.8 
 
 		 287 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  83.1 
 
 		 287 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  83.45 
 
 		 287 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  77.11 
 
 		 286 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  76.06 
 
 		 286 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  41.22 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 299 aa  170  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 283 aa  166  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 295 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 287 aa  149  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 292 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 294 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 311 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  32.63 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 316 aa  125  6e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 305 aa  125  7e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 314 aa  123  3e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 297 aa  122  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 289 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  35.88 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  30.74 
 
 		 305 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 293 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 302 aa  118  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  31.65 
 
 		 316 aa  115  6e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 314 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 305 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2280  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  30.71 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1978  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224272  normal  0.0418865 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.15 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  30.12 
 
 		 318 aa  112  5e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  28.15 
 
 		 304 aa  113  5e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 311 aa  112  7.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 296 aa  112  9e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 326 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 334 aa  111  1.0000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1656  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.191617  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1656  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  32.22 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  32.22 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 337 aa  110  4.0000000000000004e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 318 aa  109  5e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  31.54 
 
 		 302 aa  109  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 298 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>