More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3140 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
703 aa  1441    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  60.03 
 
 
887 aa  842    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.25 
 
 
734 aa  473  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.19 
 
 
905 aa  475  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.78 
 
 
732 aa  464  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.58 
 
 
966 aa  443  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.12 
 
 
943 aa  433  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  54.86 
 
 
611 aa  432  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  54.86 
 
 
611 aa  432  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  54.86 
 
 
611 aa  432  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  54.86 
 
 
611 aa  432  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  54.86 
 
 
611 aa  432  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  54.86 
 
 
611 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  45.55 
 
 
1036 aa  420  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.46 
 
 
810 aa  412  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.73 
 
 
720 aa  415  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.32 
 
 
589 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.32 
 
 
589 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39 
 
 
949 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.69 
 
 
588 aa  402  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.131409  normal  0.0529869 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  38.85 
 
 
949 aa  405  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.57 
 
 
589 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.32 
 
 
588 aa  405  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.2 
 
 
686 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.11 
 
 
589 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  46.53 
 
 
1651 aa  397  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.72 
 
 
1646 aa  399  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.12 
 
 
1036 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  39.71 
 
 
847 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.17 
 
 
1631 aa  391  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.43 
 
 
830 aa  387  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.07 
 
 
858 aa  382  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.9 
 
 
998 aa  376  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.78 
 
 
807 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 
727 aa  369  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  35.15 
 
 
692 aa  369  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2252  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.05 
 
 
732 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535804  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  34.89 
 
 
695 aa  364  3e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.69 
 
 
727 aa  363  8e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  37.97 
 
 
827 aa  362  2e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 
703 aa  360  7e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.27 
 
 
727 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  37.68 
 
 
956 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.95 
 
 
781 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.27 
 
 
688 aa  356  1e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.97 
 
 
789 aa  355  2e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.97 
 
 
789 aa  355  2e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  34.17 
 
 
695 aa  353  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 
789 aa  350  4e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.75 
 
 
782 aa  348  2e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.74 
 
 
815 aa  345  1e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.15 
 
 
762 aa  340  7e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.65 
 
 
727 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  44.52 
 
 
571 aa  336  7.999999999999999e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.46 
 
 
742 aa  333  5e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.16 
 
 
1076 aa  333  5e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.83 
 
 
812 aa  331  2e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.57 
 
 
1011 aa  331  3e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.89 
 
 
727 aa  330  8e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.15 
 
 
1105 aa  328  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  43.61 
 
 
416 aa  326  1e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  38.91 
 
 
676 aa  325  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.02 
 
 
1053 aa  325  2e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.63 
 
 
741 aa  325  2e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.77 
 
 
740 aa  325  3e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.97 
 
 
807 aa  324  4e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.29 
 
 
926 aa  323  5e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  36.9 
 
 
676 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.94 
 
 
1059 aa  322  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.04 
 
 
936 aa  321  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0134  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.15 
 
 
682 aa  321  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.574481  normal  0.0374693 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  45.6 
 
 
726 aa  320  7e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.87 
 
 
708 aa  318  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.17 
 
 
814 aa  318  3e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4711  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.19 
 
 
683 aa  317  4e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0038  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.38 
 
 
681 aa  317  4e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0323591 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.09 
 
 
964 aa  317  4e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  46.6 
 
 
936 aa  317  6e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  34.85 
 
 
691 aa  316  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0018  ATPase domain-containing protein  38.88 
 
 
681 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.434302  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.17 
 
 
1050 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.28 
 
 
864 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0019  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.88 
 
 
681 aa  314  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.746553  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  43.86 
 
 
490 aa  314  4.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  40.99 
 
 
556 aa  313  5.999999999999999e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.65 
 
 
673 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.45 
 
 
548 aa  311  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.14 
 
 
818 aa  310  5e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.07 
 
 
699 aa  310  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.08 
 
 
942 aa  310  6.999999999999999e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  42.29 
 
 
573 aa  309  9e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2505  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.01 
 
 
707 aa  307  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  34.69 
 
 
691 aa  306  6e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.84 
 
 
1067 aa  306  6e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  42.17 
 
 
529 aa  306  8.000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.96 
 
 
622 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.75 
 
 
688 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.5 
 
 
926 aa  304  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.82 
 
 
551 aa  304  4.0000000000000003e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.04 
 
 
1086 aa  304  5.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>