More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3382 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  72.54 
 
 		 298 aa  418  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  69.83 
 
 		 297 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  69.15 
 
 		 298 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  71.19 
 
 		 314 aa  404  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  70.17 
 
 		 298 aa  393  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  67.68 
 
 		 304 aa  391  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  67.01 
 
 		 304 aa  376  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 301 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  55.67 
 
 		 308 aa  285  5e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 306 aa  278  6e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 		 301 aa  275  6e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 301 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 301 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 295 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  52.1 
 
 		 309 aa  261  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  49.1 
 
 		 323 aa  255  8e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  43.77 
 
 		 319 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  47.49 
 
 		 325 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 325 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 305 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 323 aa  238  9e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 313 aa  236  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  44.78 
 
 		 321 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 310 aa  235  8e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 319 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 339 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 339 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 353 aa  229  4e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 307 aa  229  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 319 aa  223  4e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  45.45 
 
 		 307 aa  222  4.9999999999999996e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  42.42 
 
 		 321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 307 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 323 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  40.99 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 328 aa  201  9.999999999999999e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  43.96 
 
 		 313 aa  198  9e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 300 aa  189  2.9999999999999997e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 278 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  43.37 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  42.56 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.35 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  33.56 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 432 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 322 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 315 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.67 
 
 		 300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  32.12 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 323 aa  155  7e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  35.2 
 
 		 326 aa  155  9e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 342 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 314 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  32.57 
 
 		 316 aa  154  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  32.13 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 297 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 318 aa  152  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.5 
 
 		 299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 314 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.77 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  30.42 
 
 		 322 aa  149  5e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  36.77 
 
 		 319 aa  149  6e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 334 aa  149  6e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  37.94 
 
 		 321 aa  149  8e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  30.99 
 
 		 347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>