More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2779 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2779  homocysteine S-methyltransferase  100 
 
 		 308 aa  620  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2776  homocysteine S-methyltransferase family protein  68.65 
 
 		 307 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420407  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0658  homocysteine S-methyltransferase family protein  61.41 
 
 		 311 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.778946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0692  homocysteine S-methyltransferase  61.07 
 
 		 311 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0245772 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5121  homocysteine S-methyltransferase  59.73 
 
 		 299 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0135376  normal  0.478948 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4282  homocysteine S-methyltransferase  59.25 
 
 		 309 aa  333  3e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3865  homocysteine S-methyltransferase  58.67 
 
 		 300 aa  326  2.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1277  homocysteine S-methyltransferase  57.67 
 
 		 300 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0441893 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3243  homocysteine S-methyltransferase  57.33 
 
 		 300 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.562987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2930  homocysteine S-methyltransferase  53.08 
 
 		 303 aa  318  7.999999999999999e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4837  homocysteine S-methyltransferase  57.88 
 
 		 309 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.345042 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1497  homocysteine S-methyltransferase  54.03 
 
 		 310 aa  311  7.999999999999999e-84  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.191799  normal  0.658864 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3747  homocysteine S-methyltransferase  58.72 
 
 		 302 aa  308  5e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3090  homocysteine S-methyltransferase  58.33 
 
 		 300 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3100  homocysteine S-methyltransferase  58 
 
 		 300 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6804  homocysteine S-methyltransferase  56.76 
 
 		 313 aa  305  6e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1135  homocysteine S-methyltransferase family protein  55.37 
 
 		 298 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300332  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0975  homocysteine S-methyltransferase  55.7 
 
 		 310 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000866621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2160  homocysteine S-methyltransferase  52.07 
 
 		 310 aa  299  4e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6392  homocysteine S-methyltransferase  51.84 
 
 		 302 aa  291  9e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.612657 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5017  S-methyltransferase  52.49 
 
 		 301 aa  287  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00664  homocysteine S-methyltransferase family protein  49.67 
 
 		 305 aa  280  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4534  homocysteine S-methyltransferase  50.51 
 
 		 302 aa  278  8e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0770365 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05821  homocysteine S-methyltransferase  47.44 
 
 		 301 aa  278  1e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2815  homocysteine S-methyltransferase  37.5 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_48307  predicted protein  38.29 
 
 		 346 aa  188  9e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.532238  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1598  homocysteine S-methyltransferase  39.26 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0392  homocysteine S-methyltransferase  39.53 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108543  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3928  homocysteine S-methyltransferase  37.07 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.45742 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  31.07 
 
 		 804 aa  102  7e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2200  homocysteine S-methyltransferase  33.33 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558388  normal  0.514236 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  29.41 
 
 		 800 aa  95.5  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1042  homocysteine methyltransferase  30.94 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000341653  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37350  homocysteine methyltransferase  31.27 
 
 		 295 aa  92.4  9e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.493269 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2926  homocysteine methyltransferase  31.85 
 
 		 313 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1535  homocysteine methyltransferase  31.35 
 
 		 315 aa  90.1  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.521433  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3471  homocysteine methyltransferase  30.07 
 
 		 312 aa  89  8e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1230  homocysteine S-methyltransferase  27.74 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.829907  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01795  homocysteine methyltransferase  31.8 
 
 		 325 aa  88.6  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.443349  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0828  homocysteine methyltransferase  30.32 
 
 		 311 aa  87.8  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  27.68 
 
 		 807 aa  87  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3632  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.8 
 
 		 617 aa  87  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0866  homocysteine methyltransferase  28.53 
 
 		 316 aa  85.5  9e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.142005  normal  0.135969 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3344  homocysteine S-methyltransferase  30.23 
 
 		 310 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2740  homocysteine methyltransferase  32.69 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164066  normal  0.649744 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12483  homocysteine methyltransferase  30.74 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1315  homocysteine S-methyltransferase  31.15 
 
 		 288 aa  81.3  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0420975  normal  0.31637 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5466  homocysteine methyltransferase  26.96 
 
 		 325 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0696243  hitchhiker  0.00895387 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1305  homocysteine methyltransferase  27.53 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.343801  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4577  homocysteine methyltransferase  32.69 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0295  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  27.52 
 
 		 346 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0325  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.21 
 
 		 605 aa  78.6  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  31.72 
 
 		 818 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4332  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  28.43 
 
 		 1132 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4005  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  28.34 
 
 		 1133 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0238  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  30.03 
 
 		 609 aa  78.2  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  33.56 
 
 		 841 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0657  methionine synthase  26.97 
 
 		 1238 aa  77.8  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0149  homocysteine S-methyltransferase  27.22 
 
 		 346 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.637039 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4274  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  28.34 
 
 		 1132 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3995  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  27.71 
 
 		 1133 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0315  B12-dependent methionine synthase  26.88 
 
 		 1225 aa  77.4  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170465 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1268  homocysteine S-methyltransferase  26.45 
 
 		 320 aa  77.4  0.0000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.897971 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4385  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  28.12 
 
 		 1132 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2983  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  29.41 
 
 		 1132 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1146  homocysteine methyltransferase  29.55 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000617566 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0369  B12-dependent methionine synthase  29.36 
 
 		 1228 aa  76.6  0.0000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.789152  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4156  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  28.03 
 
 		 1132 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4478  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  28.03 
 
 		 1132 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0222  B12-dependent methionine synthase  28.83 
 
 		 1227 aa  75.9  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.145544 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0156  homocysteine S-methyltransferase  26.91 
 
 		 346 aa  76.3  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  29.55 
 
 		 816 aa  76.3  0.0000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0710  B12-dependent methionine synthase  27.64 
 
 		 1240 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  26.46 
 
 		 768 aa  75.9  0.0000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  26.33 
 
 		 780 aa  75.1  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  29.79 
 
 		 801 aa  75.1  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  26.49 
 
 		 768 aa  75.1  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  27.8 
 
 		 819 aa  75.1  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0118  methionine synthase (B12-dependent)  25.91 
 
 		 351 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1206  B12-dependent methionine synthase  28.75 
 
 		 1232 aa  74.3  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0595  B12-dependent methionine synthase  28 
 
 		 1272 aa  74.3  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1858  homocysteine S-methyltransferase  32.01 
 
 		 803 aa  74.7  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4401  B12-dependent methionine synthase  29.63 
 
 		 1227 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.90979  normal  0.334358 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4250  methionine synthase  27.13 
 
 		 1261 aa  73.2  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.49174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0087  methionine synthase (B12-dependent)  26.36 
 
 		 355 aa  73.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.398145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002355  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  25.53 
 
 		 1226 aa  73.2  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  26.96 
 
 		 774 aa  73.2  0.000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1101  B12-dependent methionine synthase  26.44 
 
 		 1230 aa  73.2  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.875071  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03891  B12-dependent methionine synthase  29.32 
 
 		 1227 aa  72.8  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03851  hypothetical protein  29.32 
 
 		 1227 aa  72.8  0.000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1187  homocysteine S-methyltransferase  24.74 
 
 		 629 aa  72.4  0.000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2974  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.37 
 
 		 605 aa  72.4  0.000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4255  B12-dependent methionine synthase  29.32 
 
 		 1227 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0705471  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4526  B12-dependent methionine synthase  29.32 
 
 		 1227 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.267598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4523  B12-dependent methionine synthase  29.32 
 
 		 1227 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.413038 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2169  methionine synthase  28.18 
 
 		 1245 aa  72.4  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.205577  normal  0.226732 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4011  B12-dependent methionine synthase  29.32 
 
 		 1227 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.960796  normal  0.0169283 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4472  B12-dependent methionine synthase  29.32 
 
 		 1227 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.346478 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4563  B12-dependent methionine synthase  29.32 
 
 		 1227 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0995  B12-dependent methionine synthase  25.91 
 
 		 1244 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0391552  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>