More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2840 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2840  Phage integrase  100 
 
 		 296 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2794  integrase family protein  79.11 
 
 		 304 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.160655  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2966  site-specific recombinase, phage integrase family  74.66 
 
 		 321 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2751  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  74.66 
 
 		 321 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.74292  normal  0.0246266 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2939  integrase family protein  78.77 
 
 		 304 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2848  phage integrase family protein  78.42 
 
 		 304 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2841  phage integrase family site specific recombinase  78.01 
 
 		 292 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.424466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0180  phage integrase  34.46 
 
 		 336 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0996549 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4229  phage integrase family protein  35.47 
 
 		 329 aa  172  7.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0027  integrase/recombinase  36.59 
 
 		 325 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000824478  normal  0.490771 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2840  integrase family protein  34.39 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0238888  normal  0.278729 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0012  Phage integrase  34.8 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4618  integrase family protein  35.71 
 
 		 311 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4462  integrase family protein  35.27 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0645  integrase family protein  36.21 
 
 		 328 aa  150  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000112195  n/a   
 
 
-
 
NC_014000  Ava_D0026  Phage integrase  32.32 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5582  integrase family protein  32.66 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2389  integrase family protein  34.29 
 
 		 345 aa  140  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000168042  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4243  phage integrase  28.72 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000426285 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1730  integrase family protein  35.62 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.715889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4591  integrase family protein  31.51 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000000427706  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1900  phage integrase family protein  32.52 
 
 		 331 aa  133  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.125862  hitchhiker  0.00365877 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3221  integrase family protein  33.01 
 
 		 337 aa  132  6.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.107588  hitchhiker  0.000000474252 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0730  phage integrase  29.15 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00295  site-specific recombinase, phage integrase family protein  28.33 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4067  integrase/recombinase  32.69 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130649  normal  0.280594 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3218  phage integrase family protein  27.55 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000104017 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3884  phage integrase family site specific recombinase  27.55 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  31.82 
 
 		 296 aa  95.9  6e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  28.4 
 
 		 314 aa  89  8e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  35.9 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  27.35 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  31.45 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3558  phage integrase family protein  29.9 
 
 		 311 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.06 
 
 		 303 aa  86.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.06 
 
 		 303 aa  86.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.06 
 
 		 303 aa  86.3  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  27.21 
 
 		 299 aa  85.5  9e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  28.68 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  29.72 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  27.68 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  26.37 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  26.37 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  26.37 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  26.53 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  30.27 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  27.6 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.69 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  29.27 
 
 		 324 aa  82  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  30.49 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  25.9 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  35.67 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0052  phage integrase  28.74 
 
 		 312 aa  80.5  0.00000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  29.73 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  29.89 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.34 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.44 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  34.67 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  26.94 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.44 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.6 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.6 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  25.81 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  26.57 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.6 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.6 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  26.94 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.75 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  32.52 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  32.3 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.6 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  35.67 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  31.55 
 
 		 306 aa  79  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  31.31 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.45 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  28.69 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.9 
 
 		 298 aa  79  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  27.76 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  32.76 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  28.45 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.6 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.05 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0057  tyrosine recombinase XerD  28.34 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  26.57 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  31.52 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  33.75 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.17 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  30.32 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1383  integrase family protein  28 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00162011  normal  0.640047 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  30.18 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.6 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  28.4 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.64 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  30.34 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3835  tyrosine recombinase XerC  29.11 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.955587  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  34.5 
 
 		 310 aa  76.6  0.0000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  24.39 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  35.26 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.05 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  33.33 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>