More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3077 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  75.16 
 
 
481 aa  680    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.353406  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2791  putative sigma54 specific transcriptional regulator  75.37 
 
 
462 aa  684    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.389453  normal  0.0964858 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3077  sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 
475 aa  954    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2649  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  75.16 
 
 
460 aa  697    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3284  putative transcriptional regulator  72.28 
 
 
481 aa  673    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38570  putative transcriptional regulator  72.35 
 
 
456 aa  642    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1549  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2716  putative sigma54 specific transcriptional regulator  75.59 
 
 
460 aa  688    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0740444  normal  0.0319328 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17610  sigma54-dependent activator protein  67.95 
 
 
466 aa  614  1e-175  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6938  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  57.5 
 
 
492 aa  535  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.776429  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3276  putative sigma54 specific transcriptional regulator  56.53 
 
 
498 aa  531  1e-150  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427162  normal  0.0190691 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2979  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.17 
 
 
491 aa  533  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2889  sigma-54 dependent transcriptional regulator  56.35 
 
 
512 aa  528  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3005  sigma-54 dependent transcriptional regulator  56.85 
 
 
506 aa  529  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000526118  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1736  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  56.15 
 
 
512 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000666871  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0363  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  56.15 
 
 
506 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0237331  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1241  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  56.67 
 
 
486 aa  526  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00296239  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0398  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  56.15 
 
 
512 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0197022  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2210  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  54.47 
 
 
495 aa  526  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000404339  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1548  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  56.15 
 
 
512 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000048487  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5332  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.35 
 
 
495 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5529  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.35 
 
 
495 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0129  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.8 
 
 
492 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5400  putative sigma54 specific transcriptional regulator  57.11 
 
 
510 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397817 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4743  putative sigma54 specific transcriptional regulator  57.35 
 
 
495 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4853  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.73 
 
 
513 aa  512  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4279  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  56.3 
 
 
486 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0548  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.51 
 
 
514 aa  495  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0261172 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3727  helix-turn-helix, Fis-type  52.49 
 
 
503 aa  486  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0455  helix-turn-helix, Fis-type  51.49 
 
 
468 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4358  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.79 
 
 
492 aa  444  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4047  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.54 
 
 
486 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0084  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.99 
 
 
470 aa  431  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2067  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.35 
 
 
504 aa  413  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.408282  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2530  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.18 
 
 
510 aa  414  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2414  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.79 
 
 
514 aa  405  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59503  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2009  sigma-54 factor, interaction region  47.44 
 
 
468 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813919  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0346  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.17 
 
 
468 aa  325  2e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.143008  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.52 
 
 
585 aa  323  6e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.91 
 
 
470 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  40.9 
 
 
662 aa  310  2e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0444  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.94 
 
 
482 aa  305  9.000000000000001e-82  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.35 
 
 
591 aa  300  3e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.67 
 
 
703 aa  295  1e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  38.12 
 
 
586 aa  294  3e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  38.05 
 
 
639 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2710  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.98 
 
 
579 aa  289  9e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.077579  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1438  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.88 
 
 
592 aa  286  4e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2816  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.48 
 
 
591 aa  286  8e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.61 
 
 
471 aa  285  1.0000000000000001e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.28 
 
 
651 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.191772  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0306  hypothetical protein  37.42 
 
 
582 aa  281  1e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.42 
 
 
609 aa  280  6e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3051  transcriptional regulator  35.54 
 
 
465 aa  280  6e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2803  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.23 
 
 
569 aa  279  9e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  36.21 
 
 
600 aa  277  3e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000658727  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0387  proprionate catabolism activator, Fis family  40.34 
 
 
652 aa  277  3e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.44 
 
 
548 aa  276  4e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2955  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.75 
 
 
559 aa  276  6e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1807  PAS:helix-turn-helix, Fis-type:propionate catabolism activator, N-terminal  39.57 
 
 
663 aa  274  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.306478  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1910  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.78 
 
 
562 aa  273  4.0000000000000004e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000822204  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0385  proprionate catabolism activator, Fis family  39.67 
 
 
658 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.54 
 
 
454 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0220  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.8 
 
 
599 aa  273  5.000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.205881  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.58 
 
 
636 aa  272  1e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  40.25 
 
 
455 aa  271  2e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.76 
 
 
643 aa  271  2e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.19 
 
 
452 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.66 
 
 
651 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.58 
 
 
459 aa  270  4e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1933  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.36 
 
 
474 aa  270  5e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.46 
 
 
452 aa  269  7e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3577  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.4 
 
 
550 aa  269  8e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2878  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.08 
 
 
648 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.866934 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1100  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.45 
 
 
586 aa  267  2.9999999999999995e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.78 
 
 
661 aa  266  8e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2029  hypothetical protein  34.39 
 
 
554 aa  265  1e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2835  putative PAS/PAC sensor protein  37.45 
 
 
591 aa  265  2e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000281177  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2310  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.13 
 
 
688 aa  263  4e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.65 
 
 
460 aa  263  4e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.71 
 
 
597 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.89 
 
 
575 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1179  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.98 
 
 
457 aa  263  6e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.655382  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.31 
 
 
480 aa  263  6e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.543097  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.95 
 
 
464 aa  262  1e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.53 
 
 
464 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36000  propionate catabolism operon regulator  36.86 
 
 
473 aa  262  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0249569  hitchhiker  0.000000000000235786 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.85 
 
 
581 aa  261  2e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.75 
 
 
457 aa  261  3e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.35 
 
 
457 aa  261  3e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.86 
 
 
442 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.18 
 
 
448 aa  259  5.0000000000000005e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.24 
 
 
463 aa  260  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1934  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.94 
 
 
476 aa  259  5.0000000000000005e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808753  normal  0.132653 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.92 
 
 
489 aa  259  7e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.05 
 
 
687 aa  259  8e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  44.68 
 
 
477 aa  259  8e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1588  putative PAS/PAC sensor protein  37.39 
 
 
633 aa  259  8e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00103997  normal  0.3831 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  45.29 
 
 
522 aa  258  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.27 
 
 
480 aa  258  1e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1931  transcriptional regulator  35.22 
 
 
935 aa  259  1e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>